福王身死的消息传到京师，朝廷震动，御史纷纷上书，要求追究洪承畴剿匪不利的责任，要将他革职查办，甚至有御史要求将洪承畴砍头。崇祯自然知道事情的真相，他不可能为了一个王爷就杀掉一个元帅，再说，福王那个胖子挫货活该被杀，一年敛财无数，就算刘文秀不杀他，崇祯都想找个理由宰了他。
不过，群臣的意见也不能不理，不然那些御史就该骂皇帝了，于是崇祯下旨，扣了洪承畴一年的俸禄，让他戴罪立功。
“皇上，这处罚太轻了些吧。”
“是啊，皇上，如此轻易的就放过了洪承畴，恐怕会让他日益骄纵啊。”
“都消停会吧，你们嫌处罚轻了，可你们呢，动不动就是去职，下狱，然后换个新的上去，朕问你们，洪承畴有没有能力？”
“这……有些能力……”
“既然有能力，那为什么要换下来？新官上任免不了又要犯新的错误，然后你们又要换人对不对？这样下去流寇永远都剿不完，朕不重罚他，是希望他能引以为戒，以后不再犯这样的错，这难道不比换一个不熟悉情况的人上去瞎搞一通来得强么？”
一群御史互相对视一眼，不知该说什么好，其实他们自己倒是无心为难洪承畴，只是他们身后那些人，那些被刘文秀破了家的大户们，却认定了是洪承畴无能，放任刘文秀胡作非为，非要把他扒下去不可。
“可是，陛下，要是洪承畴不以此为戒，反倒以为是陛下纵容他，怎么办？”
“事不过三，他知道该怎么做。”
“可是皇上，人心难测，万一……”
“够了！朕如何赏罚反倒还要你们来教么？！”崇祯拍案而起，一群人忙不迭跪在地上，
“陛下息怒……”
“息怒息怒，朕这脾气就是被你们养坏的，哼！”
“臣等有罪……”
“有罪就快滚，朕看着心烦！”
崇祯耍了个赖皮，好歹是把这群人赶走了。
话说洪承畴听说福王挂了，也是心惊不已，他万万没想到这刘文秀胆子这么大，一个王爷说杀就杀了，像张献忠、罗汝才什么的，别说王爷，就是当地有权有势的土皇帝都不会去招惹，洪承畴担心崇祯扛不住朝廷百官的压力，万一把自己当了替罪羊，那就真是冤大了。
在忐忑中等待了几天，五月二十四日，洪承畴终于盼来了圣旨，结果只是发了他一年的俸禄了事，洪承畴大松一口气，看来皇帝说话还是靠谱的。福王的善后事宜也一并发下，崇祯遣戚监科诸臣，诸府察勘，予祭葬从优，一切丧礼视诸藩倍厚，赐谥曰忠，立庙建坊，赐额，以表其烈，竖碑以纪其事。
本来，要按着崇祯的意思，什么谥号、牌呀扁的统统不给，可是宗人府的几个老大爷不干了，王爷死了，皇帝不能就这么不闻不问吧，怎么着也得按规矩来，再说，这还不是一个普通的王爷，那是先帝特意照顾，开了小灶的，更不能等闲视之。崇祯拗不过，只得答应了，让礼部去安排。
洪承畴接了圣旨，也没有得到崇祯停止的意思，边让孙传庭依旧按原来的剿匪方针追击刘文秀。
六月初一，孙传庭在承天府与刘文秀遭遇，刘文秀的队伍再次壮大，人数竟然扩张至三十万，而孙传庭仅仅只有五万兵马，双方大战三天，孙传庭最终因寡不敌众，迎来了官军的第一场失败。刘文秀以十万人的代价，打通了东进的道路。
六月十日，刘文秀进入江西，六月十二，攻打庐州，三天后城破，庐州知府殉国。
此时，罗汝才一部也已经进入江西，不过由于他不像刘文秀那样实行焦土政策，所以队伍一直壮大不起来，六月二十日，双方在凤阳相遇，经过双方“友好而愉快”的磋商后，双方缔结了“友好同盟条约”，推举刘文秀为头领，罗汝才为副头领，共成大业。
两部人马全部进入江西，洪承畴预感到江西唯恐要成为第二个山西，他立刻给崇祯上书，希望崇祯能够改变策略，猛追猛打，务必将两部人马剿灭干净，不留后患，然而他等来的答复却是，任命何向荣为江西剿总司令，率领四万已经完成换装和训练的中央军，进入南下江西剿匪。
洪承畴无法，只好让孙传庭呆在扬州，全权节制南直隶军队，务必阻止流寇进入南直隶，曹文昭则驻兵淮安，封住流寇的退路。
再说张献忠的部队，在经过艰苦卓绝的四个月跋涉之后，终于在五月入川，此时他的人马只剩万余，而后面是紧追不舍的卢象升五万兵马。
走投无路的张献忠，终于干起了与刘文秀一样的勾当，焦土。从五月初五端午节这天起，张献忠开始沿着夔州一路烧杀抢掠，他不仅杀大户，也抢贫民，从夔州到顺庆的五百里路上，到处尸横片野，传说中的天府之国，如今却成了人间地狱。
六月初八，张献忠抵达成都郊外，此时，张献忠的人马已经扩张到了十万，但他依然不敢和卢象升的官军正面冲突，于是他决定北上，第一站就是龙州司，当地的头人对政府也一直心存不