灌溉之事，农赋征收之责等农业事务。农赋在免赋期过后一律为十五取一。农部主官为大司农。
商部为管理帝国商业的机构，负责帝国商业的发展、规范商人的经营与税赋征收等商业事务。商赋为十取其一。商部主官为大司商。
九卿保持原职不变，乃为：卫尉，郎中令，太仆，廷尉，典客，奉常，宗正，少府，治粟内史。但部分官职责权为八部所替代，所以，九卿乃是帝国位高权重的名誉官职，其除了各自所署的职权外，还有一项重要职能：便是由其九人共同组成监察司，负责监察皇帝、百官与各部，防止皇帝昏庸，权利独裁，官员腐化。
这六公、八部、九卿相互监察，环环相扣，组成了帝国权力的核心，乃中央王权机构。
军事方面：武将于现有基础上增加骠骑大将军、卫将军、飞将军，位同六公。
各军团设军师一名与参谋数名，军师位比九卿，参谋位同上卿。
设四征、四镇将军，位同九卿。
四征将军：即为征东将军、征南将军、征西将军、征北将军。
四镇将军：镇东将军、镇南将军、镇西将军、镇北将军。
四镇将军之下有前、后、左、右四大将军，位同上卿，负责镇守边郡。
设四定、四安将军，位同上卿。
四定将军：定东将军、定南将军、定西将军、定北将军。
四安将军：安东将军、安南将军、安西将军、安北将军。
设四中郎将，位比上卿。
东中郎将、南中郎将、西中郎将、北中郎将。
余各封号将军，位比大夫。
以上将军，爵位依功封赏。除常年镇守边疆的将军外，如遇战事，由朝堂点将领兵出征，若无战事，众将随朝听政。如此，既增加将军们的地位与荣耀感，又可将军队牢牢的掌握在中央皇权之下。
如此一来，大秦军政分家，官员职权清晰，国府可以更为便捷地广纳良才，仕官大秦可通过功绩、考核与军功几种途径获得，而不再只是军功爵一途。
当洋洋洒洒千余字于扶苏口中连珠而出，朝堂众臣目瞪口呆，整座大殿鸦雀无声。
良久后，范增慨然长叹道：“王上之策，真是每每出乎老臣所思啊！”
“寡人此策，众卿以为，可行否？”扶苏环目扫视愣愣发呆的群臣，面带微笑。
“王上思虑慎密，如此一来，百业各有所署，百官互有监察，各司所职，此制大妙！大妙！臣！力谏王上即行之！”众人中，萧何的眼光比较长远，想得更多，悉知这套官制体系将为大秦带来数不尽的好处，高声赞同拥护。
“政事嘛，老臣不懂。兵事如此策行之，老臣手下儿郎将无不争先立功，以求得高官厚禄，光耀祖上矣！哈哈哈！”王贲抚着长须，大笑道。
有王贲与范增等老臣带头拥护，一时间，朝堂百官皆欢欣鼓舞，高声相和。
“君虽为王，亦不可肆意妄为——”
突然间，一道苍老而不和谐的声音硬生生打断了此刻的融洽，众人侧目视之，竟是左丞相、安国公、国丈冯去疾！
“国丈认为，扶苏此策，有何不妥？”扶苏起身一躬，恭谦道。
“我大秦之所以强盛百十载，皆历代先王行商君之法、秦之祖制而得，王上不可轻改，轻言变法，邦国不祥！”冯去疾厉喝道。
“体制需审时度势，商君之法乃强国之法，吾不改之。然，今日这时，祖制已不足以治天下，如何不能改？还请国丈教吾。”扶苏深深的再施一礼道。
“于丞相之下多设属官即可，何需如此大费周章。”冯去疾态度坚执强硬。
“我大秦之所以强盛，皆历代先王及时思变，若无孝公力行商君变法，若无惠文王顶住百般阻力，续行商君之法，大秦焉得有今日乎？创新者生，守旧者亡！”扶苏面目坚定，朗声道。
“大秦强盛，全凭耕战与依法治国，先皇奖罚有度，依法重法乃得天下！今王上擅自篡改之，以农、工、商与法同位，商者，见利忘义，逐利之徒也！岂能与国之大道并列耶？！王上此法欠缺熟虑，行事偏颇，是对先帝大不敬！”冯去疾毫不让步，字字指责。
“国丈是否言有不妥？农、商可富国，工可利国，若无工、农、商，何谈强国？若无商道，北地何得今日之富庶？寡人据大势更改体制，国丈至于如此重言乎？！”扶苏面色不悦道。
“先帝一扫天下，廓清宇内，其国策岂容轻改？！”冯去疾不依不饶，高声道。
“寡人之意已决，国丈无需多言！”扶苏霍然正色，断喝道。
“王上不遵祖制，必会引发朝野动荡！臣劝谏不得，过之大矣！老臣年迈老朽，难以奉君，愿辞去左丞相之职，还请王上准许。”冯去疾拐杖顿地，悲怆长叹道。
“国丈何须如此？！”扶苏大惊。
“老臣无力再奉王上，请王上准许老臣养老家中！”冯去疾顽固道。
“唉…