，蒋介石事前布置张静江顽抗，声言他的主席地位决不能动。张静江说：“请汪复职，无异于拥汪倒蒋，我一定要与之一争到底。”还扬言提出欢迎胡汉民以为抵制。但会议还是通过了“迎汪”案，并通电各级党部，通告中央关于请汪回任的决定，并向汪本人发出通电，请他“即日命驾回粤”。
在这种迎汪抑蒋的政治气氛中，蒋介石不得不为自己的政治前途重新作一番打算。1926年9月上旬，当国民革命军克复汉阳、汉口后，蒋介石于9日致电张静江、谭延闿：“武昌克后，中正即须入赣督战。武汉为政治中心，务请政府常务委员先来主持一切，应付大局。否则迁延日久，政治恐受影响，请勿失机。”
蒋介石此时所以积极主张迁都武汉，一方面为了利用自己在北伐过程中重新树立的威望来辐射和干扰汪精卫在广州的势力，另一方面是因为他深知武汉战略地位的重要，并想亲自控制武汉政权，也可压制在北伐中日益坐大的唐生智。
9月18日，蒋介石再电张静江、谭延闽要求政府迁汉，但被搁置。蒋介石得悉后，又于10月22日再电广州中央，要求迁汉，接着他派邓演达到广州催促政府及中央党部迁移武汉，但又被否定。
随着革命形势的发展，国民政府的管辖区域日渐扩大，广州地处偏远，迁都问题又得重提，国民党中央政治委员会乃于11月26日做出了迁都武汉的正式决定。会后，在广州的国民党中央执行委员和国民政府委员分批北上。
12月2日，宋庆龄偕同国民政府司法部长徐谦、交通部长孙科、财政部长宋子文、外交部长陈友仁以及苏联顾问鲍罗廷前往南昌，并在庐山召开会议，做出如下决议：采取消灭孙传芳联络张作霖的策略，工人运动从缓，农民运动加快，凡北伐军攻克的省份，财政由中央统一管理，取消主席制的一长制，改为委员制的合议制，电请汪精卫回国复职。会上，蒋介石以“政治与军事发展便利起见”为由，提议改迁都南昌，未被与会者同意。会议结束后，蒋介石回南昌，宋庆龄一行赴武汉。
12月13日，由在武汉的国民党执行委员暨国民政府委员临时联席会议在武昌正式组成，代行国民党中央党部和国民政府的职权，同时发布命令定都武汉。又组织国民政府委员会，以财政、外交、交通诸部长，汉口、武昌市长及防军司令等9人为委员，徐谦为主席，会上，蒋介石被点名批评，认为是要搞专制、独裁，把个人权力凌驾于党中央之上。会议所决定：凡军事委员会的决议，要由中央执行委员会议决，总司令动员令要由军事委员会七人主席团讨论，通过后再交中央执行委员会批准，总司令不得擅自决定一切和任意下令。很明显，这几个决定主要是针对蒋介石的。
武汉国民政府的成立对控制两湖局势，对唐生智加以限制起到了一定的作用，但与蒋的愿望还相去甚远。再加上国民党中央防蒋军事独裁的气氛日渐浓厚，鲍罗廷等人对蒋是如此的不留情面，甚至连联席会议也没能让蒋插上一脚，蒋遂蓄意有所行动。
蒋介石在12月问，把张静江、谭延闿从广州接到南昌，还截留了部分取道江西去武汉的国民党中央执监委员和国民政府委员，于1927年1月3日擅自在南昌召开了中央政治会议第六次临时会议，非法决定中央党部和国民政府移驻南昌。
为了实现迁都南昌的目的，蒋介石在1月10日和21日又两次操纵南昌政治会议，做出要求武汉成立政治分会，解散临时联席会议的决定。这实际上是否定了武汉国民政府的合法性，只将其作为南昌政府的一个分支机构。蒋介石无视党纪，公然向武汉国民党中央临时联席会议挑战，激起了武汉方面的强烈不满。
武汉国民政府主席徐谦三令五申要求南昌的国民党官员前往武汉。1月中旬，蒋介石前往武汉，摇唇鼓舌，四处游说。但是蒋介石所到之处，屡遭抵制，蒋甚为难堪。在1月12日武汉各界召开的欢迎大会上，就有人当场质问：为什么违抗国民党中央迁都武汉的决定？为什么无理扣留国民党中央委员？苏联顾问鲍罗廷也当众批评和羞辱了他。最后蒋介石在武汉呆了一周之后，毫无收获，并且几次受辱，众人排挤，甚是郁闷，最后悻悻离去。
1月18日，回到南昌之后，蒋介石回顾这几日四面碰壁、屡受侮辱，心中怨愤油然而生。他立即给徐谦打了个电报，要求撤销鲍罗廷的顾问职务。徐谦收到电报后，未予理睬，蒋介石也无可奈何。
迁都之争以武汉国民党左派的胜利而告结束，但蒋介石的妥协施展的是“以退为进”的策略，不久，他与黄郛等人密谋，决定了“底定东南”的策略，蒋意已决，不愿再与国民党右派和共产党合作，打算凭借自己的军事力量“搞个单干”。
在迁都之争中，国民党左派和共产党人对蒋介石的军事独裁、专制跋扈义愤满腔，一时舆论沸腾，纷纷要求提高党权，限制军权。
2月22日，武汉中央执行委员会常务委员会决定接受21日扩大联席会议的要求，决定于3月1日在武汉召开国民党二届三中全会。