京城的人心日渐安定，接下来最紧迫就是着手组织北京城的防务。
帝国的正规军精锐已经拼光了，剩下的只有老弱残兵和各地的地方军队，没办法，有什么材料，就只能做什么样的菜了。
有时，巧妇就是能化腐朽为神奇，能够用看似不起眼的粗粮糙米中，做出美味佳肴，而于谦就是这样的巧妇。
巧妇于谦为了作出美味佳肴，制定了以下几道菜谱：
第一、备足食材——火速调兵。
食材是做菜基本条件，没有食材，无法做菜。要做出美味佳肴，必须准备足够的食材。
打仗最重要的是要有士兵，没有士兵，打仗无从谈起。
于谦首先整顿京师守军，将从土木堡败逃的将士与京城的留守军队进行重新编制；同时急调两京备操军，河南备操军，沿海各地备倭军，浙江常备军，各省督抚的运粮军火速进京，各军在接到调动命令后需立即行军，并按规定时间到达，违令者杀无赦。经过此次调兵，京城明军兵力从三万余人增加到二十二万人左右，于谦将二十二万京师守军整编为十个团营，明朝军队至此在人数上对蒙古瓦刺军具有一定的优势。
第二、挑选厨师——精选武将。
光有足够的食材，还不能做出菜肴，能否做出美味佳肴，关键是要有出色的厨师。
打仗光有士兵是不行的，士兵能否发挥作用，关键还是要有出色的将领来指挥，所谓千军易得一将难求。
于谦在调兵整顿同时，着手从全国各地选拔英勇善战的武将，很快组成一批指挥有力的将领集团。原大同副总兵石亨，在土木堡之战中单骑逃回，被免职下狱，于谦深知土木堡之战的惨败是王振的胡乱指挥造成，于谦不计前嫌，大胆起用石亨，并提拔石亨为北京总兵，后来的结果证明，石亨果然没有辜负于谦的期望，在北京保卫战中立下汗马功劳，报了明军在大同和土木堡惨败的国仇家恨。
但是世事难料，于谦永远也想不到，十年后，正是这个他一手提拔栽培起来的武将，会亲手策划了诬陷自己的冤案，千古奇冤，英雄含泪无语，只能说一切都是命。
第三、增添厨具——扩充军备。
光有食材和厨师也不定就能做好菜肴，要做出美味佳肴，还必须有好用的厨具。
要打好仗，打胜仗，光有士兵和将领还不行，必须要与配套的武器装备，不然光靠徒手战斗，这仗也没法打。
于谦在武器装备方面进行多方筹措：当时京城守军中只有十分之一的将士有铠甲，各种兵器也严重不足。于谦首先下令工部日夜加班赶制铠甲和武器，京城能够调用的铁器店铺，一律征用赶制头盔和兵器，同时下令将南京兵器库库存兵器，共计约一百万件调入京城，补充给守城部队。同时派出人员秘密到土木堡收集明军溃败时丢弃的头盔九千余项、铠甲五千余件；神枪（火枪）一万余杆、神铳（火铳）两万多只，神箭（火箭）四十余万枚、火炮八百余门。经过此次装备补给，明朝军团可谓武装到了牙齿。
第四、采购调料——保障粮饷。
有了食材、厨师和厨具后，还必须准备好调料，所谓酸甜苦辣，口味各异，没有调料，也不能做出美味佳肴。
打仗除了需要士兵，将领和武器装备外，粮饷是必不可少的，缺银少粮的战争必定军心不稳，要取胜很难。
于谦深知战争打到最后其实拼的是经济实力，因为战争本身就是一场烧钱的游戏。北京几乎不产粮，当时京城粮食仅够维持半个月，供应北京的粮食有数百万石储备在东郊的通州，可供京师军民一年的食用。由于短期内无法将其运到北京，而且运粮及其危险，若这些粮食被瓦刺军夺取，后果不堪设想，因此不少人主张将这些粮食烧毁。
于谦力排众议，他认为：这些粮食是宝贵的财富，是京城保卫战的重要物质基础。如果没有粮食，军队就会不战自溃。他采取了两个措施完美地解决了运粮的难题。
第一是：大举征用车辆，动员百姓和官员日夜不停运粮，同时对于运粮在20石以上除支付可观的运费外，朝廷还发一两纹银作为奖赏。重赏之下有勇夫，经此措施激励，往返京城和通州的运粮队伍车水马龙，昼夜不停；
第二是：下令所有地方调往京城的军队，必须通过通州进入北京，近二十万军队通过通州时各自领取军粮，这绝对是完美的计划，不得不佩服于谦的智慧，将调军和运粮完美地结合起来，明军一下子多了一支近二十万人的义务运粮队，而且是全世界安全最有保障的运粮队。就这样，于谦出乎所有人的意料，很快就把通州的几百万石粮食运进京城并储备起来。京城军心大振，民心稳定。
为提高参战官兵积极性，于谦下令户部给全体官兵预发半年饷银，有钱有粮，官兵处处欢声笑语，欣喜不已。有钱拿，有饭吃，似乎没有理由不打好仗。
除此之外，于谦还加紧对士兵进行操练，组织全城百姓修补城墙，构筑坚固的防御工事。
十月十一日，也先在攻陷了