9月9日。因调和教案有功，清廷赏法国教士罗惠良二品顶戴，黄永璋四品顶戴。
9月10日。清廷命杨枢兼日本游学生总督。
清廷与英、美驻华公使商定，同意在租界设立“额外公堂”审讯《苏报》案，由上海知县汪懋琨主审。
印度总督照会驻藏大臣裕钢，要求另派大员谈判。印度总督于本日照会驻藏大臣裕钢，提出中方谈判委员何光燮和巴尔对于谈判一事未曾经办过，且官职较小，难以自主，大仲译罗布藏称勒、戴璋汪曲纳布两员在与荣赫鹏、怀特初次见面时，“荣大员即将手开印度、西藏今昔情形、商办必须一折，与彼收下，彼等坚执不受”，以此认为此两员性情乖僻，万难商办大事，要求驻藏大臣另派权重的大员前往干坝谈判。印度总督在照会里还将谈判不能如期举行的责任完全推给中国一方，而且还竟然威胁中方，若再拖延时日，待干坝的英方驻地寒冷异常时，英军将另行择地过冬。
9月11日。上海尚贤堂开馆。传教士李佳白创设的尚贤堂于本日正式开馆，校址在上海英租界六马路（今北海路）。
9月13日。岑春煊将镇压陆亚发起义的情形电陈外务部。署两广总督岑春煊奉清廷之命，竭力镇压广西陆亚发起义。本日，他将近一段的镇压起义情形汇报给外务部。其电文称：“本月初，据报：陆亚发、褚大、李明标、王飞凤、韦二、林大等游、土各匪，在思恩合股一、二千人，窜入罗城县属，图攻长安墟，当饬署柳州府祖绳武督营前往。初八、九等日，匪分股退窜，一窜寺门，一窜黄金，一窜龙岸；官军亦分三路穷追猛扑，匪被枪毙及坠岩死者无算。十一、二等日，该匪等悉窜入三防苗地，官军复深入痛剿。陆亚发、褚大穷蹙，缴械投诚，请立功自赎。余匪约存四百余人，窜往罗城、融县交界之南汶、峒头等处；仍派营跟踪追剿。据祖绳武禀报前来。”“煊查此次该匪等合股一、二千人，其势甚炽。各营冒暑日驰百数十里，穷追痛剿，虽未克悉数聚歼，然匪胆已寒。柳、庆已无大股，惟思恩府属安定土司尚有游、土各匪，合股数千；现已派兵兜剿。此外零星股匪，当易扑灭。”
9月14日。吉林将军长顺将与俄国铁路公司拟定的由该公司修建自吉林至长春的铁路草约16条上呈给清廷，清廷谕令外务部对此草约妥议之后复奏。
9月15日。本日刑部奏，将已革提督苏元春的罪名拟为“纵兵殃民”，清廷认为该罪尚属轻纵，让刑部再次按律定罪。很快刑部奏，苏元春合乎监守自盗钱粮达1000两以上者当斩的条律，拟定为斩监候，秋后处决。
驻华英使萨道义扬言，将来四川省修建铁路所需的外国资本，须向英、美两国借用。
9月18日。冯子材去世。贵州提督冯子材于本日去世。冯子材字南干，号萃亭，一作翠亭，广东钦州（今属广西）人，1818年生，行伍出身。他早年曾参与镇压太平军。1862年擢升为广西提督。1875年授贵州提督，1882年退职。1884年，法国侵略军进犯滇桂边境时，他以广东高雷钦廉四府团练督办之职参加抗战。次年2月任广西关外军务帮办时，已年近70，他以如此高龄在当地人民的支持下，率领王孝祺、王德榜、苏元春等部，身先士卒，在镇南关（今友谊关）谅山大败法军。尽管在后来的谈判中，清政府不败而败，法国不胜而胜，双方签订了使中国蒙受耻辱丧失利权的《中法新约》，但镇南关大捷这个事实是抹灭不掉的，冯子材也将因此而永远青史留名。1901年，冯于材复任贵州提督，本年6月又被派会同岑春煊办理广西军务，于本日在任上去世，终年85岁。
9月21日。孙中山在《江苏》杂志发表《支那保全分割合论》。孙中山在留日江苏同乡会主办的《江苏》杂志第六期上发表了《支那保全分割合论》一文，对保皇党的革命必将导致外国瓜分之论加以驳斥，宣传排满革命。该文的主旨是：西方政治家对于中国，有的主张保全，有的主张分割，这两种说法都非适可之论。就国势而言，清政府已腐朽之至，变法仅能解决细枝末节的问题，无法产生根本的成效，故绝对无保全之理。而就民情而论，却没有可分割之理。天下爱国仁人志士面对清政府日益贫弱的境况，正欲摆脱清廷的控制，一举恢复汉人统治，再加上现在各国自由主义和民主之风正盛，中国人自然也不甘受列强的分割。故顺乎民情的做法就是再造一新中国。孙中山在该文中阐述了推翻满清政府的统治及反对列强分割中国的观点。但同时也流露出了大汉族主义的偏见。
两江总督魏光焘分别照会英、美、日等国总领事，订期在洋务局会审《苏报》案，并命令上海道袁树勋、上海知县汪懋琨等人一体参加。
9月23日。清廷了解到，广西起义军已渐逼省城，而岑春煊在电文中并未提及，却说南宁、镇安、归顺等处，渐可肃清，柳庆“剿匪”，亦有起色，故清廷电谕柯逢时迅速赴广西巡抚之任，据实具奏，令岑春煊将近省一带情形，查明奏复。
新授广西巡抚署理江西巡抚柯逢时奏，九江在长江之