政府为这笔税银曾多次争夺归属权，到1599年，明神宗食指大动，派遣宦官充当税使进入福建，月港出海商船的税银征收权也被其夺取了。
总的来说，“隆庆开海”的主要措施“月港开放”，由于从一开始就以“于通之之中，寓禁之之法”为原则，不允许漳泉二府以外地区商民对海外贸易的参与，以月港地区的开放来成就全国绝大部分沿海地区的“海禁”，它只能导致走私贸易的兴起。月港的开放十分有限，对本国海商非但未能提供任何方便的贸易条件，相反却制定了许多苛刻的限制，从而使中国海商在国际贸易中最终因没有国家实力为后台，不敌西方殖民势力的竞争和剿掠而无法扩张贸易规模；明朝政府把对外贸易口岸限定在地处偏僻远离内陆商品货源地并且有重山相隔的闽南，其本身就是为了使月港开放对内地的影响降到最小，这也就大大降低了对全国经济发展的意义；月港排斥外地商民参与开海贸易的活动，从而在全国商民中造成了一种不公平的海外贸易环境，也没能达到消除海盗源头的目的，反而因此激起走私贸易的泛滥，明末中国沿海又兴起一个“中国海盗的黄金时代”，走私贸易的大规模泛滥，就是明证。
月港成为福建商民进行走私贸易的中心港口，到16世纪初葡萄牙人东来以后，月港迅速发展成为福建沿海的最大走私贸易港口。葡萄牙等国商船在广东海面由福建人领航改泊海沧、月港；浙江人领航到双屿，每年夏季来，望冬而去。而福建的走私商民，也可由月港出海，与“番舶夷商贸”进行贸易往来，络绎不绝。
到嘉靖时期(1522-1566)，以月港为中心的漳泉地区走私商民的活动，更为频繁，并为全国之甚。《明世宗嘉靖实录》中有几段记载颇能说明问题；
“(1525年9月4日)。初，浙江巡按御史潘仿言:“漳、泉等府憨猾军民私造双桅大船下海，名为商贩，时出剽劫，请一切捕治。”
“十二年九月辛亥(1533年9月29日)兵部言:浙福井海接境，先年漳民私造双桅大船，擅用军器、火药，违禁商贩，因而寇劫。”
“二十六年三月乙卯(1547年3月24日)，朝鲜国王李恒遣人解送福建下海通番奸民三百四十一人…”估计皇帝觉得在属国面前丢了脸面，不久后下了个诏书:
“…诏:沿海奸民犯禁，福建尤其，往往为外国所获，有伤国体……”
面对着福建商民依托月港进行频繁的走私贸易活动，明政府也加强了对月港这个“俗同化外”之地的控制。1530年，很据福建巡抚胡琅的建议，福建巡海道驻漳州，又在月港东北的海沧建立安边馆，并委漳、泉等府通判一员轮流驻扎。安边馆又称捕盗馆，其职责是为了弹压当地商民的走私贸易和海盗活动。1536年，明朝政府接受了御史白资的建议，放松了对当地商民近海贸易的限制，“民有出海货卖在百里外者，皆诣捕盗官处自实年貌、贯址，以符给之，约期来销，使去有所由，归有所止。”但“仍禁制汉民不得下海通番。”(《明实录》）由于实效不大，1551年，明朝政府正式在月港设立靖边馆，“以通判往来巡缉”。
1557年，各方海盗势力大闹月港。无奈之下，福建巡抚谭纶只好招抚这些海盗，并在月港设海防同知，更靖海馆为海防馆。但这些措施仍不见效，明朝政府遂于1567年正式以月港为治而设立海澄县，试图以民政来管理这个走私贸易的中心。因此，1567年月港的开放，只是明朝政府对于月港地区海上走私贸易的被迫承认而已，以因势利导之举来稳定福建南部的统治秩序。
其实明朝政府之所以在月港开海禁，其基本出发点，正如后来的福建巡抚许孚远所承认的，在于“于通之之中，寓禁之之法。”就是说，通过有限地开放，更好地贯彻“海禁”政策。正是从这一基本立场出发，明朝政府才选择在远离内陆商品货源地并且有重山与内地相隔的福建地区，开放商民的海外贸易，以便能对其它地区有效地实施海禁。
研究一下第2个问题可以更好的解释我们为什么这么说。月港开放海禁后，是否一切打算出海的中国各地商人都可以由此出海进行海外贸易？或者说，明朝政府究竟准许哪些地区的商民可以通过月港出海到海外进行贸易呢？这是一个直接关系到如何评估月港开放效果的问题。大家对月港开放普遍看好，似乎各地商民只要申请到出海船引，便都可以从月港出国贸易。其实，这是一种误解。
首先看“出海船引”制度是怎么回事；月港开禁后，凡是可以在月港出海的商人，根据规定，首先要在自己所在里邻勘报保结，然后向所在道府提出申请，在批准后由海防机构发给船引。但实际上，往往由牙商(中介商人)、洋行(专门经营海外贸易的中介商人机构)出面作保，代海商申请船。所谓“船引”，也称商引，它是海商合法出海的凭据。
明朝政府规定:“商引填写限定器械、货物、姓名、年貌、户籍、住址、向往处所、回销限期，俱开载明白，商众务尽数填引，毋得遗漏。海防官及各州县仍置循环号簿