不过气来，新起的民间宗教及结社在暴力镇压的政策下不能不采取秘密的组织形式，遂在下层形成秘密社会。特别是清朝，对知识分子大兴文字狱，有抄家、灭族之刑，对劳苦民众的民间宗教信徒亦大肆围剿、屠杀、凌迟、流徙，无所不用其极。野蛮的统治终于招来野蛮的反抗，粗俗的民间宗教正好适应受愚民政策之害的劳苦民众的思想文化水平，他们纷纷涌人民间宗教。八卦教、黄天教、红阳教、罗教、三一教、大乘教、青莲教、黄崖教等愈禁愈盛，形成了对封建政权的异己力量。特别是清朝中叶以来，土地高度兼并，人口爆炸性增长，流民日众，盗贼遍起，大农业封建帝国的基础失去平衡，成群结伙地走到多种行业苦谋生计的人产生了组织结社的需要。根据中国第一历史档案馆记载，清代民间秘密宗教达215种之多，天地会、哥老会（后为红帮）、青帮（由信罗教的漕运水手发起）等秘密会党亦流行全国。这些秘密宗教和会党在全国星罗棋布，枝蔓相连，构成了一个地下秘密王国，极具破坏力的黑社会组织使奉行野蛮的镇压和愚民政策的专制政权自食劣果。
秘密宗教和会党是中国同人民对立的专制主义政权留下的社会病，又是这种政治制度的晴雨表，它们盛世则隐，乱世则显，和封建专制制度相始终。明清以来正宗的道教走向衰落，也同民间宗教争夺去民众，占据了地盘有关。清初屡下诏禁断白莲、焚香、混元、龙元、红阳、圆通等“邪教”，而对道教仍加保护，但《大清律》严禁巫师、道上“跳神驱鬼逐邪”，“聚众拈香”，“聚会念经”，清帝亦不请道士入宫行斋醮之事，使正一道士难以开展宗教活动，更加速了正一道的衰落。
清帝未入关时，已有范文程教之以道家治国之术。康熙帝向满族王公大臣颁发《老子》一书，其外示儒术，内用黄老，对道教较优待，曾召见第五十四代天师张继宗等，并褒封龙门律宗道士王常月。雍正帝以禅宗大宗师的身份，倡三教一体之说，并为张紫阳《悟真篇》作序，推崇备至。他还封赐正一道士娄近垣，并赐银修龙虎山宫观。乾隆帝崇儒，贬抑佛道二教，于乾隆四年（1739）一度禁止正一真人传度，以后又不许朝觐，乾隆十七年（1752）又将其由二品降为五品。但乾隆帝对全真道似较优待，曾于乾隆三十年（1765）敕修北京白云观，晚年还行幸白云观题诗书碑等。全真道龙门律宗第七代律师王常月于清初公开传戒，得到顺治帝的支持，使清代全真道龙门派呈中兴之势，出现了一批龙门派高道。至清末，教风日下，仅靠香火谋生，白云观第二十代住持高仁峒得宠于慈禧太后，交通富禁，行势弄权，但在教理发展上毫无建树。
三、明清道教的道派
元代而后，儒、道、释三教合一之说日盛，道教内部亦出现诸道派相互混融的趋势。至明清时期，道派的繁衍分化渐渐停滞，而诸道派渐汇集于正一、全真两大派系之下。正一道为符箓诸道派的代表，全真道则为内丹炼养道派的总汇。
（一）正一道在明清时期的发展状况
明清时期天师道诸符箓道派虽在社会上皆被称为正一道，但就其内部的师徒承传系统而论，则仍有正乙、灵宝、上清、净明的师承之分。明代正一道由于受到朱明王朝的扶持较为显赫，但教团内的腐败之风亦使其渐渐在民众中失去信仰。明代正一道中较著名者，为第四十三代天师张宇初，著有《道门十规》、《度人经通义》、《龙虎山志》等。张字初之道教思想，乃适应当时流行的三教一家说，吸收全真教风之长，改造正一道。他在《道门十规》中说：“近世以禅宗为性宗，道为命宗，全真为性命双修，正一则唯习科教。孰知学道之本，非性命二事而何？虽科教之设，亦惟性命之学而已。”继而以内丹学作为斋醮、雷法的根本，以为只有先炼成内丹，以自己的真阳点化鬼魂的阴魄，才能令彼获超度，雷法亦是以自己的元神为主宰。他同时强调道士修道须恪守清规，以戒行为先，试图抑止正一道的腐败之风。张宇初之后的各代天师，在明代亦袭封大真人，掌天下道教，为符策派领袖，然无著名高道。《明史》载：“张氏自正常以来，无他神异，专恃符箓祈雨驱鬼，间有小验。顾代相传袭，阅世既久，卒莫废去云。”
正一道净明派道士赵宜真，及其高徒刘渊然，再传弟子邵以正等，亦以道术名世。赵宜真善符箓祈禳，又传全真道北派内丹和清微派雷法，高行伟操，为时所推。他著有《原阳子法语》、《灵宝归空诀》‘等。
永乐年间正一道士孙碧云住持武当山，开武当山一派。孙碧云亦为明代高道，传张三丰一脉龙虎丹法，所开武当本山派亦名榔梅派，奉祀真武帝。
清代正一道式微，以道术显者有雍正朝道士娄近垣。娄近垣亦倡三教同源之说，既习符策，又学禅宗，还修内丹。他整理刊印《黄箓科仪》十卷，是记述清代道士行符箓斋醮的科仪书。据《诸真宗派总簿》，清代正一、茅山、净明、灵宝、神霄、清微等派皆有承传，正一、清微等派还有分支。明清以来，东南沿海地区兴起妈祖信仰，建天后富，形成新道派，并传人台湾。