雨驱蝗有功，受元朝赏赐。刘大彬撰《茅山志》33卷，为元代遗留下的重要道教史料。茅山派道士杜道坚（1237 - 1318）主领湖州计筹山报德观及杭州宗阳富，著《（道德原旨发挥》，茅山高道张雨著<外史山世集》、《碧岩会玄录》等，皆精通玄理，能诗善文，具有上清派道士传统学问之长。
灵宝派在宋元问以閤皂山为本山，主要在民间活动。阎皂山万寿崇真宫第四十六代宗师杨伯，元代曾被封为“太玄崇德翊教真人”。宋元间有林灵真编<灵宝领教济度金书》，金允中编《上清灵宝大法》等道书传世。宋元间名士郑所南为超度南宋抗元亡魂，亦撰有《太极祭炼内法议略》三卷。宋元间灵宝派虽仍主于符咒斋醮和度亡祭炼之术，但亦掺和进雷法和内丹功。
（三）雷法诸派
雷法为内丹和符箓结合而成的道派，主张内炼成丹，外用成法。宋徽宗好符箓道教，有侍宸九人，包括林灵素、王允诚、徐知常、董南运、李得柔、王冲道、王文卿、张虚白诸人。王文卿（1093 - 1153），江西南丰人，和林灵素俱得神霄雷法之传，后林灵素之传不显，王文卿之徒甚盛。王文卿弟子著名者有朱智卿、熊山人、平敬宗、袁庭植，另有南丰邹铁壁、新城高子羽，亦得王氏雷书。此后邹铁壁传沈震雷、莫起炎、王继华、潘无涯、金善信、张善渊、步宗浩、周玄真等，成一系统。高子羽一系则有徐次举、聂天锡、谭悟真、罗虚舟、萧雨轩、胡道玄等。其中尤以莫起炎（月鼎）、谭悟真（五雷）、胡道玄（神霄野客），名重一时。神霄派雷法多以南宗内丹功法为根基，认为雷法以符箓召摄的雷将，实即自身五脏之精气感应而来，故需以丹功为体，以符箓为用。北宋末萨守坚，得张继先、林灵素、王文卿雷法之传，寓于泉州，以道术名世，从之游者数百辈，称西河派，乃神霄支派。
清微派亦以雷法显于宋元之际，据《清微仙谱》云此派创自于唐昭宗时祖舒（广西零陵人），经郭玉隆、朱洞元、李少微等，九传而至南毕道（眉山人），佐宋理宗，数谏不从，后传雷法于黄舜申（舟山人）。黄舜申曾得宋理宗和元朝封号，对清微派雷法作了综合发展，门徒甚众。得其传者，北有武当山张道贵，南有西山熊遒辉（真息），熊真息又传彭汝砺、曾贵宽、赵宜真等。清微派和神霄派之雷法符榘不同，亦以内炼为本。
张道贵本为武当山全真道士，得清微派雷法后又与叶云莱、刘洞阳开武当派。武当派雷法实为全真道和清微派之结合体，其门徒有张守清、彭通微、单道安等。
正一道中还繁衍出一雷法新派，传“天心正法”，为“天心派”。天心派雷法以北极星为主神，存思日、月、星三光，内炼神气，外用符印，可以降妖捉鬼，炼度亡魂。《南唐书·谭紫霄传》谓道士陈守元，得张氏符箓，学于谭紫霄，尽通之，“遂自言得张氏天心正法，今言天心正法者祖之”。王太初、廖守真、路时中等，皆以行天心正法召神驱邪名世，又有雷守声，亦行天心法有应验。
（四）其他道派
净明道是由儒学和道教合流而成的道派。唐代或更早，江西玉隆山一带就有许逊信仰及关于他的种种传说。唐代已有许逊、吴猛的传记（吴猛《晋书》有传，许逊见于《（搜神记》，皆不详），谓晋代许、吴二真君得湛母之道，后许逊道成，传十二真君，开玉隆山道派，以道术济世利民，后升仙。南宋初，周真公称得许逊净明灵宝秘法，传净明忠孝之教，兴起一时，旋又无闻。此派本传符箓劾治之术，又有《铜符铁卷》，言炼养之法。元初，复有隐士刘玉（1257—1308），称得许逊诸仙人真传，以江西西山为本山开净明道，后传黄元吉、徐异、赵宜真、刘渊然等，形成传法系统，并集成《净明忠孝全书》。净明道教人正心诚意，忠君孝亲，灭尽人欲，使心性净明，达到极端符合封建伦理纲常的境界。净明道士无论在家出家，均要先尽人事，内修正念，外用符箓，行祈禳祭炼之法。该派亦属于天师道之经箓派道教。
东华派亦属灵宝派分化出的支派。北宋末道士宁全真（1101- 1181）有通灵之异，以内丹、雷法融汇灵宝派斋醮祭炼之术，广收门徒，八传而至林灵真（1237—1302），在宋元之际，绍开东华之教，为一代真师，以济生度死为己任，主持温州天庆观，门徒甚众，亦属天师道之符箓道派。
在北方，金元时期创建的新道教，除金真道外，尚有刘德真创的“大道教”（元代称“真大道”）和萧抱珍创立的太一教。