隆、马成四将，兵众5万攻破睢阳，刘永战败退往谯县（今安徽毫县）。次年四月，盖延、吴汉再击刘永于睢阳。六月，城破，刘永被杀。十一月，刘秀以岑彭为征南大将军，统率王常、朱佑等8将军共9万余人，大举南下，先后击降董沂、击杀邓奉、降秦丰、败延岑、田戎，进占南郡彝陵（今湖北宜昌东南）。四年五月，大将军朱佑、建成大将军耿弇北讨彭宠，五年二月，彭宠被奴仆杀死，刘秀攻占燕蓟及其以北地区。七月，刘秀率主力东攻董宪。翌年二月，杀董宪于朐县（今江苏连云港西南），夺占东海之地。十月，耿弁率军攻青州张步，袭历下（今山东济南西南），破临淄（今山东淄博东北临淄故城），围张步于平寿（今山东潍坊西南）。张步投降。扬戚将军马成宰军围李宪于舒县（今安徽庐江西南）。六年正月，城破，李宪被杀。至此，关东各割据势力相继被刘秀击破。
关东割据势力被平之后，刘秀即转兵西向进攻隗嚣。刘秀为攻灭隗嚣，笼络割据河西的窦融，封其为凉州牧，并缓解与公孙述的冲突，孤立隗嚣。六年四月，刘秀派大将军耿弇、盖延等7将军率兵越陇山（今甘肃境内六盘山脉）攻陇。被隗嚣将王元击败。八年春，刘秀乘隗嚣戒备松懈，派来歙率精兵2000伐山开道，袭占略阳（今甘肃庄浪西南，泰安县城东北），逼近隗嚣所据冀县（今甘肃甘谷）。隗嚣围攻略阳数月不下，师劳兵疲，刘秀乘机率军直捣天水大营后背。隗嚣战败，主力被歼灭。次年十月，刘秀又令来歙率冯异等西征，消灭隗嚣残部，历时4年的平陇作战至此结束。
平陇战后，光武帝刘秀即从南、北两个方向，对益州的公孙述展开攻势。十一年三月，南路岑彭率战船沿长江三峡逆流入蜀，攻占江关（今四川奉节东北瞿塘峡口）。同年六月，北路来歙攻下下辨、河池，公孙述派人暗杀了来歙。适值羌族起事陇西，北路军主力转用于陇西。七月，岑彭命将军臧富率兵5万自平曲（今四川合川东）抗御蜀军主力，自率主力倍道兼行2000余里，深入岷江中游，占领武阳（今四川彭山东），出其不意迂回到蜀军主力背后，以精骑击广都（今四川双流东南），直逼成都。十月，公孙述刺杀岑彭。吴汉代将其众，攻占广都。藏宫攻克繁（今四川彭县西北）、郫（今四川郫县），与吴汉军会师，合围成都。十二年十一月，公孙述重伤毙命，公孙述部将延岑举城投降。
东汉统一战争历时11年，刘秀定关东，平陇蜀，剪灭群雄，最后统一天下。作为东汉王朝统一之战的最高决策者，刘秀在战争中表现出杰出的战略应变能力和作战指导艺术。他善于观察形势，把握战机；注意占取地利，稳固后方；重视集中兵力，由近及远，分清主次缓急，各个击破；运用军事打击和政治攻心的手段，争取盟友，分化敌对势力；重视利用人和，发现和拔攉将才，放手使用，不多掣肘，使他们充分发挥军事才能；能够适时总结经验教训，不断改进战法；善于避实击虚，奇正并用，围城打援，运动歼敌；强调连续进击，穷追猛打，不给敌人以喘息和反扑的可能。所有这一切都说明刘秀不愧为一位优秀的军事家，他芟夷群雄、一统天下，应该说是符合逻辑的归宿。刘秀采取延揽英雄，务悦民心之举措；其驾驭战争，先机制敌之策略，在中国军事史上占有重要地位。
东汉黄巾农民起义
黄巾农民起义战争东汉中平元年（184年）至初平三年（192年），巨鹿（郡治瘿陶，今河北宁晋西南）人张角等领导的反抗东汉王朝的大规模农民起义战争。
东汉末年，豪强地主大量兼并土地，致使大批农民沦为奴婢或徒·附（农奴），阶级矛盾空前激化。统治阶级内部，外戚与宦官相互倾轧，交替把持朝政。外戚与宦官的专权又阻碍了朝廷中士大夫的升迁，引起士大夫同外戚、宦官间的激烈斗争，酿成东汉后期的两次“党锢之祸”，加深了统治阶级内部的政治危机。由于政治黑暗，官场腐败，土地高度集中，农村经济凋敝，广大农民苦不堪言，不断举行起义。灵帝中平元年，张角领导的黄巾农民大起义，是农民反抗斗争的总爆发。
光和年间，张角奉事黄老，以<太平经》（又名《太平清领书>）传教，号称“太平道”，自称“大贤良师”，为徒众画符治病，并分遣弟子周行四方传道，深得农民信任。十余年间，徒众数十万，遍布青、徐、幽、冀、荆、扬、兖、豫8州。张角部署道徒为36方（部），大方万余人，小方六、七千人，各立渠帅统领。中平元年春，张角以“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉” （<后汉书·皇甫嵩传>）为政治口号，号召起义。36方几十万义军同时举事，声势浩大。因起义军以头裹黄巾为标志，史称“黄巾起义“。
起义之初，义军节节胜利：河北黄巾军生擒皇族安平王刘续、甘陵王刘忠；南阳（郡治宛，今河南南阳）黄巾军斩杀太守褚贡，围攻宛城；汝南（郡治平舆，今河南平舆北）黄巾军败太守赵谦于召陵（今河南漯河东北）；广阳（郡治蓟县，今北京西南）黄巾军攻杀幽州刺史郭勋和太守刘卫。起义