。在琅氏上任初期，北洋的士官生们还知道技不如人，尚能服从琅氏严格的管理。等这批人逐渐升上管带（舰长）后，就再也不能容忍一个洋人在他们面前指手划脚了。他们与琅威里的矛盾冲突越来越尖锐，终于在舰队南下香港避冻时发生了“撤旗事件”，琅威里被迫离开了北洋水师。
北洋水师为此付出了沉重的代价，当时大清无人具备琅威里那样的执教水平，更不具备他那种一丝不苟的敬业精神，整个舰队很快就从内部开始懈怠腐化。
但是关于北洋水师的训练水平，也有很多不实传闻。
1、有说北洋水师训练时“预量码数，设置浮标，遵标而行。码数已知，放固易中”。
实际上这是当时各国海军的通行惯例。
2、舰队平时不仅训练松懈，还为了高级将领们的私利忙于运输任务。
在筹划海防时，左宗棠等人就提出了军民两用的概念，所造军舰配置货舱，用于平时运货补贴军用。北洋水师军舰职能相对单一，所以军舰不用于民用，但是有部分辅助船用于客货运输，以补贴军费，并非将领私人行为。
3、据传闻东乡平八郎（后任日本联合舰队司令，日俄战争中对马海战的日方指挥官）曾上舰参观，见甲板上供着关公神像，一地散乱的剩饭，炮管一摸一把灰，甚至出现在主炮上晾晒衣裤这种军纪松弛到极点的行为。他回到日本便评价说仗不用打，中国输定了。
这个是日本作者编写东乡平八郎的传记的时候，为了吹嘘东乡平八郎而编造的故事。晾衣事件实际上是，当时的军舰是以蒸汽机为动力的，军舰内部比较潮湿，衣服不容易晾干，所以衣物一般都是放置到军舰外部，露天的地方晾干，当时各国海军均如此做，并不只限于北洋水师一家。