历代内丹家多为文化层次较高的知识分子，他们在内丹修炼中创造了丰富的理论。在此，我们概要地阐释内丹学的理论，并予以必要的发展和深化。
§§§第一节 先后天人体三宝说
内丹学将精、气、神称作人体的“三宝”，又分为先天和后天。所谓先天，是从自然界和人类社会的初始状态看，那些无形的，自然本能状态的，功能性的，超越时空界限的东西。所谓后天，是指从物质世界和世俗社会的现实状态看，那些有形的，人为的，实体性的，同熵增的物质规律相一致的东西。精、气、神是人体生命要素的三个层次，不仪有先后天之分，还可互相转化。后天的精，是指人****时射出的****，广义上还包括人体内分泌的多种激素。先天的精，是在无为状态下自然而然本能地产生的，又称元精、真精，主要指人在不受淫心刺激下自发的性功能，广义上还包括内分泌系统、生殖系统、循环系统等激发生命活力的自然功能，是一种性能量。后天的气指呼吸之气；先天的气为元气、真气，写作“炁”（由炼精化炁而来，是精、气凝炼为一的代号），指人体生命运动的机能，体现为高度有序的能量流和躯体活力，即是生命力。后天的神为思虑之神，称识神，先天的神称元神（由炼炁化神而来，是炁神凝炼的结果），呈一种极清醒的无思维状态，也称为灵明性体。精、气、神又是修炼内丹的药物。丹道学中的先天、后天学说给现代人工智能的研究确定了一个界限，即后天的意识皆可以用人工智能模拟的，而先天的意识是人工智能无法模拟的。后天的世界是“明在系”，人类的理性可以认识；先天的世界是“暗在系”，脱离人们熟知的因果律和时空限制，无法被后天的理性所认识，仅能用先天的灵性来察知。
§§§第二节 顺则生人逆则成仙的内丹学原理
按照道学的宇宙创生演化及人体生成说，宇宙和人体生命的生成皆源于道。道自虚无状态中化生出元始先天一炁（亦称太乙真气），又从一炁中产生阴阳二性。由于阴阳二性的交会、激荡，产生物质、能量、信息三大元素，再由三元素演化成万物纷纭的世界。这就是老子《道德经》“道生一，一生二，二生三，三生万物”的宇宙演化图式。人的生成也和宇宙的创生图式相感应，宇宙中的元始先天太乙真气，在父母阴阳两性交合时被招摄进母腹之中，形成胎元，将性命寓于其中。直至十月期满，胎儿长成，出离母腹，“哇”的一声，先天祖气断开，后天气生。以后每32个月，生元气64铢，由复卦、临卦、泰卦、大壮卦、央卦至16岁乾卦，得384铢元气，为纯阳之体。其中父母初交，于恍惚之中，合成一炁，生长出形体未具，神炁未判，处于混沌状态的胎元，为人道的“第一变”。由心肾成形，神炁始分，到十月胎圆，婴儿降生，为人道的“第二变”。由初生儿至16岁少年，阳精成熟将泄，情欲始萌，为人道的“第三变”。而后识神用事，情欲伤身，每96个月，则生一阴，由24岁妮卦，经32岁遁卦、否卦（40岁）、观卦（48岁）、剥卦（56岁）至64岁坤卦，元气耗尽。内丹学修炼功夫是一种人体返还工程，即由坤卦返回乾卦的返老还童之术。内丹学的基本原理是认为宇宙演化和人体生命都可以从逆的方向上进行反演的思考。顺则生人生物，逆则修炼成仙。内丹家以“三关修炼”阻止人体熵效应，通过“炼精化炁”的初关仙术将精化尽只剩下炁和神，为“三归二”的过程，然后“炼炁化神”的中关仙术为“二归一”的过程，最后“炼神还虚”的上关仙术返还于虚无之道。这样人体沿着逆的方向由“第三变”返到“第二变”，再从“第二变”返到“第一变”，直到虚无之道，内丹就修成了。
§§§第三节 虚无之道和先天一炁说
内丹学要追求一种长生不死、永恒不灭的状态，而根据自然科学定律凡是产生的东西最终都要灭亡，仅有虚无是不生不灭的。这样，返还虚无之道就成了内丹学追求的目标。《唱道真言》云：“夫道之要，不过一虚，虚含万象。世界有毁，惟虚不毁。道经日形神俱妙，与道合真。道无他，虚而已矣。形神俱妙者，形神俱虚也。”内丹学认为在宇宙未创生之前，是一片虚无。当宇宙创生之时，虚无之道化生出元始先天一煦（太乙真气），这种先天一炁被认为是宇宙万物运动的一片生机，也是生命运动的源泉。因之，自身阴阳、同类阴阳、虚空阴阳丹法都以招摄先天一炁为目标。我们推测，先天一罴大概是宇宙大爆炸之前的初始信息，是时间和空间还没展开的宇宙模本，是自然界最根本的内在节律。初始的宇宙中隐藏着秩序，存在着产生普适的宇宙节律的信息源。内丹家通过一种将人体节律和宇宙节津调谐的技术，使人体精、气、神等元素充分激发，在量子层次上和自然界的本源相互作用，将这种残留在宇宙中的初始信息招摄到体内。内丹家将人体和大自然的内在节律相调谐，使自己的身心与混沌的宇宙融汇为一体，返回先天的初始状态，才能同宇宙的自然本性契合，进入道的境界。
§§§第四节 意识的三层次说
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