9月12日至10月9日。孙中山在《中兴日报》接连著文批判保皇党谬论。本年秋天，孙中山以新加坡《中兴日报》为阵地，领导革命党人与《南洋总汇报》展开论战，并亲自用“南洋小学生”的笔名撰写三篇批判保皇党的文章，本日发表《论惧革命召瓜分者乃不识时务者也》一文。9月15日，发表《平实尚不肯认错》一文，驳斥了《总汇报》记者平实的种种谬论。10月9日，发表《平实开口便错》一文，驳斥记者平实《论革命不可强为主张》一文中的谬论。
9月15日。清廷允许在库伦地方设立蒙养学堂。
因日本兵不许当地朝鲜人悬挂龙旗，吉林边务帮办吴禄贞出巡和龙峪等地。
9月18日。清廷重申东沙群岛是中国领土。两广总督张人骏电请外务部通知英、日两国公使，声明东沙岛系中国领土。本月24日，端方亦电请外务合依据《中国江海险要图志》，宣布蒲拉他士岛为中国属岛。
华商控告汇丰银行胜诉。本日，香港华商控告汇丰银行不还地契一案，终得宣判，华商胜诉。四年前，香港一个由华人开办的宏丰公司，有七位董事。其中一位是香港汇丰银行的买办刘渭川。此人因亏欠汇丰汇票，便擅将另一董事刘学询的34张地契（估银60万元）抵押给汇丰银行。刘学询向汇丰索要，汇丰不给，刘学询便向香港有关当局控告。此案一拖四年，直到本日宣判，令汇丰银行将地契还给刘学询。
9月19日。江苏省绅民要求速设谘议局。本日在上海召开大会，决议呈请督抚催办谘议局。
西藏僧侣联名呈控驻藏大臣兼川滇边务大臣赵尔丰枉杀多命，毁寺掠财，清廷令成都将军马亮确查。
9月21日。清廷命荫昌、端方为秋操阅兵大臣。江南湖北陆军在安徽太湖地方秋操，清廷命陆军部右侍郎荫昌、两江总督端方为秋操阅兵大臣，察看操练情况。11月18日，清军在安徽太湖秋操。
9月22日。专使美国兼考察各国财政大臣唐绍仪奏陈订立商约要旨六端，请饬议施行，并速定币制。
9月23日。浙江第一批赴欧美留学生成行。由上海乘西伯利亚号轮赴美，其中官费生九名，自费生一名。
清廷命陆军部右侍郎荫昌充出使德国大臣。
9月24日。日本增兵吉林敦化县，意图压制韩民干涉政事。清东三省总督徐世昌致电外务部，延吉日本人有增兵设分遣所之势，应选定妥员，随带宪兵，分赴百草沟等地设派办所，严行抵制。
9月25日。法公使巴思德照会清外务部，送交所拟《中法滇越会防章程》，以防止中国革命党人在越南活动。30日，清外务部照复同意。
9月26日。陆军部奏定《陆军惩治逃亡章程》及《陆军惩治漏泄军事机密章程》。该二项章程是由陆军部拟定，本日经清廷批准施行。《陆军惩治逃亡章程》共11条，其主要内容为：（一）军人擅离职守或军队所在营地，过五日者以逃亡论处，处以监禁。如果把官给服装同时携去，处三年以上五年以下监禁。若将官给器械马匹同时携去，处十年以上二十年以下监禁，入营未满三月之新兵减一等惩处。（二）军人于戒严时擅离职守或军队所在营地过二日者以逃亡论处，处五年以上十年以下监禁，如将官给服装同时携去，处十年以上二十年以下监禁。若将官给军械马匹同时带走，处永远监禁。（三）军人于前敌攻守之时，擅离职守，以逃亡论，不论是否携去官给服装军械马匹，均处死刑。（四）军人三人以上共犯逃亡，首犯处永远监禁。其于戒严时共犯逃亡，首犯处死刑。于前敌攻守时共犯逃亡，不论首从，均处死刑。《陆军惩治漏泄军事机密章程》则规定；（一）明知为军事上秘密图书、文书等，未经派令经营而私自探知或擅行收集者，分别情节轻重，处以十年以下五年以上监禁。在戒严时，则处二十年以下十年以上监禁。在战时，则处永远监禁或死刑。（二）军事上属于秘密图书文书，偶然得知而擅自表示公众或泄告或交付于一人以上者，分别情形轻重，处以五年以下三年以上监禁，战时则处以二十年以下十年以上或永远之监禁。（三）将职任上所掌管或承办之军事秘密图书文书等或泄告或交付于一人以上者，分别情形轻重，处以二十年以下十年以上之监禁，其受人请托或受人贿赂，在戒严时及战时，则均处以死刑。所受贿赂追缴入官。（四）凡军事港湾要塞水旱雷敷设所在及制造军火船械各厂或其他各种防御建筑物件，未经该管长官批准，擅自测量、摹写、摄影或记录其情形者，分别情形轻重，予以惩罚。
清廷从礼部奏请，顾炎武、王夫之、黄宗羲从祀文庙。
9月27日。端方奏明于江南设立农工实业学堂。
考察宪政大臣于式枚奏考察德国宪法成立情形及普鲁士宪法解释译要。
清廷派贝勒毓朗、外务部右侍郎梁敦彦到厦门慰问美舰。
清廷命审讯人犯禁止刑讯，并严禁勒索。
9月28日。清廷允许于吉林省设立实业学堂及法政学堂。