部反复争论如何对待义和团问题。6月5日、6日，慈禧分别委派赵舒翘、何乃莹及刚毅前往良乡、涿州一带“开导”、“劝散”义和团，借以探查其虚实。通过观察，刚毅等人看到了义和团的强大威力，认为京师门户“拳民鏖集”，已蔓延到诛不胜诛、剿不胜剿的地步，建议清政府改剿为抚。在几经犹豫之后，慈禧终于不顾清廷内部“主剿派”的强烈反对，决心对义和团因势利导，进行招抚，以为清廷所用。6月8日，刚毅抵涿州，奉旨招抚义和团。这样，义和团终于得到清政府的承认，取得了合法地位。
从6月上旬开始，在慈禧太后招抚和默许下，直隶各地义和团不分昼夜，日以千计地涌人北京城。原来内城多一街一坛，现很快一街三四坛或五六坛。上至王公卿相，下至贩夫走卒以至娼优隶卒，几乎无人不团，无地不团。时人估算当时北京城中已有半数人为义和团民。6月9日，董福祥部甘军人城，宣称已令义和团做先锋，剿灭洋人，甘军做后应。此时，清廷已默许义和团仇杀教民。6月12日，义和团以“外城姚家井一带教民已先期避人使馆，不得肆其荼毒”为名，“将该处所有教民房屋，尽付之一炬，其彰仪门外西人跑马厅，也一并焚烧”。此为北京义和团焚烧教堂之始。
随后，北京义和团焚烧、捣毁城内及京郊各处教堂、洋楼，外国人开办的医院、商行及教徒住宅等亦被冲击。如崇文门内路东奉真教堂，沟栏胡同两教堂，宣武门大街耶稣堂、天主堂，东堂子胡同施医院，米市西路天主堂所开铺户，四牌楼六条胡同赫德家、日本旧馆，西交民巷教民房屋、海关办公洋房，前门大栅栏老德记西药房等，均被捣毁并付之一炬。“灭尽洋人教民”的反帝激情弥漫全城。至6月下旬，北京城内只剩下了法国天主教在北京最大的教堂——西什库教堂。
义和团在焚毁北京教堂和教民房屋的同时，还对教士、教民予以严惩，以至屠杀。6月13日晚，义和团将崇文门内所有教堂尽皆焚毁，杀教民及其家属二三百人。许多流氓地痞趁机抢劫。不久，董福祥部甘军也群起焚毁教堂和教民房屋，抢其财物。
义和团运动期间，在京各国侵略者不断向义和团挑衅。从6月10日起，由英国中将西摩尔率领的八国联军开始由天津向北京进军。在大沽口外的八国联军也开始蠢蠢欲动，准备攻占天津。这样，中国人民和帝国主义侵略者已经处于实际上的战争状态。
6月17日，八国联军攻占大沽炮台，天津义和团和清军开始围攻紫竹林租界和老龙头火车站。20日，北京义和团也和清军联合，开始围攻东交民巷公使馆和西什库教堂。
6月21日，清廷发布对外宣战诏书，同时另下一谕，招抚并嘉奖义和团。嘉奖义和团的谕旨说道：义和团以血肉之躯，与枪炮相搏，不用国家一兵，不糜国家一饷，执干戈以卫社稷，此皆社稷之福。现先行传旨嘉奖，事定之后，再行加恩。同时谕令官兵与义和团联合，共同抗敌，并令各省督抚“招集义民成团，借御外侮”。22日，清廷发放义和团粮米两万石，随后又发放银10万两给义和团，鼓励义和团保家卫国。
清廷招抚并嘉奖义和团、义和团成为合法团体后，北京义和团也和天津等地义和团一样，与清军联合打击帝国主义，加紧攻打东交民巷公使馆和西什库教堂，成为反抗帝国主义侵略的主要力量。
8月上旬，八国联军由天津向北京进攻，部分北京义和团参加了抗击八国联军侵占北京城的战斗。
八国联军占领北京后，义和团遭到八国联军的野蛮屠杀。不久，清廷为了讨好帝国主义，也对义和团实行屠杀政策。在中外反动势力联合剿杀下，轰轰烈烈的义和团反帝爱国运动失败。