案件来源及企业基本情况
根据税收专项检查安排，天水市国税局稽查局对某机床有限公司2004年1月1日至2005年12月31日期间的增值税纳税情况进行了检查。某机床有限公司主要从事锻压机床及备件、制管设备等的生产销售，为增值税一般纳税人。
税务稽查过程及方法
检查前，检查组与企业有关部门进行了座谈，了解到该公司主要产品均属大中型生产设备，采取“以销定产”方式生产经营。为了提高市场占有率，该公司通过两种途径扩大销售：一是借鉴和学习同行业的先进水平和制造工艺，提高产品的科技含量水平，增强产品的竞争力；二是参加国内外各类贸易洽谈会和展销会，提高产品的知名度。
在检查中，稽查人员采取顺查法对其凭证账簿、财务报表及增值税专用发票使用情况等进行全面检查。在增值税进项税方面，通过检查发现，该公司取得了开票单位与收款单位不一致的3份增值税专用发票和1份项目填写不齐全的公路运输发票，并已申报抵扣进项税。
在增值税销项税方面，稽查人员根据座谈会获知的信息，决定重点对该公司的产品销售及参展情况进行检查。稽查人员从销售部门调阅了《产品购销合同》等资料与主营业务收入明细账相核对，又将库存保管账的发货记录与库存商品账进行核对，检查该公司有无不按合同约定时间做销售收入，有无将参展产品销售后不计销售收入等情况。经检查发现，该公司仓库保管账中H—3Y型机床发出数量比库存商品账面发出数多2台，经与相关的《产品购销合同》核对，并与销售人员座谈，确认了这两台产品属于2005年3月赴外地参展产品，在展会结束后直接销售给某私营企业，该公司未开具发票，也未计销售收入。
经检查核实，该公司：
1．2005年3月销售2台机床，未计销售收入272，000．00元（含税），未计提增值税销项税额39，521．37元。
2．2004年取得3份开票单位与收款单位不一致的增值税专用发票，申报抵扣进项税额14，542．79元。
3．2005年取得1份项目填写不齐全的公路运输发票，申报抵扣进项税额33，618．09元。
处理处罚依据及结果
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第一条“在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳增值税”和第二条“（一）纳税人销售或者进口货物，除本条第（二）项、第（三）项规定外，税率为17％”及第五条“纳税人销售货物或者应税劳务，按照销售额和本条例第二条规定的税率计算并向购买方收取的增值税额，为销项税额。销项税额计算公式：销项税额=销售额×税率”及第十九条“增值税纳税义务发生时间：（一）销售货物或者应税劳务，为收讫销售款或者取得索取销售款凭据的当天……”以及《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三十三条“条例第十九条第（一）项规定的销售货物或者应税劳务的纳税义务发生时间，按销售结算方式的不同，具体为：（一）采取直接收款方式销售货物，不论货物是否发出，均为收到销售额或取得索取销售额的凭据，并将提货单交给买方的当天……”之规定，该公司销售货物，未计销售收入，未计提增值税销项税额，应补缴增值税39，521．37元。
根据《关于购进货物或应税劳务支付货款、劳务费用的对象及分期付款方式购进货物的抵扣时间问题的通知》（国税发【1995】192号）“纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣”之规定，该公司2004年取得3份开票单位与收款单位不一致的增值税专用发票，应做进项税额转出，应补缴增值税14，542．79元。
根据《财政部国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税【2005】165号）第七条第五项“一般纳税人取得的项目填写不全的运输发票不得计算抵扣进项税额”之规定，该公司2005年期间取得1份项目填写不全的公路运输发票，申报抵扣进项税额33，618．09元，应做进项税额转出，补缴增值税33，618．09元。
该公司合计应补缴增值税87，682．25元。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十二条“纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”之规定，对该公司应补缴的税款从滞纳之日起按日加收万分之五的滞纳金。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条“纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证，或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入，或