极强的创新和开发能力，仅美国每年向市场推出的新的食品种类就有1．2万一1．5万种。以玉米深加工为例，美国玉米深加工量占玉米加工量的15％—20％，可加工出2000多种产品；而我国玉米深加工比例不到玉米加工量的9％，只能加工100多个品种，仅为美国的1／20。
三是质量上的差距。质量差距包括产品质量和服务质量的差距，主要表现在我国农产品质量、安全、卫生等标准体系不健全，农药、兽药残留超标，动物疫病控制不力等。2001年，国家质检总局公布了我国农产品农药残留超标问题，不合格率达47．5％。
四是行业自律上的差距。国外各种农产品加工协会和中介机构，在推动加工业发展和促进行业自律方面起了积极的作用。我国行业协会官办的多，按产、加、销分段设置的多，难以起到高效、统一的协调和推动作用。以苹果汁为例，前几年我国浓缩苹果汁出口的最高价可达2000美元／吨以上，但由于国内企业连年的恶性竞争，价格一降再降，目前仅为450美元／吨左右，企业基本无利可图。
（三）农业产业化组织内部还没有完全形成利益共享、风险共担的机制，企业与农户利益联结还不完善、不稳固
由于缺乏产业化“龙头”带动，目前我国的农产品销售基本处于一种自然发展的状态，主要靠零散的运销户分销，与市场的连接十分有限，还未形成以契约为基础的紧密的产业体系和利益机制。农户几乎承担着全部的市场风险，却无法分享加工运销增值带来的丰厚利润。当市场风险增大时，农民的利益往往缺乏有效保障。购销过程中，企业和农户缺乏紧密的利益约束，合同观念淡薄。目前，在企业与农户的购销关系中，不少“合同”是口头约定或“君子协议”，真正签订订单的仅有43％，而且违约现象屡有发生。有的企业在农产品“卖难”时忽视农民利益，企业压级压价和打白条等现象时有发生。有的农户在农产品“买难”时不按合同约定把农产品卖给企业。据调查，各地违约事件中，商家约占7成，农户约占3成。
（四）农民文化、科技、经营管理素质总体偏低，制约了其在农业产业化中主体作用的发挥
农业科技成果的转化应用，最终要通过广大农民的生产劳动来实现。而农民科技实践的成效，取决于他们的文化科技素质的高低。目前我国农民素质，从总体上说是比较低的，与发达国家差距很大，与科技进步的要求相差甚远。在我国农村4亿多成年劳动力中，初中以下文化程度的占到90％，其中文盲还占有一定的比例，受过高等教育的农民更寥寥无几。农业人口中农业科技人员的比重只有0．04％。大多数农业劳动力没有受过专门的农业技术教育。这种状况对农业科技进步无疑是一个极大的障碍。一方面，农民文化科技素质低，科技意识不强，导致农业对科技的有效需求不足，削弱了农业科技进步的内在动力；另一方面，农民文化科技素质低下，接受能力较差，大量先进适用的农业科技成果，因无人接受或接受不了而无法在生产中应用，农业科技成果转化率低，科技第一生产力的作用难以发挥。另外，由于文化科技素质低，农民的经营管理水平也不适应发展现代农业的需要。
（五）现有农村金融的实力不强，不能满足农业产业化经营深入发展的资金需求
一是信贷资金投入长期不足。目前，包括农业银行在内的在农村吸收储蓄存款的商业银行对农户和涉农企业的贷款都相当少，不少地方的商业银行根本就不发放涉农信贷。改革开放前，金融部门的农业贷款占所有贷款的比重一直维持在13％左右，而1978年后一直维持在两位数以下，1998年以来徘徊在5％左右。二是国家财政对农业产业化的支持不足。国家支持的龙头企业不足全国龙头企业总数的5‰，扶持仅是局部的，绝大多数的龙头企业不能享受国家的政策支持。20世纪80年代，国家对农业的投资由1978年的55．34亿元减少到1988年的47．19亿元（《宏观经济计划与管理》谭作平主编，中山大学出版社，第130页）。三是农民收入增速下降和乡镇企业效益下滑制约着农业产业化自身的资金积累。
（六）适应农业产业化发展需要的社会化服务体系落后
目前我国的农村专业合作经济组织尚处于探索发展阶段，服务功能偏弱已是不争的事实。突出表现在：一是服务功能明显不足。普遍存在着自身活力不强，根据市场需求调整服务的灵活性差，以及服务经费支出幅度大，普遍处于入不敷出、难以为继的局面，难以满足广大农民日益扩大的服务需求。二是服务内容较为有限。目前还局限于提供一些对资本要求较少的技术服务和市场信息服务，能够进入流通环节的为数不多，能够投资进入农产品加工领域的就更少。三是服务手段存在缺陷。在服务中，政府的行政命令、行政干预占有很大比重，而经济手段和法律手段运用不足。我国至今尚无一部专门的合作经济法规，这使得合作经济组织的所有权和基本权利得不到法律保障；各种类型的服务组织与农户