防止套种和复耕，林业部门也应经常进行检查，但由于缺乏工作经费，有的便采取了听之任之，睁一只眼闭一只眼的态度，不但存活率底，林木长势很差，还出现了套种和复耕的现象，退耕还林工作的效果也就大大地打了折扣。
计划滞后、资金滞后，也是造成基层工作被动、老百姓产生疑虑，以致影响退耕还林工作进展的一个问题。特别每亩地的50元苗木费，本来很多地方就反映标准太低，无法买到优质种苗，再加以资金迟迟不到位，意见也就更多了。各地由于气候条件不同，植树季节也不同，于是不少地方竟出现了植树季节已过才拿到种苗款的情况。四川省凉山州某县部分区乡竟迟迟不兑现农民的种苗款和医药、教育补助费，全县滞留约20万元，审计部门已经提出了意见，但这些区乡仍一味拖延，不予改正。
至于在退耕还林（草）工程中如何提高科技含量，更是薄弱环节了。
把退耕还林当作“政绩工程”的，在考察中也有发现，以后将专门涉及，此处就不再赘述了。
又会“造林不见林”吗？
天然林保护工程是另一项重要的生态建设工程，目前也面临许多问题需要认真解决。
随着近年来国家对生态建设的重视和生态投入的增加，各地也纷纷提出了建设生态县、生态市乃至生态屏障的口号，但目前由于体制上缺乏统一管理、实施上缺乏科学规划，于是生态项目的确定、资金的使用乃至国家行政部门管理的职能划分等方面，都存在一定的盲目性和随意性。这些问题也反映在天保工程上。
甘孜藏族自治区州基层林业部门反映，州林业局最初要求他们先在江河沿岸造林，刚刚开始执行了，又改为先搞“绿色通道”——在公路沿线造林。凉山州一些县反映，安宁河流域的规划一会儿是林草结构，一会儿是林药结构；对经济林和生态林的比例，哪些算经济林、哪些算生态林、哪些算兼用林，标准也不断变化，具体操作时十分困难。
由于对生态环境建设管理职能的规划既不明确也不科学，计委、林业、水利、畜牧、环保、国土乃至财政都承担着生态建设任务，由于体制上的混乱，多头建设、多头管理，于是在有的地方便出现了互相争项目、争资金以及政出多门、互相掣肘的情况。再加上有的项目确定时本身便有一定盲目性，于是表面看来热热闹闹、轰轰烈烈，但或重复建设，或缺乏针对性，浪费了国家资金，而实际上却不解决问题，收效甚微。
根据2002年8月底新颁布的《中华人民共和国水法》，国家将在重要江河、湖泊设立流域管理机构，但是，从目前我国条块分割、部门分割的实际情况看来，对长江真正实行流域管理还相当困难。
和退耕还林（草）工程一样，天保工程在资金投入上“一刀切”的现象也十分突出。
以四川公益林建设为例，国家统一规定人工植苗每亩投资200元，其中中央投资80%，地方配套20%。但实际上由于地方财力紧张或对造林认识不足，绝大多数地区并没有配套。而西部的高寒、高海拔地区以及岷江、大渡河、雅砻江、金沙江、嘉陵江流域的干旱干热河谷地区，由于生态环境极度退化，造林难度很大，不但成活率、保存率低，需要多次补植，还往往要辅以引水工程或其它措施，按每亩地160元的投入计，实在无法保证工程的顺利实施。按现在的实际成本，第一年每亩需400～1000元，加上以后的补植、管护，费用更需增加一倍到两倍。因此有的地方反映：“造一亩亏一亩，林业部门背不起，地方财政也背不起，不如干脆不造！”
根据这种情况，有的地方建议，在财力不足的情况下，国家能不能突出重点，集中资金在关键地区先进行治理，提高质量，造一亩算一亩。他们说，如果不改变这种“撒花椒面”遍地开花的办法，10年后，可能“造林不见林”的现象又会出现了。
禁伐令下达、实施天保工程后，缺乏配套措施和实施细则，在贯彻时便产生了许多新的矛盾，遇到了许多新的问题。
人工林的商品材采伐和生产建设、人民生活用材如何解决都是首当其冲的大问题。
云南省元谋县反映，封山育林根本封不死，真要封死了，老百姓的烧柴怎么解决？牲畜的放养又怎么办？元谋县正争取成为沼气示范县，也想推广圈养，但这些既要经费又要时间，短时间内办不到……
泸定县在制止老百姓砍伐烧柴时，老百姓们说：“连烧柴都不准砍，你把我们杀了算了！”
青衣江畔宝兴县的硗碛乡是一个藏族乡，有30多户农民要求建房，报告交上来一摞，县上无法解决，包括有户农民住房被火灾烧毁也无法解决——砍伐人工林吧，还没有成材，天然林呢又全部禁伐……老百姓们意见很大。