整个九月份对于高旭来说，几乎忙得透不过气的一个月。所谓百废待举就是形容高旭目前的境况。在每天的早上，高旭都是要抽时间来到高氏工坊之中。参与孙拐子在火器方面的改良计划，关注军需品生产方面的进度。大、小破虏炮的铸造成功之后，还有相应的炮车、定装火药炮弹规尺之灰的测准工具的生产，以及完善各种射程方面的参数。
由于崇明岛上资源贫乏，所有的煤铁、木料都依赖于外地。因为镇江清军水师的封锁，高氏在长江上游的商业渠道遭到极大的破坏，比如湖北大治的铁料，皖南的木材都无法运到崇明，高氏工坊所需的煤铁资源都需要从广东的治铁中心佛山等地购买。幸好南下的水运达，暂时还能周转。
高旭有意识地把高氏工坊当作未来工业的摇篮，对于工匠们在创造力方面的培养与奖励可谓是不遗余力。对于一些创新项目，高旭只提供思路，具体的细节则是倚仗这些大明工匠们的探索。在相关的一些技术革新的交流之中，高旭觉这些古代的工匠的创造性并不逊色，往往只要提供一个研究方向，在高额赏银的激励之下，他们总能找到解决之道。
对高旭来说，来到古代之后，诸多现代生活用品方面的缺失，让他感觉极大的不适应，比如铜镜，每天早上瞧着铜镜里自己那扭曲的面孔，那种违和感极为强烈。这使得高旭下决心在高氏工坊中开展玻璃制造的项目。有了玻璃，只能制造出镜子、放大镜、显微镜、玻璃器皿、军事望远镜以及建筑所用的宽大明亮的玻璃窗。
在十七世纪，西方的玻璃制造技术已极为成熟。但要进口西方的玻璃制品，却极其昂贵，比如西洋望远镜，一只价值千金。其实这玻璃制造技术并没有什么壁垒，制造玻璃所需的原料主要是沙子、石灰石，只需适当的配方和窑炉，就能建立起玻璃工坊来。在从澳门重金请来的葡萄牙玻璃匠的协助之下，到了九月底，高氏的玻璃工坊就初步成形。为了高氏工坊相关技术的安全与保密性，受严格监控的葡萄牙工匠一旦完成玻璃工坊的基础性技术建设之后，高旭就命人把这些外籍工匠送回去了。
很多技术革新只有想不到，没有做不到。比如镜子的制作，仅仅是把水银倒在锡片上就能制成；又比如镜片的制作，也只是直接用玻璃棒滴出来的罢了。至于玻璃杯之类的玻璃器具，完全可以用直接模型成型技术，即用熟铁打造两半对开的容器模型，沾起玻璃汁往里面吹，成型之后打开模子，切齐瓶口，用砂纸打磨模子的接缝细线，就能制成规格完全统一标准化的玻璃瓶子器皿。如此简单的玻璃模铸法技术，历史上欧洲要到十九世纪上半叶才明。至于镜子的制造工艺，意大利威尼斯十四世纪就明了，为了保密，把制造工匠关在孤岛终老一生，硬是保密了三百多年。
至于平板玻璃，高旭见过葡萄牙玻璃工匠的制造技术演示，是用吹制法，即先把玻璃吹成球，再弄成圆筒状，等略为冷却之后去掉两头，从中间剪开摊平，即成平板玻璃。这种吹制法受限于工匠的肺活量与玻璃气球的重量，高旭要想用上平板玻璃窗，成本非常高，也无法批量生产。当然，解决之道也极为简单，把融化的玻璃倒在铁桌子，等略为冷却之后，再用铁棍压平，就不受工匠肺活量与玻璃气球重量的限制，可以制造出大型的平板玻璃。
只要知道相应的方法，玻璃制造业的技术壁垒一文不值，这点对于平日爱看些闲书的高旭来说，毫无难处。而且玻璃制造所需的主要原料只是沙子与石灰石，成本极低，玻璃制造业是名副其实的短平快产业。当九月底，高氏工坊里的玻璃坊正式投入生产之后，高旭终于每日早里不用看铜镜内那扭曲的面孔，而且把高老庄内院的纸窗全部换成了明亮的玻璃窗。至于相关的玻璃制品，则成为高氏商业之中新的利润增长点。
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在九月上旬，同盟军的第一镇与第三镇两镇人马先后开出了崇明的训练营。徐玉扬的第一镇挺进浦东，徐鸿的旭卫营与马三炮的火炮营镇守吴淞。随后，高旭又调拨给徐鸿三个预备营，让他在吴淞城内以战训结合，把旭卫营扩编成镇，第三镇以后将以旭卫镇为名。另外赵天武与邬含蓄的两营人马则调出了第三镇的编制。
当第一镇与第三镇开出崇明之后，高旭没有让同盟军训练营空置下来，而是把新募的八个预备营组成的两个预备镇，开进训练营，让教导队进行新一批的军人养成训练。当然，这些预备营新兵基本上是没有上个战场的菜鸟，但其中的基层军官几乎都是第一镇与第三镇的老兵。由于同盟会运动的热潮，以及高旭最大限度地对民意的煽动，这些新兵都抱着驱逐鞑虏，恢复中华的崇高使命来参军，其迸出来的战斗力也是不可小视。
所谓练兵先练将，高旭对于同盟军的军官建设历来不敢掉以轻心。白天所有的军官要与士兵们一起参加艰苦的体能与队列训练，到了晚上，队长以上的军官还要参习讲武堂性质的学习班，除了以戚继光的《练兵纪要》为主要教材的军事纲要培训，还要灌输以同盟会纲领为核心的思想教育。
在九月份，以同盟广场为核心的同盟会