1170年，帕木竹巴圆寂后，向蔡巴曾短暂管理过丹萨替寺。之后帕木竹巴的弟子止贡巴担任过寺主，因经济来源较为困难，他遂离任。1198年，止贡巴和帕木竹巴的另一位弟子达垅塘巴共同扩建丹萨替寺的大殿，而止贡巴在大殿建成后借口转移走了一部分寺院财物和经书，引起达垅塘巴和寺院僧众的不满，双方失和。1208年，由朗氏家族的扎巴迥乃（1175—1255）担任丹萨替寺住持。扎巴迥乃是止贡巴的弟子，常跟随在止贡巴左右，因此他被称为”京俄”，意为”眼前的人”，以后丹萨替寺的历任住持都有”京俄”的称号，而且从扎巴迥乃开始，丹萨替寺住持一职就由朗氏家族成员世袭，朗氏家族也常被人称为帕竹家族了。
元朝于1268年分封卫藏十三万户时，帕竹是一个万户，万户长赤本是由丹萨替寺的京俄荐举的。后来到扎巴迥乃的侄子扎巴仁钦担任丹萨替寺的”京俄”时，他又自己兼任了万户长，并称为喇本，意为”上师长官”，成为典型的政教合一的地方势力。到十四世纪中叶，扎巴仁钦的侄子大司徒绛曲坚赞（1302—1364）时，大力发展帕竹势力，于1354年取代萨迦派掌握西藏地方政权。绛曲坚赞又在泽当地方修建了一座不分教派专门传授显宗经典的泽当寺，而丹萨替寺则成为主要传授帕竹噶举密宗的寺院，并且规定帕竹政权的”第悉”（即领导人）必须先在泽当寺学习后方可继任。@明初，帕竹第悉扎巴坚赞（1374—1432）于1406年被明成祖封为阐化王，标志着明廷认可了帕竹政权在西藏的统治地位。到明朝中后期，帕竹地方政权逐渐衰落，帕竹噶举派也是日益衰败。
五、止贡噶举
止贡噶举，是从帕竹噶举中分出来的一支派。止贡噶举的创始人是帕木竹巴的弟子止贡巴·仁钦贝（1143—1217），他从小就拜帕木竹巴学法，后患癞病，修法而得愈，并彻悟佛理。1179年，他来到墨竹工卡的止贡地方，在原有小寺的基础上扩建成一座大寺，这就是著名的止贡替寺，止贡巴的名字就是由此寺名而来，他所传的教派也就被称为止贡噶举。仁钦贝在止贡替寺时影响很大，据说”有二千七百名僧人派往三圣地等殊胜圣地山中修行者，但来年所聚弟子竟达十三万之多”⒄。止贡巴素以严守戒律著称，他对荤酒丝毫不沾，其弟子们以专心修习密法为主。
止贡巴之后，其所属居热巴家族掌管寺政，止贡替寺第五任住持多吉扎”获得万户长敕封，其权势达到恰及达以内”⒅，成为元朝分封的十三万户之一，势力较强。在元朝初年，止贡派曾与萨迦派发生纠纷，遭到萨迦本钦及元朝军队的镇压，止贡替寺被焚毁，止贡派受到重创。到十四世纪中叶，止贡噶举的势力又逐渐恢复，并联合亚桑、蔡巴等万户与当时新兴起的帕竹万户作战，结果被打败，实力又一次被削弱。到明代，止贡替寺的第十三任住持仁钦旺杰在1413年被明成祖封为阐教王。十五世纪，格鲁派兴起后，止贡噶举又曾与格鲁派间激烈斗争。格鲁派地方政权建立后，止贡噶举处于达赖喇嘛的管辖之下，止贡派仅保有其宗教方面的地位和影响而已。
六、达垅噶举
达垅噶举也是从帕竹噶举中分出来的支派之一，达垅噶举的创始人是达垅塘巴·扎西贝（1142—1210），他十八岁时外逃出家为僧，先学噶当教法，后云游各地广闻教法。二十四岁时与帕木竹巴相见，并从帕木竹巴学习噶举派教法长达六年之久。他对噶举、噶当两派教法都有较深的造诣，1180年，他被达、哲、绒三区头人迎请到达垅，在此处修建了达垅寺，并由此形成达垅噶举派。达垅塘巴德行高洁，受到人们的普遍尊敬，达垅派也在藏区很有声望。后来达垅寺住持的两位侄子争夺职位，其中一位名叫桑结温，他在争夺达垅寺住持职位失败后，于1276年到康区建立了类吾齐寺，这座寺成为达垅噶举在康区的中心寺院，被称为下塘（达垅本寺称为上塘）。
达垅噶举，在元代与萨迦派关系较为紧密。达拢寺第三任住持桑杰雅迥曾与萨迦八思巴会面，时二人行碰头礼相见，桑杰雅迥深得八思巴的称赞和敬重，他还将自己的侄子茫噶拉古如托付给八思巴照顾。达垅寺第九任住持扎西贝孜被明永乐帝封为国师，并赐银印诰命。达垅寺僧众操行清正，历任住持”重法守戒”。1240年左右，蒙古将军多达那波报阔端说：”藏地噶丹派的寺庙最多，达垅派的僧人最有德行，止贡派的京俄法力最大，萨迦班智达学富五明。”⒆可见当时社会对达垅噶举派有着良好的评价。达垅噶举派一直传承至今，达垅寺和类吾齐寺仍是藏传佛教中有影响的寺院。
七、主巴噶举
主巴噶举的形成是在帕木竹巴的再传弟子藏巴嘉热·耶协多吉（1161—1211）时期，耶协多吉是后藏人，属于甲氏家族，他修拙火密法，着单衣可以过严冬，因此世人尊称他为”藏巴甲热”（意为后藏甲氏着布衣者）。他早年学过苯教、宁玛、噶当等派教法，他于二十二岁时以一升盐作为见面礼拜见了帕木竹巴的弟子林热‘白玛多吉（1128—