外丹术在唐代失败，失去宗教诱惑力后，内丹家应运而起。内丹派兴起于唐末的神仙道教，其奠基人为钟离权和吕洞宾。钟离权和吕洞宾为当时著名的神仙道上，修内丹有成，开发了人体潜能，获百岁以上高寿，隐显世间传道度人，屡有灵异，被世人传为活神仙。当时还有一批内丹家，如崔希范、陈朴、施肩吾、彭晓、庥衣道者、陈抟、刘海蟾诸人，使神仙道教内丹派发展到成熟阶段。神仙道教内丹派多以内丹的观点解《周易参同契》，汲取其中以日月运行规律描述炼丹过程的理论框架和套用其龙虎铅汞的术语，故尊《（参同契>为丹经之祖。张伯端（987—1082），又名用成，字平叔，号紫阳，天台人。初为儒生，后作胥吏，因犯火烧文书律遣戍，随陆诜入成都，遇刘海蟾，授以金液还丹之诀，晚年得道，著《悟真篇》、《青华秘文》、《金丹四百字》等。张伯端传石泰（号杏林），石泰传薛道光（法号紫贤），薛道光传陈楠（号翠虚，人称陈泥丸），陈楠传白玉蟾（号海琼予，封紫清真人），被后人尊为南宗五祖。刘操，号海蟾子，字玄英，曾事燕主刘守光为相，得钟离权、吕洞宾丹诀，著《还丹赋》，传张伯端、王庭扬、蓝元道、晁迥等多人。张伯端又传石泰、马自然、刘奉真、刘永年等。石泰（1022 - 1158）撰《还源篇》，陈楠（？ -1213）撰有《翠虚篇》，陈楠又得神霄派雷法，以内炼金丹外用符箓相结合，呼风唤雨，役使鬼神。白玉蟾（1194-？）之丹法重禅道融合，兼传雷法，徒众增多，形成教团，其徒以萧廷芝、王金蟾、彭耜、留元长、洪知常、桃源子、林自然等较著名。石泰、陈楠一系，专主清修，而刘奉真、刘永年、翁葆光、若一子等丹系，则主同类阴阳双修。吕洞宾，张伯端皆老年才得道，有同类阴阳丹法之传亦合情理。王金蟾弟子李道纯，著《（中和集》，在元代又开中派丹法。
宋代神仙道教内丹派，不止南宗一一系，如麻衣道者传陈抟，陈抟传张无梦，亦形成一派丹系。明初道士张三丰，受传于火龙真人，开隐仙派一系龙虎丹法，即属于陈抟丹系。宋徽宗时女冠曹道冲，封文逸真人，著有《灵源大道歌》，属女子内丹派系。五代宋元时期，神仙道教中内丹大师辈出，丹派多有。
内丹派南宗，主要活动于南宋时期，属于神仙道教派系，南宗之名是世人比照北方传内丹的全真道而来。南宗和全真道内丹皆祖述钟、吕，元代全真道南传，势力贵盛，陈致虚自称得南北．二宗真传，力主在全真道名义下合并南北：二宗，被两宗普遍接受，内丹派南宗遂归并入全真道。
全真教祖王喆（ 1112 -1170），字知明，道号重阳子，成阳人，幼习儒术，长入府学，曾应武举，形质魁伟，任气好侠，轻财重义，年47岁，犹不得志，于正隆四年（1159）在甘河镇遇异人授丹诀，并饮以神水，自此内修金丹，外佯狂垢污，自号“王害疯”（关中话称发狂为“害疯”）。他先弃家入南时村掘地为穴，称为“活死人墓”，居内修炼三年，于大定七年（1167）焚居东游传道，往来于山东半岛登州、莱州之问。他先后收马珏、谭处端、王处一、郝大通、丘处机、刘处玄、孙不二等七大弟子，并在宁海周伯通家创立金莲会，劝人诵《道德经》、（（般若心经》、《（孝经》。全真道提倡三教合一，宣扬“教虽分三，道则唯一”、“天下无二道，圣人不两心”，其修持大略以识心见性，除情去欲，忍耻含垢，苦己利人为宗。重阳祖师去世后，七弟子分别掌教、传教，全真道逐渐兴盛，后世尊全真七子为北七真，创内丹派北宗。北七真又在丹功上各立门户。丹阳真人马珏（1123 -1183），创遇山派；长真真人谭处端（1123 - 1185），开南天派；长生真人刘处玄（1147 -1203），开随山派；长春真人丘处机（1148—1227），开龙门派；玉阳真人王处一（1142 - 1217），开嵛山派；广宁真人郝大通（1140～1212），开华山派；清净散人孙不二（1119～1182），开清净派。丘处机掌教期间，全真道大盛，龙门派丹法亦显。全真道有严格的出家住庵制度，宗教素质较高，其教融摄儒释，建立了一套完整的教义教制，成为中国道教的大宗。
（二）以正一派为首的天师道经箓道教
正一道自张正随于北宋朝受到宋真宗召见赐“先生”号，正一道成了龙虎山、阎皂山、茅山三派经箓道教的领袖，至元代仍有统领天师道符箓诸派的地位。正一派著名高道，为第三十代天师张继先（1092 - 1127）。张继先除传正一派原有的符箓咒语、斋醮祭炼之术外，还传南宗刘海蟾之内丹术，否定天师道承传的房中术，又行神霄派王文卿传的雷法。这些改革丰富了天师道的内容，将正一派提高到上清派和灵宝派之上，增强了经策道教的社会影响。
上清派自唐代而后，高道渐少，地位下降。宋代茅山宗中著名高道，为第二十五代宗师刘混康（1037—1108），现茅山元符宫就是宋帝为他兴建的。还有朱白英、任元阜见重于宋，许道杞、王道孟因祈