00万元巨资建立了垃圾处理厂，并成立了生物实验室，研究对林产品如何提高科技含量，进行立体开发。
但是，如今胡孝怡却是满腹牢骚，他说：“一提起林业我心肝五脏都在痛，真是伤心……”
虽然有上亿元固定资产，但由于禁伐，这些资产是理论上的。只“天保”前卖了一些商品材，收入七八十万元。目前已欠林业1300万元，建垃圾处理厂又贷款3000万元。
2001年政府给了他3.2万元商品林砍伐指标作为试点，但一算税费，他不敢砍了，说是“砍了只有去跳海”，要还贷款呢？“只有把树交出去！”
胡孝怡的心态不是个别的，在当地和别的地方都有一定代表性。还有不少造林大户反映，他们造了许多林却没有领到林权证，如何明确这方面的政策，对林农和造林大户们认真进行扶持，也是值得研究的问题。
天保工程中还涉及到生物多样性保护问题，这方面也产生了许多新的的矛盾。
泸定县林业局1998年发现一只大熊猫掉进了发电站的潜水池里，一个工作人员跳下去营救时，竟被熊猫咬断了两根左指、一根右指。好容易把熊猫打捞上来送到卧龙熊猫基地，前前后后加上对伤残人员的补助共花了5万元，但后来省上只给了2万元。后来又发现了一对病熊猫，8个民兵护理了20天，每人每天20元，又赔偿老乡熊猫偷食腊肉1400元，加上每天送粪便检查等，县林业局反映，这些钱从哪里来？
野生动物伤人、伤物、糟塌庄稼的事也时有发生，对这类事件基层也感到很难处理。
在甘孜州白玉县采访期间，盖玉乡反映山上的老熊下来抓死了一位农妇，熊是保护动物，问林业公安的指导员这件事咋样处理？指导员只得满面尴尬地支吾了几句，没有明确答复……
阿坝州金川县一家农户被熊吃掉了两头小牛，找到县林业局要求赔偿；这里有的乡野猪猖獗，大面积破坏草场、破坏庄稼，还传染猪瘟，老百姓们又没有枪，于是也找到林业局。
宝兴县永富等几个乡扭角羚、金丝猴、黑熊、野猪、大熊猫等都大量毁坏庄稼，据估计，一年损失的粮食约150万斤。老熊还曾抓伤、咬伤人。蜂桶寨熊猫保护区一带野牛种群多，巡山人员常遭野牛袭击，有个村产岩硝，野牛群每隔10天半个月便要来舐食一次，走过的地方寸草不生，庄稼全毁了，天保工程开展后，野生动物们闹腾得更厉害，熊猫吃荀子，黑熊、猴群专掰嫩包谷，野猪也吃玉米拱洋芋。有户五保户每年种六亩玉米，但只能收到一亩，保护区只得给她两三百斤粮食。据统计，整个保护区一年损失的粮食达200万斤以上。于是每到庄稼收获季节，每天总有几十个农民找保护区领导吵闹、索赔……按现行政策，农民的损失应由本级政府解决，但乡、镇和保护区哪有那么多钱粮？于是只得往上级推，推来推去，最后只得全部退耕还林。
植树造林和别的工作不同，有很强的季节性，特别高原高寒地区造林季节一年中往往只有短短的一个多月，而“天保”和退耕还林工程都有很强的政策性，国家对面积和资金的控制都很严格，计划和资金的滞后便造成了基层工作的困难和被动。
有的地方直到第二年的8月才拨付上一年的资金；已经到年末12月了，当年的天保资金还分文未到。
有的地方4月到5月是植树季节，但计划7～8月才下达。
有的地方已经是2001年的11月了，但2000年的资金绝大部分还卡在县财政上……
计划滞后、资金滞后，甚至资金被挪作它用，有的问题在上级有关部门，有的问题在地方，情况十分复杂，而挪用天保资金的也已经不是个别现象了。
生态环境建设除了体制上缺乏统一管理和实施上缺乏统一规划外，各职能部门内部也有不少问题。
以林业部门论，有的地方进入了行政系列，有的地方又是“事业局”，甚至在同一个市的范围内，有几个县是“行政局”，有几个县是“事业局”。同一个局的工作人员，也有行政编制和事业编制之分。混乱的体制自然带来了不平衡的心态、工作上的困难以及其他负面效应。被划为事业单位的林业局和林政人员们常常发出这样的疑问：既是事业单位，我们怎么能代表政府行使天保和退耕还林工作中的行政职能？
涉及林业的法律法规据统计已经有上百个，有的已经不适应新的情况，需要进行补充和修订，这又是一个复杂而迫切的问题。
天然林停采后，市、地、州各级林业主管部门都失去了育林基金收入来源，但退耕还林及天保工程会议多、汇报多、资料多、检查多、接待多，有的地区一年要接待各种检查20多次，这些费用如何解决？过去靠吃老本，今后就难以为继了。
和林业部门比较起来，环保部门的情况就更加严峻，有的地方有职无权，属于“二级局”，许多地方在机构改革时干脆就取消了环保部门。
我曾采访过一个县环保局，全局两个人，办公室只有一张破旧不