保持安静；停课期内不宜进入公园、饭馆、商场；因事外出，不准胡闹。罢课风潮很快波及所有留日学生。6日，东京各校门口出现纠察队，纠察队员手持短刀等器械，维持罢课秩序，阻止学生上课。不久，纠察队发表《纠察学生自治规约》：（一）不论开会议事或普通谈论，不得喧嚷；（二）每日派员前往各寄宿舍各旅馆纠察；（三）各处设置秘密探视员，如经探视员发觉违规时，轻者示以忠告，重者则将其姓名报知同乡会或总会馆。本日，中国留日女学生宣布罢课，推秋瑾为总代表；留日各校学生代表推举胡瑛、韩汝庚等为总代表，赴驻日公使馆请愿，次日再往。12月5日，留日学生数百人在东京富士见楼集会，商讨反对《取缔规则》对策，会上通过声明《东京留学生对文部省取缔规则之驳议》。12月10日，数千中国留日学生在东京留学生会馆集会，胡瑛主持，决议一致回国。12月13日，东京留日学生200余人首批集体退学回国。至20日回国学生逾千人。
12月5日。中日全权大臣举行第12次会议，讨论关于撤兵后地方治安问题，续议吉长铁路问题，无结果。
12月6日。清廷任命延杰为热河都统，铁良为户部尚书，松寿为兵部尚书，柯逢时为户部右侍郎，仍督办各省膏捐事宜。
驻京德、法等国公使就中日交涉会议事，分别会晤庆亲王奕勖，要求与日本利益均沾。
中日全权大臣举行第13次会议，续议吉长铁路、奉新铁路问题，次议撤兵问题，无结果，议定剿匪、商埠租界2款。
清廷设立学部。清廷在设立学部的谕旨中说：“前经降旨停止科举，亟应振兴学务，广育人才。现在各省学堂，已次第兴办，必须有总汇之区，以资董率而专责成。着即设立学部，荣庆着调补学部尚书，学部左侍郎着熙瑛补授，翰林院编修严修，着以三品京堂候补，署理学部右侍郎。国子监即古之成均，本系大学，所有该监事务，着即归并学部，其余未尽事宜，着该尚书等即行妥议具奏。该部创设伊始，兴学育才，责成綦重，务当悉心考核，加意培养，期于敦祟正学，造就通才，用副朝廷建学化民成俗之至意。”学部一级共设官11人，除尚书、左右侍郎外，还有左右丞，左右参议各1人，参事官4人。学部下设五司12科：一为总务司，负责总务事宜，下辖机要、案牍、审定3科；二为专门司，主管文学、政治、学术、音乐等专门学堂事宜，下辖专门政务、专门庶务2科：三为普通司，分管普通教育与师范教育，下辖师范教育、中学教育、小学教育3科；四为实业司，管理实业学堂，下辖实业教务、实业庶务2科；五为会计司，掌管教育经费及校舍发展建设事宜，下辖度支、建筑2科。每司设郎中1人总理司务，每科设员外郎1人，主事2人，办理科务。学部成立后，各省设立提学使司，府、州、县则设立劝学所，表明近代中国开始有了统一的教育管理机构，从中央到地方的各级教育行政机关渐趋完善，对振兴近代教育事业有着十分重要的意义。
12月7日。出洋考察政治大臣戴鸿慈、端方自北京启程，取道天津，于16日抵达上海，准备赴美、德、俄、意、奥等国考察政治。
闽广农工路矿大臣张振勋呈请商部转奏，请修筑广东至厦门铁路以保路权，先筑由广州至黄埔一段，并请将黄埔开为商埠，以为香港屯运之利权，本日均经清廷允准。
东京反对罢课学生发起维持留学界同志会。
12月8日。清廷免缓山东青城等94州县被水旱粮租。
陈天华为抗议日本歧视中国留日学生而自杀。同盟会会员陈天华因反对日本《取缔规则》在日本东京南面大森海湾投海自杀，年仅30岁。清末资产阶级革命派宣传家陈天华，原名显宿，字星台，又字过庭，别号思黄，湖南新化人，1875年出生。15岁入蒙塾，1896年随父迁新化县城，后得族人帮助，入新化资江书院读书，旋又考入新化求实学堂。1903年初，由求实学堂资送日本留学，入东京弘文学院师范科。他爱国心强烈，4月写血书抗议沙俄侵占我国东三省，积极参加拒俄义勇军，在本部任办事员，后回国策动武装起义。作《猛回头》、《警世钟》等书，宣传革命思想，主张反对帝国主义，推翻清政府，建立民主共和国，影响很大。1904年2月，同黄兴、宋教仁等在长沙创立华兴会，参与策划长沙起义，事泄逃亡日本。1905年在东京与宋教仁等创办《二十世纪之支那》，参加组建中国同盟会，被推举为会章起草员。《民报》创刊后任撰述员。11月，日本文部省颁布《取缔规则》，陈天华愤不能平，决定以死警醒国人，遂投海自杀。留下《绝命书》万余言，还给留日学生总会一封信，要求坚持斗争。有《陈天华集》。
英国驻沪副领事德为门大闹会审公廨。广东籍官眷黎黄氏带15名婢女、百余件行李返粤途经上海，工部局巡捕房以“拐骗人口”的罪名将黎黄氏等在码头拘捕，送往会审公廨。中国谳员关炯之、金绍成与英国陪审员副领事德为门受理此事。关炯之认为判为拐骗罪证据不足，拟判押公廨女