6月26日。上海候补道俞明震由南京抵达上海，会同袁树勋与驻沪领事署交涉，要求他们签票协捕蔡元培、章太炎等6人。但领事认为案犯属于政治性质，拒绝协同拘捕。
6月27日。根据张百熙奏请，清廷派张之洞会同张百熙、荣庆将现办大学堂章程一切事宜，进行切实商订，并厘定各省学堂章程。
6月28日。清廷赏给广西候补道魏瀚四品卿衔，并令其会办福建船政事宜，撤消道员沈翊清的船政差使和四品卿衔。
6月29日。《苏报》摘要刊登章太炎的《驳康有为书》。本日，《苏报》以《康有为与觉罗君之关系》为题，摘要刊登了章太炎的《驳康有为论革命书》，并登广告加以推荐。在当时所处的封建君主专制的中国，皇帝的名字神圣不可侵犯，但章太炎竟敢斥光绪皇帝为“载小丑”，打破了皇权的神话。章太炎指出，改良在中国没有出路，革命才是补泻兼备的良药。他还一针见血地揭露了康有为只可立宪、不可革命的动机是出于极端的自私。此文一刊出，鼓舞了革命派的志气，打击了顽固派，震动了整个舆论界。
租界当局拘捕章太炎等。《苏报》自本年5月聘请章士钊任主笔后，更加倾向革命，先后刊载了章士钊的《读<革命军>》、章太炎的《驳康有为论革命书》等。《苏报》旗帜鲜明地支持革命，引起清政府的注目，决定缉捕有关人士。公共租界警探巡捕多人于本日到苏报馆，出示牌告，要查禁爱国学社和《苏报》，捉拿钱允生、陈吉甫、陈叔畴、章太炎、邹容、龙积之、陈范等7人。陈范事先得到消息，已携眷属去日本，当场仅捕到司账员陈吉甫1人。6月30日，清廷再次派中西警探多名前往爱国学社捕人，当时吴稚晖、邹容均不在社，而蔡元培已离开上海的往青岛，故当场仅捕到章太炎1人。接着警探又去派克路702号《女学报》馆搜查，捕去陈范之子陈仲彝和《女学报》办事员钱宝仁。当日晚，龙泽厚自动投案。“《苏报》案”自此开始。
6月30日。贵州官军于本日攻占广西南丹。
英商汇丰银行盈利超过二百万元。本日，英商汇丰银行结算出半年来的账目，发现该行半年来盈余的款项除去各项开支之外，净余215．5244万元。汇丰银行于1864年在香港成立，次年3月3日正式营业，4月3日设上海分行。该行是外资银行把总行设在中国的惟一的一家银行。它除了经营一般银行业务之外，还利用特权为清政府经手对外赔款，收付借款，托存关税，盈利极为丰厚。另外，它还垄断和操纵了上海的外汇市场。汇丰银行通过对中国的盘剥而赚取了巨额的收入。
日本农商总会总办木村带会员在上海等地考察商情完毕返回日本，拟定在上海、汉口、广东、北京四处设农商总会，以便向中国推销商品。
本月。《经世文潮》于上海创刊。《经世文潮》是一种报刊文章类编性质的刊物，内容广泛，政治、经济、军事、文化等方面都有所涉及。其前身是《新世界学报》。该刊的宗旨是“爰集同志，宏搜东西各国鸿硕论建，按月成编以饷海内。务使二十世纪政界学界之风潮转，我四万万旧同胞之脑筋亦转。”
7月1日。清廷奖励镇压广西起义的刘春霖等人。据署理云贵总督丁振铎等电奏，广西官军已收复临安，擒拿了周云祥，清廷谕令对丁振铎、林绍军着加恩开复处分，刘春霖著赏给头品顶戴，其余在事出力员弁，俟奏报到日，再行降旨。
中东铁路举行交付曹运仪式。本日，中东铁路举行了交付营运仪式，尽管铁路线还没有完成，也不能正式通车。已交工的资产价值确定为374905598卢布。而且在这个数额中还包括因义和团起义所受的损失（追加工程和支出）。此时轨道连同支线约长2500公里。但此时建筑远未完成，很多桥梁是临时性的，在兴安的三公里隧道中还在砌筑拱顶。交工时确定，为了完成工程还需要57500000卢布。铁路平均建筑价值每公里等于107000卢布，这大大超过了正常的建筑价格。
7月2日。俄国陆军部大臣克鲁巴特金等召开的旅顺会议决定不占领朝鲜。
荣赫鹏、怀特率领士兵于本日行至甲冈，西藏甘坝营官要求怀特就在此地驻扎，等候中国委员到达后举行会议，却遭到怀特的蛮横拒绝，并声言一定要到甘坝才能谈判。
端方将拘拿《苏报》“案犯”的情况电告张之洞。租界当局拘拿章太炎、邹容等人之后，兼湖广总督端方迅即将此事电告内阁大学士张之洞：“顷据福开森电云：苏报悖逆革命党，遵已设法由沪道商美总领事会同各领签字，工部局即允协拿，计六人，现拿五人，苏报馆主笔在内。”
7月3日。中国教育会常熟支部负责人殷次伊，为上海租界当局缉捕《苏报》社诸同志之事所激愤，于自沪返虞的途中跳水自杀。
上海道袁树勋、候补道俞明震联衔致电两江总督魏光焘，详细汇报了“《苏报》案”的经过。
7月5日。怀特率兵越过甲冈，途中西藏地方所派大仲译罗布藏称勒、戴汪曲纳布等