主体划区，主导教育。并在北京、江苏、浙江试行。那时中国刚刚摆脱封建统治，蔡元培的这种方案显然是超前了。虽蔡元培亲任国民政府常务委员、大学院院长、中央研究院院长等职极力推行，但不久宣告失败。
蔡元培担任北京大学校长期间，他提倡“思想自由，兼容并包”，注重发展学生个性，主张“沟通文理”，以及“依靠既懂得教育，又有学问的专家实行民主治校”等等，至今对于我们办好大学，仍有一定现实意义。他以“学诣为主”，罗致各类学术人才，使北大教师队伍集中了许多新文化运动的著名代表人物，如陈独秀、李大钊、鲁迅、胡适、钱玄同、刘半农、沈尹默等，也有政治上保守而旧学深沉的学者，如黄侃、刘师培、黄节、辜鸿铭、崔适、陈汉章等。
1940年3月5日，蔡元培病逝。毛泽东在唁电中称颂蔡元培是“学界泰斗，人世楷模”。周恩来在赠送的挽联中写道：“从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；从五四到人权同盟，先生之行在民主自由。”这是全国人民对一代宗师蔡元培崇高、公正和客观的历史评价。