酒泉市某棉业有限公司为民营企业，2001年2月成立，主要加工销售皮棉、短绒、棉籽油、棉泊、棉壳等，为增值税一般纳税人。
2005年1月，酒泉市国税局通过对全市农产品加工企业的纳税评估，确认棉业加工企业平均税负率为0．45％，而该棉业有限公司税负率却为负数，稽查局随即对其2001年2月至2004年12月期间的纳税情况进行了检查。
税务稽查过程及方法
为了彻底揭开酒泉市某棉业有限公司低税负之谜，稽查人员做了充分的查前准备，制定了切实可行的实施方案。检查中，稽查人员采用逆查法，对凭证、账表进行了初步查看核对，该公司纳税申报表上的数据和账簿上的数据一致，没有发现问题。
稽查人员要求查看产品保管账时，财务人员说：“账簿看不上，保管员外出不在。”引起稽查人员的警觉，从侧面了解到保管员不但在公司，而且就在自己的办公室。当稽查人员找到保管员并要求查看保管账时，保管员却说，他没有按照要求登记保管账，只是每月和会计核对实物后，只上报一份报表。稽查人员通过分析，认为该公司存在产品少入库，销售不实的嫌疑，决定从银行对账单人手。企业在提供对账单的过程中萎萎缩缩，且提供的对账单不全，当财务人员在抽屉寻找其他对账单时，抽屉里的一些备用资料引起稽查人员的格外注意，通过询问和政策宣传，财务人员不得不将备用资料交给稽查人员。原来备用资料是该公司历年的决算资料，并且都有相关责任人的签字。
通过核对备用资料，发现账簿上产品入库和销售与备用资料上反映的产品入库和销售均不符。在事实面前，财务人员与公司法定代表人，交出了账外经营的财务资料。经检查核实该公司账外经营销售棉籽油少计收入4，204，889．62元，少计提增值税销项税额546，635．65元。
稽查人员从外界获得的信息中了解到，该公司曾有原材料被盗和损失的事实，但在账务中却没有反映任何信息。当稽查人员拿出相关的证据后，会计承认并提供了一份关于原材料损失处理的文件，被盗、丢失的原材料作为非正常损失没有在账面上反映，造成多抵扣进项税额14，748．18元。
当检查快要结束时，稽查人员在无意中看到一篇关于该公司信誉度高的相关宣传报道。说的是该公司的一种副产品，名叫“皂角”，在原料市场上，价格高涨，但该公司仍然以约定价供货的报道。但稽查人员在账务检查中却没有发现该产品的账务记载。就此情况询问时，面对该报道财务人员承认“皂角”就是他们生产棉籽油的副产品。随后他们不得已提供了销售副产品“皂角”的原始单据，经核实，该公司隐瞒销售收入117，672．31元，少计提增值税销项税额15，297．40元。
经过稽查人员的辛勤努力，该公司采用账外经营隐瞒收入、销售副产品不入账，原材料非正常损失未做进项税额转出等手段进行偷税的违法事实水落石出，低税负之谜真相大白。
违法事实
经检查核实，该公司2001年2月至2004年12月4年间账外经营销售棉籽油少计收入4，204，889．62元，少计提增值税销项税额546，635．65元；原材料非正常损失未作进项税额转出14，748．18元；销售副产品“皂角”隐瞒销售收入117，672．31元，少计提增值税销项税额15，297．40元，合计少缴增值税576，681．23元。
处理处罚依据及结果
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第一条“在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳增值税”和第二条“增值税税率：（一）纳税人销售或者进口货物，除本条第（二）项、第（三）项规定外，税率为17％”及第五条“纳税人销售货物或者应税劳务，按照销售额和本条例第二条规定的税率计算并向购买方收取的增值税额，为销项税额。销项税额计算公式：销项税额=销售额×税率”、第十条“下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：……（五）非正常损失的购进货物”以及《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十二条“已抵扣进项税额的购进货物或者应税劳条发生条例第十条（二）至（六）所情况的，应将该项购进货物和应税劳务的进项税额从当期发生的进项税额中扣减”之规定，该公司少计收入、非正常损失未作进项税额转出共计应补缴增值税576，681．23元。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十二条“纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”之规定，对该公司应补缴的税款从滞纳之日起按日加收万分之五的滞纳金。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条“纳