案件来源及企业基本情况
敦煌市某加油站成立于1993年8月20日，注册资金50万元，企业负责人李某，主要从事汽油、柴油、润滑油的销售。2001年10月1日被认定为增值税一般纳税人。
2006年，敦煌市国家税务局对该加油站进行了以下方面纳税评估分析：（1）该加油站开具专用发票取得销售额占全部销售额的89％；而当地同行业加油站开具专用发票销售额占全部销售额的平均比例为40％~50％；（2）该加油站税负仅为0．78％，不仅低于当地社会加油站1％的平均测算税负，也低于甘国税函发【2005】289号文件所规定的该行业税负水平1．098％的预警值标准；（3）该加油站拥有3辆大型油罐车，单车载重量40吨，而其库容量仅为80余吨。根据纳税申报数量分析，有一辆油罐车就能满足企业的需要，而三辆油罐车供应油量远远大于企业的实际储存和需求量；（4）该加油站申报的未开具发票与开具普通发票申报销售额只占全部销售额的11％，而全年领用普通发票数量110本，领用数量大，申报金额小；（5）该加油站规模较大，有四台加油机全天候运行，并且建在交通主干道上，大型车辆及个人机动车加油量较大，但申报的销售额明显偏低。管理部门通过以上众多疑点的动态分析，将该企业信息反馈给稽查局，稽查局确定对其进行纳税检查。
2006年5月15日，稽查人员向该加油站下达《税务稽查查前告知书》。2006年5月30日该加油站将自查报告报送敦煌市稽查局，企业自查无问题。
检查中，稽查人员采用全查和抽查相结合的方法，调阅了2004—2006年度的账簿、报表、会计凭证。在检查销售收人时，发现其记账凭证所附的原始凭证均为自制的销售日报表，于是稽查人员对会计进行了询问，由于会计是外聘的，只是定期根据企业提供的资料进行账务处理，对其实际经营情况并不熟悉。稽查人员随即对“主营业务收入”、“主营业务成本”、“库存商品”、“现金”、“银行存款”、“应交税金一应交增值税”及销售日报表进行了重点检查，发现以下疑点：
1．购进油品取得的增值税专用发票注明的货物数量与账面入库数量不符。2005年购进汽油取得的增值税专用发票注明的数量为275．66吨，账面入库数量为269吨，少入库6．66吨；购进柴油取得的增值税专用发票注明的数量为1330．547吨，实际入库数量为1320吨，少入库10．547吨。
2．月末结转销售成本的数量与实际销售数量不符。2005年实际销售汽油267．964吨，结转销售成本286吨，多结转销售成本18．036吨；实际销售柴油1275．265吨，结转销售成本1292吨，多结转销售成本16．735吨。
3．“库存商品”期末账面结余数量与实际库存数量不符。2004年年初“库存商品”汽油的数量是一4．89吨，本年购进汽油465吨，销售385．639吨，年末库存数量应为74．471吨，但年末“库存商品”账面数量是60．652吨，相差13．819吨。
4．开具专用发票的销售额比例远远大于同行业其他加油站。2005年该加油站税控加油机销售汽油合计267．964吨，开具增值税专用发票销售汽油242．093吨，占总销售量的90％。
5．未按有关规定将普通发票记账联作为原始记账凭证。
6．大额现金收、支频繁。
7．当月销售日报表汇总的销售数量与当月税控加油机汇总的销售数量不一致。
分析以上疑点，稽查人员认为该加油站有隐瞒收入偷税的嫌疑，决定从市局普通发票库中调出该企业开具的326本（8150份）普通发票存根联，按年度逐一进行详细的核查，证实了该加油站隐瞒销售偷税的违法行为。
在事实面前，该加油站不得不承认，由于近年来油品价格不断上涨，利润较低，对部分油品购进时未入账，销售时也未通过税控加油机，销售后开具普通发票而未全额向税务机关申报。
经检查核实，该加油站：
1．2004一年实际开具普通发票取得销售收入4，407，541．74元，向税务机关申报495，816．15元，少申报3，911，725．59元，未按规定计提销项税额664，993．35元。
2．2005年实际开具普通发票取得销售收入5，800，704．38元。向税务机关申报1，841，578．91元，少申报3，959，125．47元，未按规定计提销项税额673，051．33元。
3．2006年1—7月实际开具普通发票取得销售收入1，533，142．26元，向税务机关申报244，455．20元，少申报1，288，687．06元，未按规定计提销项税额219，076．80元。
以上1—3项合计少申报销售收入9，1