无法准确确定该项进项税额的，按当期实际成本计算应扣减的进项税额”之规定，该公司第（四）项问题应补缴增值税28，913．37元。
5．根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条“下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：……（二）用于非应税项目的购进货物或者应税劳务……”和《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十二条“已抵扣进项税额的购进货物或应税劳务发生条例第十条第（二）至（六）项所列情况的，应将该项购进货物或应税劳务的进项税额从当期发生的进项税额中扣减。无法准确确定该项进项税额的，按当期实际成本计算应扣减的进项税额”之规定，该公司第（五）项问题应补缴增值税2，862，545．90元。
以上第1—5项合计应补缴增值税2，989，711．93元。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十二条“纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”之规定，对该公司应补缴的税款从滞纳之日起按日加收万分之五的滞纳金。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条“纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证，或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任”之规定，该公司上述行为已构成偷税，对其处以所偷税款2，989，711．93元50％的罚款计1，494，855．97元。
案件分析
本案检查中，稽查人员抓住某煤电股份有限公司处于改扩建的特殊时期这一特点，找准检查的突破口，深挖细究，多方印证，查实该公司购进原材料用于在建工程等非应税项目抵扣进项偷税的违法事实。
启示：
一是在日常税收征管中，税源管理部门要加强调查研究，了解各类企业的生产、经营特点，掌握企业重大的投融资事项以及其他生产经营变化情况，分析预测其对税收的影响。
二是加强税务征收、管理、稽查等部门间的协作配合，改变纳税资料传递滞后的情况，强化对纳税人的事前、事中、事后全程服务。
三是稽查人员在检查中要善于针对被查企业不同时期的生产经营特点，采取多渠道、多层次相互印证财务数据逻辑关系，不断探索新的高效的检查方法。
（案源提供：平凉市国家税务局稽查局）