7月5日。段祺瑞发动讨逆战事。4日，段芝贵东路讨逆军第八师自马厂出发，经天津转赴北仓，进驻落垡、廊坊一带。5日晨，在万庄击退张勋军，追至黄村以北。曹锟西路讨逆军自保定北上进驻涿州、良乡，占领卢沟桥一带。是日，段祺瑞自马厂移驻天津，通电就任国务总理，暂以直隶省公署为国务院办事处，并称已电请冯国璋迅即“宣布代行大总统职权日期，早日莅津视事”，正式发起讨逆战事。段祺瑞致电王士珍、江朝宗、吴炳湘，以攻城在即，嘱“所有京城地方秩序，使馆界内外之外人暨清室之安宁，均请执事竭力担任维持”。同日，浙江督军杨善德通电宣布“已由本省第一、二、四各师抽编混成一旅队，组织完备，听候河间（冯国璋）、合肥（段祺瑞）会师致讨”。冯玉祥通电宣布“誓以铁血拥护民国”，拥段为讨逆军总司令，“誓师讨贼”。驻北京北苑及通州之陆军第一师、近畿陆军第一旅发布讨张勋宣言，“所有一切，均听段总司令指挥”。北京南苑航空学校校长秦国镛致电段祺瑞，表示愿“率飞行队与讨逆各军取一致行动”。7日，航校飞机投弹轰击清官。讨逆军东路进攻丰台，西路各队及新加入之第十二师陈光远部、倒戈之近畿第二旅吴长植部，从后夹击。张勋军向西北方面溃窜，讨逆军遂占丰台。8日，陕西讨逆军总司令张钫通电出师潼关，“遵令讨逆”。经徐世昌调解，段祺瑞派讨逆军交涉处长刘崇杰入京与各国公使接洽，提出实行停战四条件：取消复辟；保全清室优待条件；在京定武军立即解除武装；保全张勋生命。张勋不从，谈判破裂。9日，各国公使推荷兰公使为代表，将讨逆军条件转达“外交部”，并要求解除张勋所部武装，并由段祺瑞宣言担负保护张勋及其所属安全之责任。讨逆军在丰台车站逮捕张镇芳、雷震春；在天津新车站捕获冯德麟。10日，第十一师张永成部参加讨逆，与十二师合组讨逆军中路，由陈光远任司令。段祺瑞随后任命陈光远为讨逆军中路司令。徐世昌致电张勋，指出事机日迫，应“速图脱卸”，将军队交王士珍、江朝宗、吴炳湘，“解除武装，移驻城外”，“执事不操兵柄，自可不负责任”，并告经与段祺瑞商明，对其室家财产“力为保护”。段祺瑞通告对清室惟求撤除帝号，优待条件继续有效。11日，由于张勋拒不接受解除武装，段祺瑞派汪大燮往晤荷兰公使，请其转告外交团，讨逆军将采取军事行动解决，但设法限制战斗区域，不致危及外人。12日晨，讨逆军迫抵都门，分三路攻城。张军屯聚天坛，密布炮位于天安门、景山、东西华门各处顽守。旅长冯玉祥、吴佩孚、张纪祥率部攻天坛，激战两小时，张军不支，提出以发给三月军饷为投降条件，段祺瑞允之，即向日本正金银行借款支付，上午7时，天坛张军投降。中路陈光远十二师、张永成十一师占领朝阳门。旅长商震率步炮各团营堵截西直门、阜成门；旅长王承斌所部占领宣武门，炮击天安门及南河沿张勋私宅。张勋由德人保护逃人荷兰使馆，其余各处张军相继投降，讨逆军收复京师。26日，冯国璋令裁撤讨逆军总司令部。
旅沪、旅津议员通告滞留各地议员择地正式开会。3日，前参议院议长张继由津抵沪，对来访者发表谈话指出：段此次讨贼，假名窃义，完全是欺人之举。是日，旅沪议员通告各地议员速来上海，以便召开正式会议，根据法律讨伐叛逆，解决时局。7日，旅津国会议员吴景濂等65人通电，提出拥护约法，择地自行集会，请副总统继位，依法组织政府，组织神圣共和军，议定宪法，否认解散国会令，取消清室优待条件，惩办逆党，遣散非法军队等九项兴师讨贼条件。旅津国会议员吕志伊等237人亦通电，主张“今日救亡大计，必当根据约法解决一切问题”。10日，旅津国会议员在天津设通讯处，择地开会一时难以认同。11日，旅沪国会议员通电，重申解散国会命令无效及决定自行集会等五项护法主张。
张勋通电各省谈复辟始末。张勋声言“孤忠耿耿，天日可表，虽为群小所卖，而此心至死不懈”。并谓冯国璋、段祺瑞、徐世昌等参与策划复辟活动，“数年以来，密谋进行，全仗众力。去岁徐州历次会议，冯段徐梁诸公及各省督军，无不有代表在场；即勋此次到津，徐东海（世昌）、朱省长（家宝）均极端赞助”；“芝老（段祺瑞）虽面未表示，亦未拒绝。勋到京后，复派代表来商，谓祗须推倒总统，复辟一事，自可商量”。“现既实行，不但冯段通电反对，并朝夕共谋之陈光远、王士珍，首先赞成之曹锟、段芝贵等，亦居然抗颜反阕，直逼京畿，翻云覆雨，出于俄倾，人心如此，实堪浩叹。”
川黔军在四川成都展开混战。自4月间川滇军冲突后，戴勘控制四川，与刘存厚关系紧张。张勋复辟，曾以伪谕任刘为四川巡抚，刘未予答复。3日，戴戡在督署召集军事会议，请刘存厚出席，并要其表明态度。刘派代表出席，要求先撤去电报局检查员，然后表态。戴以刘态度暧昧，准备用兵，刘则于4日发出讨伐张勋、拥护共和通电，并做战争准备。是日夜，黔军至北校场袭击川军哨所，川军开枪射击，战争爆发。川军因势孤，退守西门待援。6日，