案件来源及企业基本情况
2004年3月，金昌市国税局稽查局接到甘肃省国税局稽查局转交的举报某农副产品经销公司涉嫌偷税的案件后，对其进行了稽查。
金昌市某农副产品经销公司于2001年11月成立，主要经营化肥、农膜批发、零售，农副产品购销（不含小麦、玉米）业务，为增值税一般纳税人。
税务稽查过程及方法
针对举报信函中反映的问题和提供的线索，专案组制定了“以审核该公司发运大麦的铁路货票为主线，检查银行存款账户和向购货地国税机关发协查函为辅”的稽查方案，并实施稽查。
在检查中，稽查人员对该公司2003年1月1日至2004年2月28日所有的账簿、凭证、财务报表以及纳税资料进行了全面详细的检查，发现了以下疑点：一是该公司增值税税负太低，仅为0．0456％；二是发出大麦抵扣进项税的铁路货票的数量为4268吨，而该公司账面反映销售大麦的数量为3，734．28吨，两者相差533．72吨。
为了彻底查清事实，稽查人员调取了某车务段货运室2003年1月1日至2004年2月28日所有的铁路发运货票，从中摘录出该公司以及以该公司法人代表名义为发货人的铁路货运发票，经与账簿上铁路货运发票一一核对，发现铁路货运发出数量比企业账面记载销售数量多2280吨，初步判断为账外经营，有偷税嫌疑。
为了进一步查证该公司发货的详细情况，稽查人员对该公司的银行账户进行查询并向购货地国税机关发出了5份协查函，确认该公司销售大麦未入账。
在掌握了大量的外部证据后，稽查人员对该公司法定代表人及会计进行了询问，进一步证实该公司存在账外经营、隐匿销售，偷逃国家税款的问题。
经检查核实，该公司：
1．2003年1月（增值税小规模纳税人期间）发往河南省郑州某麦芽厂大麦240吨，采取账外经营的手段，未计销售收入353，076．92元，少缴增值税14，123．08元。
2．2003年3月（增值税小规模纳税人期间）发往河南省获嘉县某麦芽有限责任公司大麦480吨，采取账外经营的手段，未计销售收入673，076．92元，少缴增值税26，923．08元。
3．2003年11至2004年1月（增值税一般纳税人期间）分别发往河南焦作市博爱县某麦芽公司大麦300吨，河南焦作市某啤酒原料公司大麦1260吨，采取了账外经营的手段，未计销售收入1，924，434．22元，也未申报抵扣相应的农副产品收购进项税额248，297．56元，按规定进销相抵后少缴增值税1，878．89元。
小规模纳税人期间。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第一条“在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳增值税”和第十二条“小规模纳税人销售货物或者应税劳务的征收率为6％”及《国家税务总局关于做好商业个体经营者增值税征收率调整工作的通知》（国税发【1998】104号）“从1998年7月1日起，商业个体经营者的增值税征收率由6％下调为4％……”以及第十三条“小规模纳税人销售货物或者应税劳务，按照销售额和本条例第十二条规定的征收率计算应纳税额，不得抵扣进项税额。应纳税额计算公式：应纳税额=销售额×征收率”之规定，该公司小规模纳税人期间应补缴增值税41，046．16元【（353，076．92元+673，076．92元）×4％】。
一般纳税人期间。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第一条“在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳增值税”和第二条“（一）纳税人销售或者进口货物，除本条第（二）项、第（三）项规定外，税率为17％”及《财政部、国家税务总局关于调整农业产品增值税税率和若干项目征免增值税的通知》（财税字【1994】4号）第一条“农业产品的增值税税率由17％调整为13％，……本通知从1994年5月1日起执行”；以及第四条“除本条例第十三条规定外，纳税人销售货物或者提供应税劳务（以下简称销售货物或者应税劳务），应纳税额为当期销项税额抵扣当期进行税额后的余额。应纳税额计算公式：应纳税额=当期销项税额一当期进项税额，……”及第五条“纳税人销售货物或者应税劳务，按照销售额和本条例第二条规定的税率计算并向购买方收的增值税额，为销项税额。销项税额计算公式：销项税额：销售额×税率”；以及《国家税务总局关于增值税一般纳税人发生偷税行为如何确定偷税数额和补税罚款的通知》（国税发【1998】第66号）“一、关于偷税数额的确定……（二）纳税人的偷税手段如属帐外经营，即