第1军王柏龄之第1师战斗力弱，王临阵怕死脱逃，致使作战失利，北伐军又弃守中行车站，南昌以西赣江北岸尽为孙军所占领，城郊也被邓如琢部包围，第6军19师在米生街与孙军发生激战，终因寡不敢众，北伐军伤亡惨重，战线开始崩溃。情急之下，第6军急请第3军增援，而第3军未至，第6军被迫于23日退出南昌，撤往奉新。北伐军首战南昌，克而复失。
南昌重为孙传芳占领后，孙军与北伐军处于对峙胶着状态，集结于南浔线上的孙军约5万人，与北伐军l、2、6军对垒；集结于赣江东岸的邓如琢、蒋镇臣等部3万多人与北伐军第2、14军对垒。孙制定了3路进攻计划；南路由郑俊彦率领自高安方面进攻北伐军，目标直指长沙；中路由谢鸿勋率领由武宁、修水，进攻湖北通山；北路由陈调元、王普率领从武穴渡江取新阳，于成宁、蒲圻间截断武长路，然后与中路会师，解武昌之围，并约吴佩孚在武胜关****。此时北伐军也制定了再夺南昌的作战计划：即北守南攻。北线以第6军在奉新一带防守，调战斗力较强的第7军至南浔路参加作战，第3军在西山万寿富一带作战，第2军主力横渡赣江，由清江北上丰城，第14军及第2军一部向吉水、承丰、抚州方面进攻，最终形成对南昌的包围，切断南浔路，与孙军决战。至9月下旬，北伐军在江西战事发生转机，很快进至南昌外围。
此时，蒋介石也亲临江西督战。李宗仁第7军于9月底经过激战，取得箬溪战役的胜利，肖灭孙军主力谢鸿勋1个师。同时，孙军对朱培德部的进攻也被击退。蒋介石因此下令发动****，以朱培德第3军进攻中行，程潜第6军及薛岳第Il师进攻建昌，李宗仁等7军进攻德安，鲁涤平率第2军及刘峙第2师进攻南昌，但北伐军备军又未能协调行动。第6军进攻修水失利，朱培德军猛攻中行未果，10月I1日，鲁涤平、刘峙率部胃敌人炮火搭云梯攻城，与守军展开白刃战，守军纵火驱敌，大火延烧数日，繁华之南昌城尽成灰烬，双方血战5日，北伐军伤亡惨重，被迫撤围。蒋介石因指挥失误为各军将领深为不满。
北伐军受挫后，进行休整，并由湖北调来第4军张发奎、陈铭枢2个师及新编的贺耀祖师，实力大增。同时总结了两次进攻南昌失利的教训，即应全力切断南浔铁路，从而提出了新的作战方案，把主攻方向放在南浔路中段，待取胜之后，再决战南昌。而此时孙传芳的后方却出现了不稳的局势。
10月10日武昌克复之后，浙江省长夏超于10月16日宣布归顺国民政府，上海工人举行了第一次武装起义，周荫人的第4方面军在北伐军入闽后也宣布起义，苏皖军队皆知孙传芳末运将至，亦均有弃暗投明之意。但孙传芳仍在做最后一搏，将主力仍置于南浔线，成一长蛇阵，以为首尾可以相应。北伐军在调整部署后，于11月2日，发动总攻，李宗仁第7军当日即攻克德安。第4军及贺耀祖师合攻回马岭，亦攻克之，将颜景崇部歼灭。第7、4军即转向涂家埠，将守敌击溃。第1、6军亦击败孙军，占领乐化，贺耀祖师乘胜进攻九江，九江被占领后，孙军各残部无路可逃，只好投降，北伐军共俘敌5万余人。
至此，南浔路已完全被北伐军控制，孙军被迫退守南昌，而所余残部心无斗志，在强大压力之下，出城投降。11月8日北伐军进入南昌，孙传芳潜逃南京。9日将沿铁路撤退的孙残部全部缴械，计缴枪4万余支。至此，孙传芳在江西战场投入的10万兵力，绝大部分被歼，江西全境遂告肃清。江西战场的胜利是北伐军的一次重大胜利，这不仅粉碎了孙传芳夺取两湖，进窥两广的企图，巩固了北伐军在两湖的胜利，而且也从根本上动摇了孙在东南五省的统治，这对于北伐军平定东南，西进川黔、及至北伐奉军，都具有战略意义。
革命势力在西北西南的战事
民国十五年（1926年），国民军在直奉联军的进攻下，返回西北，冯玉祥被迫通电下野，在库伦经与国民党人徐谦、于右任、顾孟余等人接触，加入了国民党，赴苏考察后又对共产党有了进一步了解。6月，冯派代表到广州与国民党接洽与国民革命军一致行动，国民军在北方参加北伐问题。