《参同契》云：“三五与一，天地至精。可以口诀，难以书传。”《悟真篇》云：“三五一都三个宇，古今明者实然稀。”《方壶外史·悟真篇小序》云：“三五与一，天地至精，龙从火出，虎向水生，二物欢会，俱归中富，三家相见，怀胎结婴。”这些话被称为丹家之秘。实际上，水金和木汞通过真意（土）化合成丹，即以元神（“真汞”）和元炁（即真精，或日“真铅”相凝结）也是取坎填离的意思。心肝脾肺肾五气朝元，精炁神三华聚顶，都不外是摄取先天一炁与元神凝炼成丹而已。
§§§第六节 黑、赤、黄三道关窍说
丹家认定人身真气运行的经脉主要有三条：一称赤道，即任脉，一称黑道，即督脉，-称黄道，为中脉。<泄天机》载闵小艮日：“丹家理气，原有三道，日赤，日黑，日黄。赤乃任脉，’道在前，心气所由之路。心色赤，故日赤道，而赤性炎上，法必制之使降，则心凉而肾暖。黑乃督脉，道在后，肾气所由之路。肾色黑，故日黑道，而黑性润下，法必制之使升，则髓运而神安。原斯二道，精气所由出，人物类以生存者，法故标日‘人道’，丹家、医家详述如此。黄乃黄中，道介赤黑中缝，位在脊前心后，而德统二气，为阖辟中主。境则极虚而寂，故所经驻，只容先天，凡夫仙胎之结之圆皆在斯境，虽有三田之别，实则一贯，法故标日仙道。”赤、黑二道丹家称为人道，兼容先、后天之精气运行，黑道有尾闾、夹脊、玉枕三关，过三关才入泥丸富，赤道有上田、中田、下田三窍，此外尚有天门（眉心）、重楼（气管）、绛官、黄庭、生门（脐门）等要穴。黄道只容先天真精、元炁通过，称仙道，自虚危穴（一名阴跻）．透入，过中黄，直达顶骨（天灵盖、囟门）。阴跻穴乃黄道之天关，关乎人之生死，故又称生死窍、复命关，真气归黄，必须纯为先天，否则清浊混杂，易生“闯黄”、“闹黄”之症。囟门盖骨乃人身生气所凝结，上应镇星（位于中天，乃五星之中，高出日月星辰之上），丹家称为“人镇”，其光华称“意珠”，可卫护婴儿（未成熟之阳神）。
从现代科学的观点看，精、气、神这些炼丹的药物皆是人体生命要素。赤道、黑道相互衔接，形成一个任督二脉的周天循环路径，相当于高能物理学里的基本粒子回旋加速器。丹家小周天功夫在任督二脉循环炼药，与基本粒子在回旋加速器中运动的原理类似，赤黑二道进行的是炼精化炁之功。药物归黄之后，在黄道直上直下运动，又和激光管的作用原理类似。顶骨如同激光管的阳极，阴跻穴则为阴极，药物在阴阳．二极之间振荡，将先天精、炁炼化为神。黄道比赤、黑二道对药物的纯度要求高，不允许进入后天浊质，故丹家有“砍修仙道，先尽人道”；“人道不修，仙道远矣”之说。
§§§第七节 玄关一窍说
玄关一窍为丹家之秘，又有玄窍、玄牝、玄牝之门、虚无窟子、偃月炉、西南乡、戊己门、谷神、天地根等异名。丹家因师传不同，对玄关一窍理解不一，有无定位和有定位两种说法。然而揆诸丹经，我们可确定玄关一窍的特征：这一窍，不在身内，不在身外，亦在身内，亦在身外，无形物可觅，无方所可指。丹书谓“此窍不着于幻身，亦不离乎幻身。不着于幻身者，非一切有形之物，不离乎幻身，非可于身外求也。”“着在身上即不是，离了此身向外寻求亦不是。泥于身则着于形，泥于外则着于物。”这一窍，全自虚无中来，自虚无中生，自混沌中求，自虚寂中得。丹家谓“先天一炁，自虚无中来”，欲识玄关，须穷取生身受炁之初，寻找乾坤闽辟之祖，阴阳互抱之根。这一窍，功到机现，时至神知，机发则露，机息则隐，只可以无心得，不可以有心求。《唱道真言》云：“玄关者，万象成寂，一念不成，忽而有感，感无不通，忽而有觉，觉无不照，此际是玄关也。”李道纯以一个“中”字为玄关，须丹家心领神会。玄关一窍无体有用，丹家身心静定，方寸湛然，虚极静笃，于真机妙应处，将动未动，未发忽发时，自然见得玄关。此窍一开，百窍俱开，全身八万四千毛孔，三百六十骨节，一齐爆开，百脉流畅，神炁冲动，先天药物随之化生：内丹仙术便可自然运行。
§§§第八节 内丹学三要件
药物、鼎炉、火候为内丹学三大要件。《（规中指南》说“身中之药者，神、炁、精也。”丹家先炼后天精、气、神促生先天药物。精气初生时称“外药”，外药先生而后采。活子时到来初生元精又称“小药”、“真种子”，采入炉中生为“内药”，故内药采而后生，为先天精炁经小周天炼化为“大药”，“大药”又称丹母。炼丹时意念为“火”，呼吸为“风”，火候指炼丹时意念及呼吸运用的程度。急运称武火，缓运称文火，停住吹嘘称沐浴。火候之妙在于真意的运用，用意紧则火燥，用意缓则水寒。丹家用十二消息卦象征十二时火候，有进阳火、退阴符之分，以卦爻铢两计算呼吸次数。内丹火候所用时辰是人身这个小天地里的时辰，实是药物在体内运行的部位、景象的代号。小周天功法小药生时生殖器有性冲动，阳具无念而举为“活子时”，大