金人铁骑南下，入主中原，南宋朝廷称臣议和，北方汉人眼见复国无望，国破家亡的隐痛促使他们到宗教中寻求慰藉。于是，沧州刘德仁的“大道教”，卫州萧抱珍的“太一教”应运而生，很快得到金王朝的承认，萧抱珍和刘德仁分别于皇统八年（1148）和正隆六年（1161）得到金国皇帝的召见。金人利用道教，无非是用以麻痹汉人缓和********。
金世宗时，王喆又创全真道，其弟子刘处玄和丘处机先后掌教期间，得到金廷承认，金世宗并召请王处一进宫传道。金元交替之际，丘处机审时度势，看破了金与南宋必为蒙古人所灭的政治趋势，不奉南宋和金人之诏，而奉了远征西域的成吉思汗之诏。邱处机以七十余岁高龄，率十八弟子，跋涉数万里，历时四年，经数十国，在西域雪山行营见到成吉思汗。丘处机以道教清心爱民之旨劝谕成吉思汗戒杀，深得成吉思汗敬重，尊之为“丘神仙”，使中国民众减少了蒙古铁骑屠城流血之祸。丘处机回燕京后，住长春富（后合并为北京白云观）他从成吉思汗那里得到了掌管道教、自由收徒布道、赦免差役赋税的权利。《元史。释老志>载：“时国兵（元兵）践蹂中原，河南北尤甚。民罹俘戮，无所逃命。处机还燕，使其徒持牒，召求于战伐之余。由是为人奴者，得复为良．与滨死而得更生者，毋虑二三万人。中州人至今称道之。”在那灾难深重的年月，人们纷纷逃入全真门下避祸修道。全真道团迅速扩大，随着元朝统一，全真道传向全国。
早在元朝灭宋之先，元世祖忽必烈便曾遣使入龙虎山密访第三十五代天师张可大，张可大以“后二十年，天下当混一”的政治预言报之。元朝统一天下后，忽必烈于至元十三年（127）召见张可大之子第三十六代天师张宗演，赐银印，命主领江南道教。后又几次入朝，元世祖命他取其祖张道陵所传玉印、宝剑观之，叹息说“朝代更易已不知其儿，而天师剑、印传子若孙，尚至今日。其果有神明之相矣乎？”第三十八代天师张与材，以术劾治潮患有功，于大德八年（1304）被封为正一道教主，主领三山符策。元皇室的政治目的是借正一道收拢人心，并控制江南经箓派道教的活动。
中国战乱的年代，游牧民族皇帝入主中原，农民起义领袖攻占京城，虽说有促进民族融合或推进改朝换代作用，但由于他们缺少文化教养，士兵又野蛮成性，往往使中华民族苦苦积累起来的古代文物、图书、艺术品乃至富庭园林建筑遭大劫难。金世宗大定四年（1164）曾下诏保存北宋《政和道藏》经版，后又搜访遗经，由天长观提点孙明道主持，于金章宗时完成《大金玄都宝藏》。元兵入侵中原，大肆烧杀，《道藏》残缺，丘处机嘱其徒宋德方，会同宋弟子秦志安等于乃马真皇后称制三年（1244）完成《玄都宝藏》，有道经7800余卷。后元宪宗蒙哥执政，笃信西藏密宗的喇嘛教。元人素来信佛，及其入主中原，番僧亦甚猖獗，强夺民财，庇护盗贼，出入官室，淫乱妇女，无人敢问。元世祖忽必烈即位，封其师番僧八思巴为国师，藏传佛教为国教，僧人气焰更嚣张，他于1280一1281年，先后两次下令焚毁《道藏》及其经版，声称除老子《道德经》外尽是伪经。如今《道藏》中古经残缺不全，皆由元代焚经之祸而来。忽必烈分天下人为十等，行民族压迫政策，又纵僧害民，《辍耕录》：“至元间释氏豪横，改宫观为寺，削道士为髡，各处陵墓，发掘殆尽。”可知其野蛮骄横。故忽必烈焚经之举，多是出于其野蛮的习性、信佛崇僧的宗教偏见和歧视汉人的民族压迫政策。
忽必烈还从其收拢人心的政治需要出发’，拉拢在江南民间颇有影响的正一道，并将说话投合他心意的正一道士张留孙、吴全节师徒留在身边，封为“玄教宗师一，替他管领北方的道教。张留孙、吴全节师徒会符箓、懂斋醮，善占卜，极投合元帝的需要，高官厚禄，荣耀无比。张留孙（1248一1321）见重元室五十余年，历事十一帝，在朝中德高望重，以占卜为元帝决疑，广交大臣，死后仁宗追封“真君”号。吴全节先为“玄教嗣师”，后继其师为“玄教大宗师”，曾代皇帝祀岳渎，沿途察访政情，并为元室推荐儒臣，宣扬汉文化，尊荣一时。吴全节亦总摄元代江准荆襄等处道教，知集贤院道教事，封上卿。张留孙、吴全节及其道徒，不过是为元室掌管道教事务的道官而已。他们的活动加强了正一道统领各派经箓道教的地位。
二、宋辽金元时期全国的道派
朱辽金元时期，儒、道、释三教融合的思想已占上风，其道派火致分四类。其一一是由神仙道教和禅宗融合而成的内丹派，即是全真道南宗和北宗。其：是传统的天师道经箓派道教，即是龙虎山（正一道）、阀皂山（灵宝派）、茅山（上清派）三山符箓。其三是由经策派和内丹派融合而成的雷法诸道，包括神霄派、清微派、武当派、天心派等。其四是以儒家学派和道教融合产生的新道派，如净明派以及北方新创的太一道、真大道等。另有旧道派繁衍出来的新派，如东华派等。
（一）内丹派南宗和全真道