清廷以160万元收回这两条铁路。本日，派周长龄等办理接收事宜，将全路（约60公里）及车辆、器材检验接收。
6月2日至12日。惠州七女湖起义。孙中山派许雪秋赴潮汕运动会党起事之时，计划惠州潮州两地并举，使清军不能兼顾，除潮州先行准备外，又派遣黄耀廷、余绍卿、邓子瑜三人从南洋返回办理惠州、阳江、阳春等处军事。三人均于3月抵港。余绍卿原为两阳大盗（阳江、阳春），后亡命逃南洋，孙中山派他回国，委之以两阳及惠属方面军事。余抵港后，向冯自由领公费1500元，后便沓无消息；黄耀廷曾在庚子三洲田一役中任革命军先锋，以善战闻名，与惠州会党素有关系，抵港后由机关部领取公费1200元，发现香港警察已注意到他，即仓促逃回新加坡，惠州起义事遂由邓子瑜全责。邓子瑜，广东博罗人，行侠好义，曾在香港、新加坡一带经营旅馆业。及黄冈起义爆发，他派陈纯、林旺、孙稳等集合会党，准备与黄冈同时发难。原计划在归善（今惠阳）、博罗、龙门等处分三路起事，后因博罗、龙门两处会党不易集合，便号召一百数十人集中于七女湖，因此仅七女湖一处发动。七女湖距惠州府城20里，为著名归善墟场。本日，邓子瑜与陈纯等少数会党成员在距惠州20里的七女湖夺取清军枪械起义。5日，起义军攻占泰尾，连克泰尾、杨村、三达。8日，乘胜进攻柏塘等处，归善、博罗、龙门等地会党纷纷来会合，起义军骤增至200余人。当时清军正集中于黄冈，惠州兵力空虚，起义军接连取胜，广州震动。两广总督周馥急调水师提督李准由黄冈驰往惠州。起义军战斗十余日，因黄冈起义已失败，惠州孤立无援，只得埋藏军械，自行解散，起义遂告失败。这是孙中山领导的第四次起义。
黑龙江铁路交涉总局奏请划分各分局分管界限办法。对青山归总局管；自满沟至喇嘛甸子等五站归安达分局管；自小河子至朱家坎等五站归昂昂溪分局管；自碾子山至巴林木等五站归扎兰屯管；自雅鲁至雅克石等七站归博克图分局管；自扎勒木德至完工等五站归海拉尔分局管；自赫勒红德至满洲里四站归满洲里分局管。两局交界之间，应以道里匀计分管。
6月3日 。四川开县农民和“红灯教”徒聚众抗捐 。有2000余人参加，反抗苛征猪捐、土膏捐、学捐，拆毁各地教堂、学堂及教民住宅。
6月4日。清廷数次要求英、法政府驱逐孙中山。周馥致电外务部，告以孙中山、邓子瑜住香港，招引香港匪徒，人内地勾引乱民滋乱，请求密商英公使转电英政府，饬港督速将孙、邓逐出，以保中外治安。6月8日，两广总督为孙中山在河内活动一事电外务部，要求与法使交涉驱逐。6月13日，清廷向法国要求引渡孙中山。6月18日，外务部致电滇督桂抚，严防孙中山入滇。6月25日，滇督锡良为孙中山行踪事电外务部，告已往新加坡。7月18日，广西巡抚张鸣岐致电外务部，要求与法国交涉驱逐孙中山出境。9月，清廷又要求法国引渡孙中山，法国方面表示可对革命党人作永久性拘留。
6月5日。清外务部照会日公使林权助，请撤去东三省铁路界外的军线电局。东三省日俄兵业已撤退，两国所设的军用电线及电局本应一并撤去，俄国已经将东清铁路界外军用电线电局交还中国管理，但日本在该铁路界外军用电线电局尚未撤去。本日，外务部照会驻华日使，其铁路界外之军用电线电局，请一律撤去。
6月7日。呼兰府知府李鸿桂禀报呼兰府境内晒网地数目。称由泥河以南、呼兰河西岸至松花江北岸，除旗民人等领有老圈、报纳经费以及升科等项地亩外，挨靠江河、沟桂、草甸、柳通约有一万二三千垧，除以前的数目外，亦有浮地数千垧。
清廷设立海军处。隶属陆军部。初设正、副使各一名，下有机要、船政、运筹三司。管理全国海军政务，包括制定规章，考察教育，监督军械、造船和人员任免等。次年又新定条规，明确改处为兴立海军基础，筹拟扩充海军办法，设海政、船政、筹备、储蓄、医务、法务六司。1909年7月，从陆军部分出，正式改建为筹办海军事务处，主官称筹办海军大臣，设一厅七司。1910年4月，重订各司职掌，内部机构为参赞厅和军制、军政、军学、军防、军医、军枢、军储、军法八司。同年12月，改为海军部。
6月10日。《天义报》在东京创刊 。是近代中国最早的无政府主义期刊。它是女子“复权会”的机关刊物，标榜女界革命，声称以破坏固有之社会，实行人类之平等为宗旨，于提倡女杰革命外，兼提倡种族、政治、经济诸革命，故曰天义。自第八、九、十卷合册开始，宗旨改为破除国界、种界，实现世界主义；抵制世界一切之强权；颠覆一切近现之人治，实行共产制度；实行男女绝对之平等。发起人为何震、陆恢权、徐亚尊、张旭、周大鸿，捐助及赞成者有唐群英、方君英、何香凝、刘三、高旭等，实际创办人为何震的丈夫刘师培。