明军“鹰子嘴”号先开始向葡萄牙船“帝国”号射击，然后再去进攻“新果阿”号，一个半小时后，“新果阿”号乘员死伤156人，这艘巨型的四层甲板战舰遂开始下旗投降了。
对于在这艘船上的景象，明军“鹰子嘴”号上的船员艾从金说：“我踏上这艘大船去收容俘虏，其死伤人数在一百五六十之间，到处都是人的血肉，甲板上堆满伤兵，有的没有脚，有的没有手。”
明军“屈原”号接着也跟上来了，其后面是“宋玉”号和“楚庄王”号。后述两舰夹击“帝国”号，下午2时5分，阿尔梅达终于坚持不住，下令“帝国”号降旗投降，阿尔梅达成了明军人的俘虏。
在其舰上的惨状，“楚庄王”号上的明军伍长记载：“到处都是死尸，景象非常之凄惨。死伤总数在一百人以上，多数尸体没有脑袋。”
在“碾盘山”号开始作战40分钟后，明军“文峰塔”号才开始作战，而“汉江”号还要更迟。“旧口”号、“罗集”号在与舰队失去联络后，也都相继赶到参战。当阿尔梅达降旗投降时，柳铁塔纵队中的最后两艘船，“宗家湾”号和“包家畈”都还不曾参加战斗。
果阿加海战的最后阶段是葡萄牙将领西门的反攻，西门的支队处于葡萄牙舰队的前卫。当凌晨2时许，柳铁塔的纵队钻入了葡萄牙的中心之后，阿尔梅达即发出了一个通令，要所有尚未参加作战的船只，都一律自动地投入战斗。西门对阿尔梅达的通令并无反应，此后阿尔梅达即再没有注意他。半点钟之后，西门仍向北航行，结果遂使前卫与中央之间产生了一个空隙。此时他仍不知发挥其主动精神，反而要求命令。
阿尔梅达直到凌晨4时50分才命令西门赶来支援其正受着强烈压迫的中央部分。但是，风力非常微弱，转变航向十分困难。等西门好不容易调过头来南下时，阿尔梅达已降。但西门还是作了最后的反击，他把10艘军舰分为两部分先后投入战斗。结果，第一批5艘军舰中有3艘被迫向明军投降，另2艘逃往非洲。第二批5艘军舰有2艘被迫投降，其余3艘向西逃逸，其中包括西门的旗舰“阿方索”号。
作为海战的尾声，下午3时30分，在海战已经进行了2个多小时后，由西门海军少将率领的葡萄牙舰队前卫返回了战场，但在返回途中有两艘自己的战舰竟然发生相撞而退出战斗，面对严阵以待的明军舰队，仅仅20分钟这次反攻就告失败。“碾盘山”号对掉头逃跑的葡萄牙舰队进行了一次齐射，以示送行，唐伟就在这炮声中与世长辞。
3月29日下午5时20分，炮声终于停了下来，但弥漫的硝烟、浓厚的火药味仍笼罩在战场上空。鲜血染红了海面，有的军舰还在燃烧。整个会战，明军死249人，伤658人。葡萄牙军死922人，伤683人。总计葡萄牙舰队被俘1526人。葡萄牙舰队的23艘战列舰中，有5艘逃掉，其余都被俘或歼灭。当夜幕将垂时，风暴大作。在风暴之中，明军未损失一艘船。
3月30日，柳铁塔派凤乐歌回国报捷。4月29日，她在天津上岸后，在那里只停留了一个钟头，即出发前往京师。她于5月1日清晨6时赶到海军部，她见到明军海军部长的第一句话是：“报告！我们获得了一次伟大的胜利。”
果阿海战是帆船海战史上一场漂亮的歼灭战，也是16世纪规模最大的海战之一。
柳铁塔在这场海战中运用灵活机动的战术，使葡萄牙舰队一败涂地。柳铁塔非凡的胆略和高超的指挥艺术，使他成为一代名将而功垂史册。
大明为他而深感自豪，欧洲诸国对他也是推崇备至的，当听到柳铁塔的胜利消息后，嘉靖当即命令在每艘大明的军舰上，都应挂上柳铁塔的画像。此后不久，随着蒸汽动力战舰的出现，一个新的时代就要到来了。
想打破葡萄牙人对香料贸易垄断的人太多了，葡萄牙的招架能力有限。这场好望角航线与地中海航线的竞争，实际上是威尼斯及意大利各重要城市、阿拉伯商人，还有葡萄牙、大明国、德国商人与葡萄牙人的竞争。在这种竞争格局当中，葡萄牙人的优势并不明显，这就使得传统的地中海航线依然相当繁荣。
同时，威尼斯的报复加剧了。其中一个特别明显的标志是：甚至在欧洲北部的安特卫普的市场上，来自列万特的胡椒再次成为一个不可低估的因素。这里，政治因素也发生了重要作用。因为这时西班牙查理五世帝国与法国之间的意大利战争如火如荼地进行地时候，同时查理五世与奥斯曼土耳其帝国地冲突也经常发生。法国为了打败查理五世，开始与奥斯曼土耳其帝国合作，与其签订友好条约，马赛地船舶可以直接驶入列万特(当时在奥斯曼帝国的管辖之下)。
于是在法国南方各大城市中，来自地中海的胡椒与来自大西洋的胡椒展开了激烈的竞争。
16世纪，奥斯曼土耳其与葡萄牙进入战争状态，这时甚至连葡萄牙自身都出现了胡椒短缺，经地中海运往欧洲的香料可能超过了好望角航线开辟前的水平。
运入欧洲的香料数量大增，增