法律真空地带：由征地前的互换引发的纠纷
法定的互换，确实是集体内部的互换，但并不排除个人承包体制下私下的跨集体的互换，甚至于这种情况持续了好多年。即使是集体内部的互换，登记生效主义和登记对抗主义的效力是不同的。
某些农地承包经营的增益，是发生在意料不到的征地时，征地补偿的收益远远大于一年又一年的躬耕细作。普通村民的征地信息远远不及村干部的信息灵通。并且村干部可以向县级政府隐瞒承包土地互换的实情，如果不采取统一的登记生效主义制度，这种互换纠纷案往往是难解难分的，并且吃亏上当的总是处于弱势地位的小村民，特别是全家在外打工未归的小村民。
譬如，房地产开发商看中了某块很好的土地，政府的补偿价钱也很好，村干部利用职务之便于征地之前，用小恩小惠诱骗村民上当受骗，并签订了互换合同。互换合同一到手，村干部就决定将互换到的承包地与开发商入股合作开发房地产可以赚得个盆满钵满，而被互换的村民则损失惨重。
（2）转让存在法律真空地带：由权力不平衡引发的受让纠纷
法定的转让即土地承包经营权的转让，是指土地流转权人作为转让人，将自己拥有的承包期内的土地承包经营权移转给他人的行为。土地承包经营权受让的对象，可以是本集体经济组织的成员，也可以是本集体经济组织以外的单位或者农户。
当农户有选择性地转让土地承包经营权时，经过了发包人同意。而掌管发包的村干部有优先受让权，当然是自定的优先受让权，群众也无法制止。村里转让的越多，村干部得到的也越多。长此以往，村干部能够充当承包地的地主，而集体成员的权益屡受侵害。如果采取登记生效主义作法，可以抵制这种不正之风。
3．跨地区互换、转让与转包、代包等可能与圈地运动有关
当农地流转呈开放状态以后，互换、转让与转包、代包肯定不限于本集体以内。跨集体、跨地区的流转会日益增多。特别是土地承包经营权的流转，可以大大突破时间与空间的概念，向纵深方向发展。也可能与房地产的圈地运动有关。
以上提到南方某县级市，人均耕地面积才0。5亩，而一个承包头竟然向当地农民包揽了2万多亩的水田。这个市是该省经济发展最快的县市，征收土地如火如荼，不到两年时间该承包头目所承包的土地大部分被征收。这么说来，涉及到约1万多个原承包人的征地补偿费问题就成为大问题了。
说到“变更土地承包经营权登记要履行一定的法律手续，并交纳相应的费用，会增加农民的负担”也要一分为二分析。这种问题在2006年全国统一减免农业税费以前确实负担较重。在此之后则没有什么负担，办证机关只不过是收取办证的成本费而已。
三、土地承包经营权登记为非统一的登记制度
目前中国的土地登记物权制度仍然处于初级阶段。受社会政治、经济气候的影响，中国的土地登记物权制度经历了从少到多的一个发展阶段，未来修改物权法和关于修正不动产登记法，肯定要朝着统一的土地登记制度迈进。
统一的土地登记制度，应不论建设用地和非建设用地，统统要列入“登记生效主义”制度之中，统一口径，统一公示，统一管理，统一协调，统一生效机制。
土地管理是一个系统工程，土地的预告登记、设立登记、变更登记和注销登记是整个系统工程中的基础工程和信息工程。哪怕房地产行业、土地流转市场化，哪怕土地流转再自由、承包合同再威风，统一土地登记制度是利大于弊，否则是弊大于利。
古往今来无论是什么土地所有制，实施统一的土地登记制度肯定是主流。中国古代管理学家管子说过：“地者，政之本也。地不均平调和，则政不可正也；正不可正则事不可理也。”说明了加强土地管理是国家的根本大计，千年大计。
土地承包经营权登记为非统一的登记制度，包括了两层意思：一是，超过10个门类的农村土地流转，只有互换和转让两个类别才列入“自愿登记”项目之中；二是，“自愿登记”项目之中的两个类别，也仅仅是局限于“登记对抗主义”的二级约束力，没有统一到“登记生效主义”的一级约束力。
目前农村土地流转的方式超过10个类别：（1）转包；（2）出租；（3）互换；（4）转让；（5）招标；（6）拍卖；（7）公开协商；（8）入股合作；（9）抵押；（10）其他流转方式。
其中的第（3）项“互换”和第（4）项“转让”，已经列入本条款“自愿登记”项目之中。那么，我们还可以设问一：（1）转包登记行不行？（2）出租登记行不行？（3）招标登记行不行？（4）拍卖登记行不行？（5）公开协商登记行不行？（6）入股合作登记行不行？（7）抵押登记行不行？（8）其他流转方式登记行不行？如果以上流转方式都行，再设问二：中国农村土地承包经营权各种流转方式，是否可以建立健全统一的“登记生效主义”制度