们对内丹学的研究，发现人的意识的器官不仅是大脑皮质，还包括丘脑、网状结构，甚至还有心脏等，中国古医学认为心主神明，肝出谋虑，胆主决断，肾出伎巧等是有根据的。这就是说，思维和情感活动在躯体层次上是以人脑及内脏器官等相互制约的复杂生理系统为基础的。人体的内分泌激素，后天和先天的精，气、神也是一个系统，是可以相互影响，互相转化的。人体生命运动的精、气、神恰好和物理化学运动中的热、力，光三种效应相互对应，它们都是生命运动的存在形式，其中最要害的是神。人的心理也是有结构的，是一种过程的秩序。意识是生命运动的最高形式，它可以凝聚为一种有着超微结构的高度有序的客体。人的心理系统中的意识活动和无意识活动都是人类在进化过程中大自然赋予的重要心理功能，其中无意识活动决非无足轻重的自然现象，而是一种深层意识，是人类改造自然和社会的重要潜能。意识活动的生理机制主要在大脑额叶，无意识活动的生理机制在大脑的网状结构和丘脑。随着人类进化，人的大脑皮质日益发达，网状结构的范围相对减小，但网状结构中的核体却日益复杂和分化，人的深层意识也愈加显示其重要的调节作用。我们可以断定人的意识共分为三个相互联系的层次，即常意识（日常的认知、思维活动）、潜意识（隐藏在心理深层的欲望，即弗洛伊德研究的层次）和元意识（遗传的本能意识）。常意识是心理表层的理性思维活动，内丹学家称之为“识神”，它包括人们的感知、判断、推理等一系列心理程序。内丹功夫中识神的活动分为正念和邪念（即不利入静的杂念和游思、妄念等），内丹家要排除邪念，凝聚正念（意守丹田，归根复命之念），集中人的意念力透入深层意识之中，增强常意识的可控度，使之以意念力的形式得到凝炼和升华。潜意识是一种非理性的意识层次，包括人们平常不易觉察的胎儿、幼年、童年的记忆（特别是心理未成熟时期的刺激）和隐藏的各种人生欲望、性欲、心理创伤等印痕。日常生活中的重大刺激往往会透过表层常意识在潜意识中留下痕迹。这些潜意识的印痕反过来又在背后强有力地影响着人们表层的心理程序，人们可以从梦境、幻觉、精神病等心理状态中破译出潜意识的原型，内丹功夫中出现的不良心境、恶劣情绪、各种魔境、幻觉等部是潜意识作怪。内丹功法要净化潜意识，自我清洗自胎儿期以来键入的各种印痕，井通过一定方式（如熟读丹经、牢记师传、背诵口诀、默念咒语、反复训练等）将炼丹的程序编码输入潜意识之中。这种潜意识中的炼丹程序编码就是“真意”，它被称作勾引精、气、神等生命要素相互化合作用的“黄婆”。潜意识可以在内丹修炼中逐步人格化，凝炼为“阴神”。阴神是人格化了的潜意识，可以如梦中之身般的脱体而出，具有遥感、透视、预知等超常的心灵潜能。人类心理的最深层次是“元意识”，在内丹学中称作“元神”。内丹修炼到元意识显现时，呈一种极端清醒却毫无思维的心理状态，可以呈现为直觉和灵感，这说明元意识是比潜意识更深一个层次的意识，相当于佛教阿赖耶识所藏“无漏种子”（第九识“无垢识”），为实相真如性体，丹家亦称为宇宙和人体发生之初的“一点灵明”，是一种遗传的本能意识。元意识是人类在漫长的生物进化中遗传在头脑中的尚未开发的信息库，它包藏着生物进化史上曾经有过的智慧和能力，是人身真正的“自我”，因之丹家称为“主人公”。当迫使识神退位（排除常意识）元神呈现时，便是找到了真正的“自我”，因之内丹学又是一套开发自我，认识自我的过程。元意识在人体工程中通过开发和凝炼，可以逐步人格化为“阳神”。几乎所有的炼丹家都以其亲身经历表明阳神是元神的凝聚体，有成熟的人格，是有形有相的自我，可以脱体存在，具有突破时空障碍的巨大神通。丹家将人的躯体称作“色身”，将阳神称作“法身”，也叫身外之身，出阳神是内丹人体工程的重大目际，也是内丹学研究中最棘手的一项课题。实际上，内丹学是一项凝炼常意识、净化潜意识、开发元意识的系统工程。
§§§第五节 取坎填离术
内月学认为后天的坎（兰）、离（三）二卦是由先天的乾（三）、坤（三三）二卦中间的阴、阳两爻互换位置造成的。（（渔庄录》云：“先天八卦，乾南坤北。因男女****之后，乾体破而为离，坤体实而为坎。故后天八卦，谓离南坎北，盖以离代乾，坎代坤也。”内丹学要从后天返回先天，变离为乾，变坎为坤，因之丹功修炼要求将坎卦中的阳爻再抽回来，填入离卦中阴爻的位置上，使之回复到先天乾卦的纯阳之体，丹家称之为“取坎填离”。离、坎二卦在双修丹法中是男女的代号，意思是以男子离器中的真阴（又称真汞、砂中汞、龙从火里出）摄取女子坎户中的真阳（又称真铅、水中金、虎向水中生），从而阴阳****成丹。《悟真篇》云：“南北宗源翻卦象”，“牵将白虎归家养”，“西山白虎正猖狂，东海青龙不可挡。两手捉来令死斗，化作一块紫金霜”，都是隐喻这种功法。清修丹法又以离、坎二卦为心、肾的代号，或以离喻元神，坎喻元炁、真精