李元善读书时，正处在新旧学转型时期，虽然旧学在他所在的僻远之处仍大为盛行，但如果要进一步深造，则非进行现代教育不可。大约到了相当于四五年级的时候，李元善转入了新式学堂。李元善六年级的老师是潘荣生，潘老师对学生极其认真负责，而李元善又是班里的皎皎者，所以师生相处非常和谐相得。李老记得很清楚，潘老师把全班的成绩单都裱装起来，张贴在家里。看来潘老师对这些学生是非常满意的，也是引以为自豪的。这些让潘老师满意而自豪的学生当中，又以李元善为最。此后的几十年里，潘老师与李老都一直保持联系，直到去年潘老师去世前，李老每年年节时，都要写信或电话与潘老师互通音问，还不时给老师寄钱寄物，以尽学生对老师的感激之情。
1941年秋，李元善以第一名的优异成绩考入当地的深渡简易师范，相当于今天的普通中学。此学校后更名为深渡高级中学。此地距李老的老家桥亭山凤逸村较远，而距李老日后取得发展的定潭较近。这个学校一直到今天还保留着，日后李老的几个子女都曾在此学校学习，并学到毕业，算是延续了李老当年未竟之学业。李老的中学经历只有一年，便发生了决定其命运的转折。这个转折是疾病。李元善约在中学学了一年左右时，染上了较重的疟疾，而不得不休学。当休学届满，打算回到学校继续学习时，家里的态度发生了变化。当时李元善的哥哥已完成了中学的学业，到上海去谋生了。李家可能因为经济压力，觉得再供养一个孩子上学有点困难。父亲觉得让李元善继承自己的手艺也是一个不坏的选择。父亲李荣珠的手艺在当地很有名气，同时能带十几个徒弟，而自己没有一个孩子继承其技艺，也是一件非常遗憾的事。因此，父亲决定不再供李元善继续读中学了。读书很有天分的李元善可不愿意接受这种安排。怎么办？少年李元善也不能跟父亲硬扛，他找到出嫁的姐姐家，让姐夫出面跟父亲谈判，谈的内容不是继续上中学，而是不当篾匠。不当篾匠又能做什么？原来李元善在病中有所感悟，觉得家族中对付疾病缺少必要的手段，而他所在的山村，医疗条件又是奇缺，看个病要走很远的路才能找到医生。因此，他准备学医。历史上的很多名医都有这样的经历，即一场病灾之后，全身心地投入到医学事业中去。医圣张仲景著《伤寒论》就慨叹“感往昔之沦丧，伤横夭之莫救”，徽州的名医方有执也是在一场大病之后，中年开始以医为业，这种事例实在是太多了。大概孟子所说的“天降大任于斯人也”，就要给点磨难，就是这种情况。李元善在疾病过程中来了个顿悟，又成就了一个从病中走出的名医。世事难料，夺去无数百姓性命的疾病，居然也能诞生一代名医，生活的辩证法或者就是这样。值得称奇的是，李元善当时也就十二三岁，与前贤相比肯定年轻了许多，居然小小年纪就为自己规划了未来。现在不要说十二三岁的孩子，就是二十二三岁的孩子，也不知道自己应该干些什么。仅此一点，可见其非常人也。经过姐夫的斡旋，父亲总算答应了李元善的请求。李老的履历表上，通常都将其学医的时间定在1942年10月，菜九以为可能要稍晚于这个时间。因为从生病，自然康复，到家里决定其做手艺，到姐夫斡旋，到父亲答应其请求，是要很花一些时间的。父亲本来已拿定主意，哪能凭姐夫说几句深明大义的话，就一拍即合？肯定是要有几个来回的，总是要反反复复、掂量再三，才会改变原有决定。而且即使父亲松口，也不是今天同意，明天就能投到师父门下的。估计还会有一个打探学什么、跟谁学比较合适或可能性较大的过程，这个过程就需要花时间。李家僻居深山，与外面的联系诸多不便，也不知费了多少周折，李元善大约在1943年开始跟随深渡洪村的名医汪润身(1889～1972)学医。据歙县人民医院汪寿鹏医师介绍，其祖父汪润身是属于出道较早且较长寿者，擅长杂病的治疗，经验颇多，名噪歙、严、睦三州，人称“老润仙”。据李老回忆，在汪老师处的学习大概三年左右，因李元善天资聪颖，很快就把汪老师的医术学了个差不离，同时也把中医的基本原著都认真看过，其中的重要内容都能背诵。可能人们会以为，中医博大精深，三年又能学到什么。菜九以为，此类认识实在是不靠谱。中医博大精深，不等于汪老师博大精深。何况一个人的思想、学问不论多精深，实际上也是非常有限的。马克思还不算博大精深吗，其核心思想，估计有个两三万字就足以穷尽。至于用心体味，是一生的事，犯不着天天跟着马老爷子屁股后面讨教。李元善聪颖过人，接受能力奇强奇快，花三年时间在汪老师处，已属于过长了。难怪李元善不满足于汪老师处所学了，他还要百尺竿头更进一步，他要找名望更高的人拜师学艺。杜甫不是说过吗，转益多师是我师。李元善小小年纪就懂这个道理，他要多方求教，博采众长。大概就在这个期间，李元善的家里还出了一件大事，更加坚定了他学医的决心。他那个在上海寻求发展的哥哥，因病去世。这一来更强化学李元善学医的信念，为人子者，不可不知医。此前李元善已因病发愤了一次，这次因亲人的丧失，更加强化了其要成为