名可秀儒宗地位的确立,影响了很多人、很多事。
首先,对理学的影响很大。
“理学”是卫希颜提名，名可秀定义。最初是因凤凰书院内各学派思想的百家争鸣碰撞而萌生，建炎六年正式创名立为学派，当时名可秀对“理学”的定义是：
“理者，究天地万事万物之理。”
又概定理学“三分”：上曰天人之理，即天道；中曰道德性命之理，即人道；下曰格物之理，即物理。
其中，格物之物理，包括算学、天文、地理、物理、化学、工械,即“形而下者谓之器”,儒家又称为“百工之学”。
大宋很重视“工”，因有辽、夏的边患威胁，但对内又重文抑武，所以比起前朝历代都更依赖于军器的犀利和守城工械的防御力量。但是，“工”毕竟是旁门左道，不比正统儒学，士子入仕还是要读儒经经科考道路的，所以即使有这方面天赋的士子很多也会弃之不学。
最初凤凰书院设格物学科时招生人数很少，就是这个原因。那时建炎新政的工科制举才刚开一年，对士子的影响还不大。直到工科制举陆续考了三届之后，进入格物科的学子才渐渐增加了。
后来，随着理学的名声扩大，包括：格物学科出的成果应用到军事、农事和工事上，受到朝廷不少表彰；理学的学者们在有影响力的论刊和报纸上陆续发表文章宣扬学说，又与其他学派进行辩论，宣扬理学；以格物和自然认识为主的《自然》杂志的读者群越来越大；后来新创的《探索》杂志引起的探索者团队的火热，等等，这使理学名声宣扬的同时影响也日益扩大，吸收了越来越多的学子加入到格物学科。
至大宪十二年时，理学创建已达二十年，从最初幼嫩的花骨朵长成了历经风霜的花树。
但是，与新学、程学、温学这三大学派相比，理学还是弱势学派。
虽然理学的名声已经很广，影响范围也很大，但是真正尊崇理学的儒生却不及新、程、温三学。
一个主要原因，就在格物之理上。大多数儒家不认同理学的格物之理是儒学，对此一直有攻讦，包括书院内的很多儒经夫子都不认同，而外部大环境更是重经义轻物理。另外，《自然》杂志扩大格物学科的影响的同时也给理学带来一个负面影响——使天下读书人产生了一种误解，认为理学就是“格物之理”的学派，而理学的究天人之理和道德性命之理反而被忽视了，或者说被格物之理遮蔽了。
这对理学的发展显然是不利的。
作为理学三位学派领袖之一，名可秀不由反思，对理学的定位是否出现了偏差？
在理学高层的讨论会上，苏澹、蔡发这两位学派领袖认为理学太全了，形而上、中、下三者皆具，这使理学的包容性很强，但是，万有不齐，物理自然不同，如何从物理各异之中求得一个统一的天理？这是理学还没能解决的问题。
苏澹道，天理是一，而物理是多，在现实的存在之中，如何从这物理之多中识得天理之一，如果用格物致知的方法，就事事物物去穷理，以期用力久之，而一旦豁然贯通，“则众物之表里精粗无不到，而吾心之全体大用无不明矣”，这显然是主观的唯心论，易陷入自大、狂妄。
蔡发道，从物理中见天理，从主观唯心上来讲是可行的，但是在存在的实践中根本就是无效的，人生有限，如何可穷尽物理，又将不同物理贯通为一？这完全是思想的事情，而不是存在的事情——“格万物而致知天理人性”，只是在思想逻辑上合理，在实践中却无效。
沈元、陈旉、陆宸、周执羔这几位理学执事则从另一个方面讲显现的弊病——因格物致知物理较之格物致知天理、道德性命之理更易出成果，目前在格物学子中已经出现了重物理而轻道德心性的迹象了。
为此，苏澹认为，为了理学的发展，并使学子思想不入歧途，应将“格物之理”剔除于理学之外。沈元、陈旉、陆宸、周执羔等人则反对，认为这会使正在兴起的格物学科遭受很大打击，本来就是“少数人的学科了”，很可能经此重新陷落下去。
两方各执意见，在理学内部引发了争论。
事实上，这个争论不仅仅是涉及“格物之理”在理学的去留，其实质是争论格物致知的内涵意义，以及形而上下的道器、体用之争，这两者都是儒家一直争论的议题。
其中，道器、体用，说的都是一件事。
孔子《易传》曰：“形而上者谓之道，形而下者谓之器。”——形而上的道是抽象的本质和一般规律，称为道、体；形而下的器是具体事物和现象，称为器、用。
理学内普遍认同，形而上之道寓于形而下之器中，所以道在器中，体在用中。但是，在二者的先后关系以及是否可分离上，学派内产生了分歧。
苏澹、蔡发、金安节、苏行冲、陈子卿等人认为，道是宇宙的本体，道主宰器，形而上在形而下之先，因此：虽然道在器中，体在用中，但二者不相杂，可以分离。
沈元、陈旉、陆