3月10日，国民党二届三中全会正式开幕，出席代表共33人，左派和中共党员超过了2／3，会议于17日闭幕。会议通过了一系列旨在提高党权、抑制蒋介石军事独裁的决议案，主要有：《统一党的领导机关案》确定了国民党内集体领导的制度，取消了主席制度。《军事委员会组织大纲》规定军事委员会为国民政府的最高军事行政机关，将原属总司令的任命与指挥权集中于军事委员会主席团，而军事委员会主席团7人，则由中央执行委员会全体会议指定，并“至少须有未任军职之中执委三人参加”。《国民革命军总司令条例》重新规定了总司令的职权。《外交统一方案》规定党员及政府职员不得擅行与帝国主义各国交涉。《统一革命势力案》规定了国民党与共产党与第三国际间的关系，允许中共党员参与国民党的决策与政府。
此外，会议还追认了武汉临时联席会议的一切决议，并对国民党中央和国民政府的主要机构进行了改造。通过这一系列决议案，使蒋介石从独裁统治的权力最高峰跌落下来，而左派的权力由此大增。
蒋介石对二届三中全会前后国民党左派和中共开展的提高党权运动，极为恼火。2月21日，他在南昌总司令部总理纪念周上发表演讲，攻击武汉的左派和共产党人。
蒋介石这篇演讲发表以后，京沪帝国主义的通讯社和报纸都对其大加吹捧：“蒋介石已起来反对左派，抑制共产派了。”孙传芳、张宗昌的上海新申报和西山会议派的上海江南晚报也以大字刊登蒋介石的演说，大加赞扬，并且评论说：“到底蒋介石不错，还能起来抑制共产分子。”蒋获知后，备受鼓舞，更要放开去干了。
国民党二届三中全会闭幕后，武汉提高党权的运动掀起新的高潮。邓演达、郭沫若等人在汉口《民国日报》上发表大量反蒋文章，吴玉章以“中国国民党湖北省执行委员会”名义发表了《为党权运动敬告全党同志书》，邓演达以“国民革命军总政治部”名义，编印“护党运动专号”的宣传品。
武汉政府为夺回蒋介石的军权曾采取过重大措施。1927年1月中旬，蒋介石离汉后约一星期，鲍罗廷曾专柬约李宗仁小叙，对李明确表示：“我看你们绝不能再让蒋介石继续当总司令了。再当下去，中国必然又要出现一个独裁者，革命就会前功尽弃。”鲍罗廷还表达了希望李宗仁能取蒋而代之的愿望，但为李宗仁拒绝。二届三中全会结束后不久，武汉国民政府“有一个俟机逮捕蒋介石的秘密命令，交给程潜执行”，但程潜没有执行这个密令。
迁都之争后，蒋介石锐意经营东南，企图攻下沪宁后，将首都定在南京。武汉当局对蒋之意图了如指掌，因而决定不让蒋氏有完全支配上海、南京的机会。随着北伐军即将抵达南京、上海，左派力量同蒋介石的政权之争便围绕着对南京、上海的控制而展开。
武汉国民政府为阻止蒋介石在南京另建中心的阴谋得逞，决定责成二、六两军控制南京地区。南京于3月23日克复，最先攻入南京的部队是程潜的江右军所属二、六两军的部队。
3月27日，蒋介石电召程潜至沪，与其他国民党将领商议“清党”反共之策，因程潜倾向武汉政府，随即向鲍罗廷报告了蒋介石等人在上海筹议“清党”。在这种紧急情况下，为先发制人，鲍罗廷于4月7日下午召集临时紧急会议，决定：“中央党部及国民政府迁至南京”，并命令、武汉军事委员会准备“以南京为中心之作战计划”。但因为程潜立场不坚定，又失去了控制南京的机会。
双方在争夺南京的同时，对上海的争夺亦在进行。上海工人阶级在中国共产党领导下曾举行过两次武装起义，但都失败了。3月22日，第三次武装起义取得了胜利。
武汉国民政府完全支持中共的行动，承认“上海市民大会为上海市民正式代表机关”，“上海市民大会选出之市政府委员十九人为上海市政府临时委员”等。希望在中共的领导下，上海会被武汉方面控制。
然而，蒋介石无视上海市临时政府的存在，于3月26日自九江进驻上海，随后命令白崇禧直接控制上海局势，并擅自任命上海市的行政官员。3月29日，上海临时市政府委员举行就职典礼，蒋介石致函临时市政府：
查上海市之政治建设，实为当今要图，欲谋市政之建设，在此军事期内，一切行政处处与军事政治统系攸关，若不审慎于先，难免纠纷于后。中正为完成政治统系及确定市政制度计，已另电中央熟商办法。务望暂缓办公，以待最后之决定。
蒋介石显然是反对临时市政府的成立，虞洽卿、杨杏佛、陈光甫、王晓籁等资产阶级代表先后辞去市政府委员的职务。其他市政府委员虽然也进行了斗争，并宣布就职办公，但由于蒋介石军事当局竭力阻挠、干扰，又无法行使职权。4月8日，蒋介石指派吴稚晖、钮永建、白崇禧、杨杏佛等组织上海临时政治委员会，并授予“决定上海市一切军事、政治、财政之权”。中共、国民党左派与蒋介石的权力之争已达到白热化程度。
2．争取财阀、列强和帮