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怎么办。皇帝和郑贵妃商量。还是决定采取拖延的办法。最后神宗皇帝宣布。朱常落、朱常洵和其他皇儿都是他的骨血。他无意于“废长立幼”。但是他不能接受臣下的要挟。因为正宫娘娘王皇后还具有生育能力。他要求廷臣在一年之内不再以立储一事打扰他。让他平平静静的生活。他可以在1592年（第二年）册立常洛为太子。皇帝已经妥协了。众臣们不再闹了。各位大学士才回到文渊阁继续办公。
在这一年里。群臣遵照万历的意见不再以立储相催促。也不在上折子。大家都不再讨论这件事。但是朝廷的气氛却让人们感到几分沉重。时间一长。就开始有人怀疑申时行为皇帝所利诱。而在运用他的声望引导京官。为皇帝的偷梁换柱争取时间。是缓兵之计。申时行在为皇帝工作使他们拥护常洵做太子。按照申时行的性格极有可能。想当初。他为了保住自己的位置竭力讨好皇帝。为皇帝修建陵寝奔走卖命。为了保住自己的官职。竟然不管亲家的感受。也不替亲家说半句好话。为皇命是从。现在皇帝的一年之约又未见神宗的亲言。只不过是申时行一人传达。所以难免会引起大臣们的猜测。神宗皇帝也在有意无意的推波助澜。对申时行又进行了多次封赏。规格之高都是史无前列的。1591年春天。万历打算授予申时行为太师。这是文官的最高职衔。即使是张居正。也只是在临死前才得到了这样的荣誉。申时行哪敢冒天下之大不韪。坚决辞谢。他知道爬得越高摔得越重。他不想学张居正做张居正第二。万历又提议赐给申时行以伯爵的俸禄。申时行再一次极其惶恐地声称他沒有功德可以接受这样的恩赐。这不是他不想要这些实实在在的荣耀和地位。这对于一个是名誉和地位。视高官厚禄为生命的人來说是相当具有诱惑力的。但是申时行还沒有这个胆量。实在沒有这个勇气去接受这些梦寐以求的东西。以上的提议虽然都沒有成为事实。但已经使申时行感到窘迫。在他的身边开始危机重重。嫉妒之火已经燃烧。在朝廷的威望江河日下之时。皇帝的这些举动。给他执行皇帝和百官的联络职务增添了许多意想不到的困难。他又成为舆论攻击的对象。那一年的阳历九月。福建佥事李琯参劾首辅。说申时行主持的大峪山陵寝工程出了问題。按照他的情报。地基内已有水涌出。这位远在数千里外的地方官。不惜冒着丢掉前程的危险來参劾首辅。其目的不外乎公开警告申时行：你虽然深得皇帝的信任。但是文官集团仍然有足够的力量动摇你的地位。如果你不对全体文官负责的话。你就沒有好果子吃。
同年十月。工部的一位官员因为皇帝允诺的册立太子的期限在即。立储大典的各项开销理应由他负责筹备。他就编造预算。呈请皇帝批准。然而。神宗皇帝的朱批使全体文官为之瞠目咋舌。
朱批说。他早已声明不准臣下在一年之内催促他立储。工部官员借编造预算为名而行催促之实。违反了他的命令。所以要把立储延后。这是一种无赖行径。欲加之罪何患无辞。作为皇帝拿着不是当理说。官员们闻之十分愤怒。一国之君竟如此的无赖。这种故意的节外生枝不禁使群臣深感忧虑。人君如此缺乏诚意。他将用什么來维持皇帝的威信。统治国家?诚信是一个人的立身之本。身为皇帝如此的不讲诚信。戏弄群臣如何能行。于是。他们联名奏请皇帝收回这一朱批。并希望他亲口许诺的明春立储一事能付诸实现。朝臣们已经和皇帝标上了。不达目的决不罢休。正在病中的申时行。内阁大学士的联名呈请。由二辅许国执笔。但这份奏章仍然由申时行领衔。这场抗议声势浩大。规模空前。让皇帝极为的震怒。也胆战心惊。弄得坐卧不宁。寝食难安。软骨头的申时行在此时向皇帝妥协。申时行获知皇帝的反应后。立即呈上一份揭帖。背叛了朝廷的大臣。向皇帝说明内阁的联名奏章虽然列上他的名字。他事先却并未与闻。是他们加上的。被孤立的皇帝犹如捞到一颗稻草。立刻有了精神。在朱批中感谢申先生对他的忠爱之忱。对他大加表彰。
“成也萧何败萧何”。不知道皇帝是一种什么心态。是故意还是一时疏忽。总之。可爱的皇帝办了一件让申时行极为难看的事情。因为大学士的揭帖系秘密文书。御览以后向例是退回本人而不公布。事由凑巧。那天申时行不在内阁。太监往内阁送公文时。竟然把申时行的折子给了次辅许国。许国这个人也不地道。他一向与申时行不合。平时就处心积虑的相差申时行的台。拿到这个文书。竟然把他当成公文拆开并阅读了全文。然后。他就毫不客气地送交给事中办公室抄录公布。等到申时行发现立刻向给事中索回原件时。其内容已经在文官中传遍。已经晚了。声讨申时行的声音已经如雷贯耳了。申时行成了出卖朋友的小人。是一个十足的两面派。于是大臣们纷纷上书弹劾申时行。已为皇帝修建陵寝失误为依据。要求皇帝对申时行严加惩处。以后。事态不断的扩大。这回。万历皇帝把忠心耿耿的首辅坑苦了。
万历皇帝懒散惯了。对任何事情都懒得考虑。事情都到了这一步。仍然沒有当回事。他只是当成一件普通的弹劾案來处理。按照规定降旨这个给事中降级调