、相同之处
1．自然资源利用制度主要就是指用益物权制度
自然资源利用制度，除了国家或者集体的信托所有权人使用制度以外，就是用益物权使用制度。
自然资源利用制度，基于自然资源有偿使用制度，就是效益型用益物权制度，属于二级占有、使用与收益，并与所有权中的一级占有、使用与收益形成耦合或者聚合、集合的物权制度。尽管专门法、行政法和民法通则中未使用效益型用益物权的概念，仅仅规定使用权的概念，并不能否定“自然资源有偿使用制度，主要就是效益型用益物权制度”的客观事实。
自然资源利用制度，基于自然资源无偿使用制度，就是就是享用型用益物权制度，属于二级占有、使用与收益制度，并与所有权中的一级占有、使用与收益形成聚合的物权制度。尽管专门法、行政法和民法通则中未使用享用型用益物权的概念，包括未使用地役权的概念，仅仅使用使用权的概念，并不能否定“自然资源有偿使用制度，就是享用型用益物权制度”的客观事实。
2．自然资源利用制度与用益物权制度的关系是基本对应的法律关系
自然资源利用制度与用益物权制度的关系，就是称呼不同而权利义务相当的法律关系。自然资源使用制度中从来没有“使用用益物权”的概念，只是用使用权代替了用益物权而已。用益物权实际上是个概括性的概念，物权法本编包括了土地承包经营权、建设用地使用权、宅基地使用权和地役权四大部分，称呼上并不称之为“土地承包用益物权、建设用地用益物权、宅基地用益物权和地役用益物权”，其中心词全是“使用权”的术语。
自然资源利用制度与用益物权制度的法制基础是一致的，都是建立在社会主义公有制之上，并使之服务于商品经济和市场经济的法律规范。土地资源、矿产资源、水资源和空间资源等资源与用益物权制度相对应。两者之间，总的来说，都相应地规定了有偿使用和无偿使用两大类别。
三、自然资源利用制度与用益物权的不同之处
1．特别法与物权法的规范方法途径不同
特别法以专门法对于某一门类进行专业对口的系统性规范，每部法律都有对应的侵权责任条款细则，威慑力均较强；物权法对于自然资源用益物权进行概括性规范，并以地役权来进行补充，但省略了侵权责任条款细则，威慑力均较弱。
自然资源利用制度主要是属于经济法、专门法和行政法政策物权规定的范畴，其政策物权的门类众多，相当仔细，与之直接相关的的制度还有自然资源权属制度、用途管制制度、资源税收制度、侵权责任制度等。然而其物权法理基础薄弱，需要利用物权法来协助解决一些疑难问题。其中地役权和用益物权的集中规定，对于它们的政策物权是个补充规定。
2．特别法与物权法的规范范围角度不同
特别法规范或调整自然资源利用制度，大多数法律是以自然资源所有权的权属为中心，将与自然资源的所有权制度、使用权制度、利用权制度、作用权制度四大制度捆绑在一起进行规范的，少数法律单列自然资源使用制度，取材角度和规范角度相对完整一些。物权法的用益物权部分，省略了自然资源所有权的规定，将自然资源所有权简略地移转到所有权部分。
特别法规范或调整自然资源利用制度，以保护公有制权益或者公共利益为主要脉络，不仅仅专指用益物权的使用部分，而且还包括国家所有权和国家制度信托所有权、集体制度信托所有权的使用部分。该项使用权，包括一级使用权和二级使用权在内。物权法基本格调是将保护公有制权益与保护私有制权益合并解决，同等对待，自然资源用益物权仅指用益物权的使用部分，不包括国家信托所有权、集体信托所有权的使用部分。
3．特别法与物权法的法律效力不同
一是法律条文的侧重点不同，法律效力各有千秋。就自然资源利用制度的单一品种而言，特别法规定得相当专业而比较仔细且效力显著，物权法的效力范围不及特别法的效力范围。但是，物权法以综合的规定来描述自然资源的用益物权，而且法理基础比较独特，有一套支持民法学上的物权确认与保护制度，并且还可以将某些行政诉讼案件移转到民事诉讼案件中来，方便弱势者和其他维权者维权，这种效力是可以相对独立的软实力。
二是法律等级不同，法律效力自然就不同。在同一类别的自然资源使用制度中，特别法自然优先于普通法，经济法、专门法、行政法的效力优先于物权法，亦即制度物权法优先于普通物权法和担保物权法。然而，特别法没有规定的，物权法可以独自发挥自己的效力。譬如，关于用益物权、地役权法律概念的规定，特别法没有的或者很少规定的，物权法以用益物权的方式给予补充，并可独自生效。
综上所述，特别法中的自然资源利用制度与物权法自然资源用益物权制度，是相辅相成、优势互补的统一的社会主义制度。每个公民应当全面系统地了解和遵守这一整套法