对诸藩王国度里的行政也进行了一些改革：设置了宾辅和伴读，并让翰林学士以儒家的为政传统教育和辅导诸幼年王子。王子们还进一步不准参与文、武政事；这个命令显然与《祖训录》中的规定大相径庭。这些加强了皇帝对藩王控制的新条令是意在取消半自治性质的封国的总战略的一部分。① 削夺世袭封国的政策的产生是由于担心几个有野心的皇叔可能要发难，特别是担心燕王朱棣。1370年以后，明太祖陆续分封了他年长的九个儿子（其中包括朱棣），把他们封在西北边境和长江中部，王位世袭；这些藩属王国都是用来作为抗击蒙古侵略和镇压叛乱的支柱。王子们都享有巨额年俸和广泛的特权；虽然他们在法律上对境内平民百姓不享有直接的行政权力，但他们每人都节制三支辅助部队，其人数在3000到15000之间。① 为了确保他对分封诸王国的控制，开国皇帝在他的《祖训录》中曾定下了一系列条令规章来管束诸藩王的行为；《祖训录》首次发布于1381年，后来又在1395年做了修改。其中有一条规定：在新皇登极以后的三年时间内藩王们不许来朝廷，只能留守藩封。可是，如果有“奸臣”在朝廷当道，诸王得准备他们的兵力，听候新皇帝召他们来“拨乱反正”，而在完成了他们的任务和驱逐了奸佞以后，他们仍应返回封地。 对于合法的继承原则定下了一条重要的规矩；它既适用于藩封王子的继承，也适用皇位的继承。其中主要的一条原则是继承人应该是长子，并为嫡妻所生。如果这一点已不可能，嫡妻所生的第二个儿子将成为合法继承人。②为了使这些家法垂诸久远，明太祖对后嗣下了严厉的警告，禁止他们对他的训示有一丝一毫的改动；而且他告诫诸王，对任何违犯者，甚至皇帝本人，他们可以群起而攻之。③这位开国皇帝的想法是很不现实的；制度上的调整总是不可避免的。新皇帝现在企图削夺诸王的权力，这就使他与他的叔父们——特别是燕王朱棣——发生了公开的冲突。然而可以理解的是，在这些藩王看来，他想削夺分封诸王一向享有的权利和特权的行动严重地违反了《祖训录》。
人们向来认为削藩的政策是黄子澄和齐泰所出的主意，但是，它也可以说是出自皇帝的圣裁。黄子澄是这一政策最积极的拥护者，据说他使皇帝对采取这项政策的重要性获得了很深的印象，因为他向皇帝讲述了公元前154年汉代的七国之乱反对汉景帝（公元前157—141年在位）的故事，而且也一般地提示了这些强大而又拥有半自治权力的藩封所特有的潜在危险性。①他们曾经考虑了两种行动路线：一是彻底废除藩封诸王国；一是减少他们的政治和军事大权。主要的目标是燕王；到了这个时候，洪武帝的二子和三子均先已故去，只剩下燕王是现在健在的最年长而又权势最大的藩王，同时他也是皇家礼仪上的尊长。几经斟酌之后，建文帝决定走完全废藩的道路。这样便激起燕王举兵反对皇帝，他表面上是要恢复王朝原来的制度，实际上却是要保持他自己的权力和影响。