北伐开始后，8月17日，冯玉祥回国，23日被任命为国民军国民党代表，国民政府委员和军事委员会委员。而此时正是国民军最困难之时，8月，国民军于南口战败，部队仓惶撤退，军心涣散，大部分部队被其他军阀收编或击溃，至五原集中的部队巳不足3万人。地处陕西的国民军处境也极为困难，西安已被刘镇华围困达半年之久，甘肃也不稳固。冯玉祥回国后，采取了固甘援陕的方针，派佟蘑阁、孙连仲2师入甘肃，将甘平定。
9月17日，冯玉样于五原召开誓师大会，宣布成立国民军联军司令部，并就任总司令。此为国民军发展的一个重要转折点，对北伐军在东南的作战发生重要影响，迫使奉军不敢轻易南下，在未来的对奉战争中，国民军是一支不可或缺的重要力量。
五原誓师后，冯以孙良诚为援陕总指挥，驰援西安，11月中旬，击溃刘镇华的镇嵩军，西安之围终于被解。12月初，肃清陕西全境，使陕甘绥三省连成一片，巩固了国民军的根据地，国民军也迅速发展到20万人。民国十六年（1927年）初，冯玉祥准备东出洼关，进击豫鄂，与国民革命军会师中原。冯在中共的帮助下完成北伐准备，准备率主力分兵3路向湖北、河南、山西、绥远四省推进，同时命归降的刘镇华部进兵河北。
北伐军的节节胜利，也使西南军阀产生动摇，北伐军进入湖南时，贵州省长周西成为保其地位，即接受国民革命军第25军军长及9路军总指挥之职。驻守湘西的黔军袁祖铭及王天培、彭汉章也投向国民军，彭被委任为国民革命军第9军军长，王为第10军军长，衰为左翼军总指挥。但当吴佩孚南下武汉时，袁和彭又投吴叛变，后被北伐军平定，黔军中只有贺龙的川黔边防军第5路军真心参加北伐，被编为独立第15师。
至北代军攻克武汉后，四川各路军阀也纷纷脱离吴佩孚，宣布加入国民革命军。杨森就任第20军军长，刘湘为第21军军长，赖心辉为第22军军长，刘成勋为第23军军长，刘文辉为第24军军长，邓锡侯为第28军军长，田颂尧为第29军军长。后云南军阀也接受改编，龙云为第38军军长，胡若愚为第39军军长。由此西南基本为国民革命控制。但由于各路军阀本性所在，又未经过根本改造，因而时有反复，局势并不稳定。
北伐军在闰、浙、苏、皖、沪、宁的战事
北伐军在江西取得胜利之后，平定福建已成必然。听命子孙传芳的周荫人掌握着福建的军政大权，任福建军务督办兼第12师师长，辖3个师另4个旅共3万多人。为策应孙传芳在江西的作战，周荫人趁广东国民革命军兵力单薄，分兵3路进攻广东，于10月初攻占潮安、饶平、大埔等地。
北伐初期，国民革命军对福建取守势，派第2、5军之一部驻粤赣边，控制周萌人及监视江西之敌，以第1军军长何应钦率第3师、14师、独立4师和25师之一部分驻兴宁、梅县、兰河坝、潮安、汕头、黄岗等地，警戒福建之敌，保障广东安全，并伺机进攻福建，时广东防御兵力仅万余人，但周萌人各部之间矛盾重重，且省内民军蜂起，给周以极大干扰。8月上旬，国共两党均对闽军开展策反工作，疏通曹万顺、杜起云两旅，使形势有利于国民革命军。
经过一番紧张备战和调遣部署后，10月9日，双方在粤闽边界的永定、松口同时开战。闽军主力集中于松口、蕉岭，而国民革命军则集中力量先打周荫人司令部所在地永定。国民革命军谭曙卿第3师从县城侧后抄袭，展开激烈攻势，周荫人在城中亲自督战，进行抵抗，正当此时，曹万顾、杜起云两旅及李凤翔师倒戈反周，周军人心动荡，不战自溃，周荫人仅率10余人逃走。
11日，永定城为革命军所占。之后又回师松口，与闽军激战9个小时，将其击溃。永定、松口战役后，国民革命军总司令部将入闽作战的第1军第3师、第14军第2师及起义收缩的第17军合编为东路军，以何应钦为总指挥。后为加强力量，又命第14军赖世璜加入东路军作战。10月27日，第14军分两路入闽。第7军由上杭沿汀江向北推进，两军配合占领长汀，东路军也相继占领漳州、泉州、莆田等地，节节胜利，直逼福州，12月初，由赣人闺的第2军又占建瓯，切断闽浙之间的联系。在国共两党的共同策动下，孙传芳驻闽海军宣布起义。福州留守司令李生春也易帜反正，国民革命军于12月9日不战而下福州，周荫人余部逃往浙江，福建全省为国民革命军占领。
在北伐军取得重大胜利的时候，奉系军阀张作霖从“中立”转为公开敌对，决定出兵援孙援吴。民国十五年（1926年）11月，张作霖、张宗昌、孙传芳在天津召开联合会议，决定组成“安国军”，张作霖就任总司令，张宗昌、孙传芳为剐司令。制定了****计划。孙传芳驻守浙江前线，由浙江****江西；张宗昌事直鲁军继后援孙，担任苏北、皖北防务，然后分兵进攻鄂东和江西；张学良率奉军沿京汉路援助吴佩孚。但浙江军阀对孙传芳联奉不满，害怕其势力控制浙江。在夏超宣布独立被镇压后