案件来源及企业基本情况
酒泉市某股份有限公司，1998年1月被认定为增值税一般纳税人，主要从事玉米、瓜菜、花卉、甜菜、油葵、棉花种子的生产、收购、加工、销售；棉花、皮棉、棉短绒、籽棉、棉花被（褥）胎、食用植物油的加工销售。
酒泉市国税局通过纳税评估，发现该公司存在指标异常变动情况，随即将其转交稽查部门。稽查局随于2004年5月对该公司2003年1月至12月期间的纳税情况进行了检查。
税务稽查过程及方法
稽查人员采取全查和抽查相结合的方法，对该公司2003年度的账簿、凭证、财务报表、纳税申报表、发票使用等情况进行了检查，发现该公司账表不符，其申报销售收入所属期与记账时间不一致，造成申报销售收入与账面不符；认证的进项税票当月已经记账，但实际进行纳税申报时滞后抵扣，造成当期进项税申报数与账面数不符。
针对存在的问题，稽查人员对该公司的检查时段向前追溯到2000年12月底，主要对2000年12月到2003年12月期间的应交税金账户进行了详细的核对。但由于公司多年来申报表与账面数不符，两者之差按月无法落实原因，经过反复研究讨论，稽查人员以账面数为准进行查账，并结合纳税申报表进行了调整，截至2004年6月底企业申报表注明的留抵税额与账面相符。
随后，稽查人员根据棉花企业的生产周期，在旧棉已销售，新棉尚未收购的时候对该公司库存实物进行了盘点，对实物账进行了全面核查，逐份将产品调拨单与财务凭证核对，结果发现存在大笔货物发出不计销售收入的情况，案情取得重大突破。
稽查人员共对企业的四处库房进行了盘点，结合企业库存商品明细账，发现该公司存在商品销售后只填开企业自制调拨单而未申报销售收入；商品销售后未开具任何单据，未申报销售收入，以及延迟申报销售收入的情况。通过实地盘点，结合收发或原始凭证，核实该公司销售皮棉未申报销售收入2，973，786．15元，销售短绒未申报销售收入356，373．50元，销售棉籽未申报销售收入138，003．00元，销售棉纱未申报销售收入669，866．00元，合计少申报销售收入4，138，028．65元。
此外，在对库存商品明细账核对中发现，该公司将丢失库存商品皮棉追回后直接销售，销售金额17，510．40（含税）未申报缴纳增值税2，014．47元；2004年12月销售给敦煌某公司皮棉370，34．5．00元未记销售收入，未计提销项税42，606．06元。
经检查核实，2000年12月至2004年6月期间该公司：
1．销售皮棉、短绒、棉籽、棉纱等合计少申报销售收入4，138，028．65元（含税），其中：皮棉、短绒、棉籽少申报销售收入3，468，162．65元，按13％的税率计算，少缴增值税398，992．16元；棉纱少申报销售收入669，866．00元，按17％的税率计算，少缴增值税97，330．96元；合计少缴增值税496，323．12元。
2．企业将丢失库存商品皮棉追回后直接销售，销售金额17，510．40元（含税），未按13％的税率申报缴纳增值税2，014．47元。
3．销售给敦煌某公司皮棉370，345．00元未记销售收入，未计提销项税42，606．06元。
以上总计少申报销售收入4，525，884．05元，少缴增值税540，943．65元。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第一条“在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳增值税”和第二条“增值税税率：（一）纳税人销售或者进151货物，除本条第（二）项、第（三）项规定外，税率为17％”及《财政部、国家税务总局关于调整农业产品增值税税率和若干项目征免增值税的通知》（财税字【1994】4号）第一条“农业产品的增值税税率由17％调整为13％。……本通知从1994年5月1日起执行”以及《中华人民共和国增值税暂行条例》第五条“纳税人销售货物或者应税劳务，按照销售额和本条例第二条规定的税率计算并向购买方收取的增值税额，为销项税额。销项税额计算公式：销项税额＝销售额×税率”之规定，该公司应补缴增值税540，943．65元。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十二条“纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”之规定，对该公司应补缴的税款从滞纳之日起按日加收万分之五的滞纳金。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条“纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、