在重点地区优先发展和整体国力迅速增强的同时，我国区域间发展差距在不断增大。突出地表现为：其一，沿海与内陆的差距。1978年东部人均GDP是中部、西部的1．49倍和1．85倍，2000年已经扩大到1．80和2．34倍。尤其是西部广大的农村贫困地区，多是我国少数民族比较聚集的地区和陆域边境地区，所以，区域经济发展不均衡问题同政治与社会稳定紧密地联系在一起，使得区域经济发展差距问题变得更为复杂。遏制区域发展差距不断扩大的趋势，促使区域协调统筹发展，是当前和未来相当长时期国家宏观区域政策的重要导向。其二，城乡差距显著。由于生产要素更便于向城市地区流动，使得城市经济赢得了更多的发展利益，导致城乡发展水平和生活水平的差距不断扩大。全国城乡居民人均可支配收入之比逐渐拉大，由1978年的2．6：1扩大到2003年的3．2：1；城乡居民的人均消费水平相应在2003年也扩大到了3．7：1。
沿海与内陆的差距、城乡的差距复合在一起，就表现为，越是落后的地区，城乡差距越大；在经济发达的地区，城乡一体化进程明显，甚至农村地区较中心市区的发展势头更猛。2003年西部地区城乡居民收入之比是3．7：1，高于全国平均水平。这样的结果，不仅使我国多数地区城乡二元结构特征突出，也导致东西部地区之间发展的差距问题在乡村表现得更为严重。
1．综合竞争力落后
随着我国经济管理体制的不断深入以及区域经济实力的不断增强，中央政府在调控区域发展状态、塑造区域发展格局方面的作用力度明显减弱。国家预算内资金占全社会固定资产投资的比重由62％下降到2002年的7％。而地方政府的科学决策能力和管理水平、企业家的创业能力和企业持续发展的竞争能力、区域创新环境与水平等所构成的区域发展活力，深刻地影响着区域发展的状态。这是符合区域经济发展基本规律的。也正是由于如此，我国区域间发展的差距——主要是沿海和内陆的差距。在过去仅仅20年的时间里，已经从量（主要是区域间GDP增长速度的差异导致的人均GDP水平的差异）的差距，转变为质（主要是区域间发展活力和发展潜力）的差距。当然，这一方面有利于具有发展活力的东部沿海地区持续健康地发展；另一方面，也给国家通过加速欠发达地区的发展、解决地区发展不平衡问题带来很大的难度。
由于导致区域发展差距扩大的因素，在短期内难以消除，区域发展——特别是区域经济发展的差距将继续扩大。除了传统的自然条件、区位因素、经济基础以及投资能力等在东西部之间不平衡仍是客观存在外，影响区域发展的新要素——信息化、科技创新能力、观念与区域文化、体制等，又为发达地区在新的一轮竞争中赢得了更多的机遇。从目前发展电子信息产业强劲的区域分布看。其向沿海发达地区不断集聚的态势较以往任何一个传统产业部门集聚的势头都猛，这表明，在新一轮竞争中，沿海发达地区依然占据着产业高地。再如，作为新因素之一的信息化水平发展的地区差异很大，据《2004中国发展报告》测算，2001年东、中、西三大地带的信息化指数分别为60．9、53．84和49．85。因此，在新老因素的共同作用下，加快欠发达地区发展的任务将更加艰巨。
2．区域规划薄弱
在经济全球化和市场机制两大力量的作用下，在国家宏观区域发展政策的引导下，我国区域发展格局已初步形成。沿海、沿江两个重点地带构成了我国“T”字形的主轴框架，串联重点城市的主要交通运输走廊成为我国经济密集分布带。劳动地域分工呈现出比较清楚的层次，区域特色经济体系初步形成。东部地区成为我国的制造业中心，形成了具有较高技术含量的现代制造业体系和现代服务业体系，并在海洋资源开发和发展海洋经济方面取得进展；中部地区是我国的农业基地，并在原材料工业和基础加工工业的建设方面取得重要成就。而西部地区建立在资源开发利用基础上的产业经济体系，在全国具有显著的特色。全方位对外开放格局已经形成，沿海作为对外开放的前沿地带，依然在外向型经济发展中处于排头兵的地位；以省会城市为主的内陆开放城市成为我国对外开放体系中的重要节点，在当地外向型经济中发挥着核心作用；沿边开放对于改变区域经济面貌也起到了独到的作用。
当前区域发展的高层次目标和战略内容尚未落实。取得突破性进展的难度很大。主要表现在：区域（空间）规划至今还没有被纳入国民经济和社会发展规划体系之中，传统计划经济的“重行业规划、轻区域规划”的弊端依然产生着不良影响，城市（城镇体系）规划和土地利用规划试图弥补因欠缺区域规划所带来的不足，但由于受管理体制的影响，这两个规划同国民经济与社会发展规划也没有相互协调，从而削弱，甚至歪曲了区域规划的价值。区域发展创新能力的建设普遍没有受到重视，国家到地方的创新网络的雏形还没有形成，这非常不利于区域持续健康的发展。因此，区