自宗喀巴创建格鲁派后，很快形成了以拉萨三大寺院为主的传承中心，并且格鲁派传向了其他藏区，各地纷纷建立起格鲁派寺院，无论是规模，还是影响，均超过了其他教派的寺院。
1．甘丹寺
甘丹寺位于拉萨达孜县境内，为格鲁派的第一座寺院。宗喀巴大师自该寺建立后，常驻寺讲经传法。宗喀巴临终时，将衣冠交付给了他的大弟子达玛仁钦（1364—1432），命其为法座的继承人。达玛仁钦被尊称为”贾曹杰”，意为”法王的代理者”。达玛仁钦也曾师从仁达哇学经，并以善巧辩论著称，当他听到宗喀巴的名声时遂前去辩论，结果他当场被宗喀巴大师关于法四依的解说所倾倒，此后一直追随宗喀巴左右。达玛仁钦在宗喀巴之后登上了甘丹寺的宝座，成为甘丹寺住持。达玛仁钦任满后，将住持之位传给了宗喀巴的另一大弟子克珠杰·格勒贝桑（1385—1438），克珠杰即第一世班禅，他以学问渊博而著称，为宗喀巴佛学思想的主要弘扬者。宗喀巴、贾曹杰、克珠杰三人被尊称为”师徒三尊”，受到格鲁派上下的敬重。甘丹寺鼎盛时期有僧人7000余名。甘丹寺的住持一般称为”甘丹赤巴”或”甘丹金座”，由精通显密、品学兼优的格鲁派大德担任，有严格的继任程序，任期七年。甘丹赤巴的地位远高于其他寺院的住持，在清代甘丹赤巴一般可担任达赖喇嘛的经师，有的甚至出任摄政，在藏族社会享有极高的地位。甘丹寺有绛孜和夏孜两个扎仓，寺内有宗喀巴大师灵塔等众多圣物。
2．哲蚌寺
哲蚌寺，全称为”吉祥米聚十方尊胜洲”，是由宗喀巴大师的弟子绛央却杰·扎西贝丹（1379—1449）于1416年在拉萨西郊根培乌孜山南坳山坡上创建。寺院两面山峰环抱，下方是拉萨河，向下望去，视野极为开阔。寺院的后山上布满了大大小小白色的岩石，”哲蚌”二字可译为”米堆”或”米聚”，得名似与这些白色岩石有关。寺院建成后，宗喀巴大师亲自主持了开光仪式。哲蚌寺初建时有七位说法上师，分别宣讲法要，遂形成七大扎仓，后合并为郭莽、罗赛林、德央、俄巴四大扎仓。哲邦寺在历史上最盛时僧人多达13000余名，成为规模最大的藏传佛教寺院，并以学者辈出闻名藏传佛教界。
3．色拉寺
明朝永乐帝曾派专人迎请宗喀巴去内地，宗喀巴派弟子释迦也失（1352—1435）作为自己代表前往，他被封为”西天佛子大国师”。1418年，释迦也失在拉萨北郊的色拉乌孜山麓修建了色拉寺。明宣德九年（1434年），释迦也失受邀再去内地，明宣德帝封其为”大慈法王”，藏语意译为”绛钦却杰”。色拉寺最初有五个扎仓，后合并为三个，即杰巴、麦巴和俄巴扎仓。色拉寺在鼎盛时期有僧人近万名，规模近次于哲蚌寺，是三大寺中离拉萨最近的寺院。色拉寺著名的主供佛像有马头明王等。
4．扎什伦布寺
宗喀巴弟子根敦珠于1447在后藏日喀则地区修建了扎什伦布寺，寺名意译为”吉祥须弥山”。根敦珠主持寺务达三十八年。该寺起初设立了三个显宗札仓，后增加了一个密宗扎仓，共有吉康、妥桑林、夏孜、俄巴四个扎仓。⑧自四世班禅起，扎什伦布寺为历代班禅大师的驻锡地，是后藏地区规模最大的寺院，为格鲁派六大寺之一。
5．下密院和上密院
宗喀巴大师有次在色拉寺讲授密宗经典时，手拿一部《四家合注》的经函，向到会弟子发问：”有谁能受持《吉祥密集续》的讲传？”连问三次后，弟子喜饶僧格从座中站起，表示自己愿意承担。1433年，喜饶僧格在拉萨建立了续部讲经院，称为”举麦扎仓”，即下密院。后来，喜饶僧格的一位弟子贡噶顿主于1474年又在拉萨附近兴建了”举堆扎仓”，即上密院。上下密院仅指方位而言，均以讲授格鲁派四续部密法为主，是格鲁派修习密宗的最高道场。
6．强巴林寺
强巴林寺，位于西藏昌都，是由宗喀巴弟子麦·喜饶桑布创建。后由帕巴拉及其转世活佛系统为寺主。强巴林寺同格鲁派的三大寺一样，规模宏大，建筑众多，有大经堂及12个扎仓的经堂、佛殿等多种建筑，是藏东地区的第一大寺。
7．塔尔寺
塔儿寺，在青海湟中县境内宗喀巴大师诞生地，寺院名称为”贡本强巴林”。1379年，由香萨阿切在宗喀巴大师诞生处建立了宝塔，取名”莲聚塔”。后来，第三世达赖喇嘛索南嘉措赴蒙古路过此地时，向仁钦宗哲坚赞及当地藏族部落指示扩建寺院。从此，塔尔寺发展很快，先后建成达赖行宫、三世达赖灵塔殿、九间殿、依怙殿、释迦殿等。经四世达赖指示，1612年，正式建立显宗学院，有了正规的学经制度。该寺设有显宗、密宗、时轮、医明四大扎仓，为藏传佛教格鲁派六大寺院之一。
8．拉卜楞寺
拉卜楞寺，位于甘肃省夏河县，全名为”噶丹雪珠林达尔扎西叶苏奇卫林”，简称”拉章扎西旗”。又因为拉卜楞寺寺主第一世嘉木样曾学经于拉萨哲蚌寺