魏晋天师道的另一个趋向，是自发地向士族社会发展，沿着士族神仙道教的轨道演变。一些世家大族如琅玡王氏、义兴周氏、高平郗氏、吴郡杜氏、殷川庚氏、泰山羊氏、会稽孔氏、陈郡殷氏、吴兴沈氏、谯’国桓氏、晋陵华氏、东海鲍氏、阳夏谢氏以及丹阳葛氏、陶氏、许氏，还有北方的清河崔氏、范阳卢氏、冯翊寇氏、京兆韦氏、天水尹氏等都世代信奉天师道，成为著名的天师道世家。晋王室司马氏也信奉天师道，服食养性，修长生术，和天师道徒往来不绝。天师道在门阀士族中间广泛传播开后，还出现了不少士族家庭自主经营的教团。这些士族天师道徒以自己的宅邸作治，自己管理道室，在家族中进行道教活动。例如钱塘杜明师经营的杜治，就是以士族家庭立治独立经营的天师道教团，在当时颇有影响。著名书法家王羲之一门世代奉道，其子王凝之便在自己家中设立道室进行道教活动。这些上层士族天师道徒，不仅沿袭天师道的那些上章、祈祷、服符水、读《道德经》等旧道法，而且还把神仙道教的采药、辟谷、服食养性等黄老之术融合进去。他们在名山筑宅清修，使天师道沿着神仙道教的轨道发展。
魏晋时期，上层天师道逐渐发展为士族神仙道教，下层天师道也在民间流传不熄。晋惠帝太安元年（302），巴蜀地区又暴发了李特、李雄领导的流民起义，流民领袖多为张鲁天师道徒的后裔，以及世奉巫鬼道的少数民族首领，因之天师道成了这支流民军队的宗羲信仰和旗帜。他们得到隐居青城山的道教领袖范长生的支持，竟于永兴元年（304）在蜀郡建立政权，国号大成。范长生在光熙元年（306）劝李雄称帝，被封之为“四时八节天地太师”，天师道遂成了成汉政权的国教。东晋永和三年（347）桓温伐蜀，成汉才亡，这是继张鲁之后四川出现的又一个延续了四十三年的道教王国。这说明巴蜀地区天师道在民间的影响力一直很大，直至《隋书·地理志》，仍记载汉中之人，好祀鬼神，“崇重道教，犹有张鲁之风焉。”
东晋时，钱塘杜氏世奉天师道，杜子恭（杜炅）为东晋天师道著名高道。杜子恭以道术通灵，江南子弟多奉事之，建立了多达万户的天师道道团。其家族中又有高道杜叔恭（杜炅），自称梦感张鲁亲授道法，以章书符水为人治病，能知人祸福，组成庞大天师道教团，世称杜明师。杜子恭去世后，教权落入琅玡孙氏手中。孙泰习养性之术，百姓敬之如神，遂不断扩大教团，结交王侯，私集徒众．声言晋祚将终，竟被司马道子所诛。其侄孙恩逃于海岛，纠合徒众数万人，于隆安三年（399）兴兵复仇，杀会稽内史王凝之，旬日之间四方应者众数十万，利用民间天师道组织了一场农民起义。孙恩于元兴元年（402）兵败赴海自沉后，其妹夫卢循又率众转攻广州。义熙七年（411）卢循和徐道覆率兵北上，后被刘裕击败。这场农民战争历时13年，杀死了一些充任朝廷官吏的士族天师道徒，加速了晋王朝的灭亡，民间天师道亦因此一蹶不振。孙恩教团号其徒众日“长生人”，投水而死者称“水仙”，这说明晋代民间天师道亦接受了神仙道教的长生成仙信仰。琅玡孙氏所传天师道虽遭镇压，但杜子恭后世子孙如杜道鞠、杜京产，仍为著名高道，世传天师道不绝。<正一法文天师教诫科经》中说天师道“自流徙以来，分布天下”（《大道家令戒》），即魏晋时天师道从四川到北方又到江南，传遍全国，直至六朝后期，“三吴及边海之际，信之逾甚”（《隋书·经籍志》）。
三、神仙道教的诸道派
魏晋时期道教传播于士族社会，神仙道教形成，社会上层出现了不少神仙道士。实际上，魏晋神仙道教是一种自由发展的宗教，后世诸家宗如净明忠孝道等包括张卫之子张盛开创的江西龙虎山正一道，都可追溯到魏晋时期。今将魏晋时期神仙道教的主要道派略为分述。
（一）金丹派
汉末左慈由北方南渡东吴，神仙道教的金丹派遂在江南承传下来。葛洪说“余考览养性之书，鸠集久视之方，曾所披涉篇卷，以千计矣，莫不以还丹金液为大要者焉。然则此二事，盖仙道之极也。服此而不仙，则古来无仙矣。”（《抱朴子内篇·金丹》）金丹派的道士认为服食金液和还丹是由人升仙的根本途径。所谓金液，从当时流传的丹方看，是一种溶解金或药金（炼制的铜合金）的溶液或象征性的溶解了金的溶液。神仙道士认为这种“金液”在与金或药金的作用中本身已含有“金性”，因而服用之后人体自然也具备了金的不朽性质。还丹则是在炼丹炉中模拟宇宙时间反演而得的化合物，是一种固体化了的道，人服后自然可以返老还童，得道成仙了。因此，神仙道教金丹派道士皆以炼制金液还丹为终身大事，他们将金液、还丹之方看得极为尊秘，不肯轻易传人。至于黄白之术，则是制备铜合金，例如黄白家制备铜砷合金，由于铜和砷的比例不同合金的颜色不同，金黄色光泽者称药金，白色者为药银。魏晋时神仙道教金丹派的传人，著名的有阴长生、左慈、葛玄、郑隐、葛洪，还有狐刚子。狐刚子著有《五金诀》、《五金粉图》等书，据说亦是左慈弟