第二条载其货物运出以上所指各地段及所定各界限以外均属内地，应补足正税未完的1／3作为子口税，方准按照运货入内地章程领照。在东三省界外复入关内各省之界，应照税则所载正税之数，再行纳一半作为他省的子口税，方准领照前往，以免重征。无此照者，仍逢卡税遇卡抽厘，等等。清外务部在致驻京俄使照会中还声明，以上解释的办法仍系试办章程，如有应行增改，候一年后再行相商厘定。
东三省讲武堂开办普通科第一班黑龙江选送营哨官20名入学。
黑龙江巡抚程德全将日人在江省自由居住经营、私贩枪械交涉不决双方往来文稿呈报徐世昌等。日本驻哈总领事川上俊彦为日本人在江省自由居住营业及日本贩卖枪械子弹不许没收两事进行交涉，相持五个月之久尚未议决一案，将彼此来往各照文稿抄录咨徐世昌、唐绍仪、苏那穆策麟、姚福升等知照。
9月9日。清廷派考察宪政大臣分赴英、德、日考察宪政。派外务部右侍郎汪大燮、学部右侍郎达寿、邮传部右侍郎于式枚分别出使英、日、德考察宪政。11月底以后，达寿、于式枚、汪大燮先后出京考察。
9月10日。清廷设置京师高等审判厅。
9月11日。中俄订立《勘修塔城中俄交界处所牌博文据》。于清廷边防印务处章京承办中俄交涉事宜左翼协领奇兰与俄国帮办乌雅孜散德满等，在哈巴拉苏达巴干会面，自布尔堪布拉克第五十四牌博起，逐一查看，至图斯赛第三十四牌博止，共计21处牌木，均兼书满、汉、俄文换立。派官员除将第44、45、51、52共四处牌木文字重新改书外，其余17处牌木另换新立，仍遵照喀什噶尔伊犁章程全归设立一牌。特以立约，书清、俄两体文字，彼此互换，各报上司备查。
9月12日至1908年4月20日。中英商议藏印条约。1906年《中英新订藏印条约》订立，其中第一款规定，以1904年8月英藏所订《拉萨条约》作为附约，彼此承认，切实遵守。第二款规定，西藏允许在江孜、噶大克及亚东即行开辟商埠，以便英藏商民往来贸易。并规定1893年中英所订条约内凡涉及亚东各款，亦应在江孜、噶大克一律施行，以后有关该三处商埠商项，如英藏双方彼此允许改动，则应遵从改订章程办理。1907年4月7日，外务部与英公使朱尔典商订藏印商务章程事。5月23日，西藏江孜开埠，英公使朱尔典请予藏民以画押全权，与印员直接交涉，清外务部拒绝。6月15日，外务部电查办藏事大臣张荫棠，自藏赴印会议中英通商章程。6月27日，英国外相令英公使朱尔典向清政府抗议查办藏事大臣张荫棠非法干涉藏事，忽视条约。7月24日，驻藏帮办大臣张荫堂电奏清廷，毋准藏英直接交涉。8月24日，清廷命张荫棠为全权大臣，与英国代表议藏印通商章程。9月12日，鉴于开辟江孜、噶大克及亚东为商埠，为另订新通商章程，清廷遂派张荫棠为全权大臣，会同西藏代表擦戎噶布伦、汪曲结布，前往印度西拉姆与英方所派代表戴诺商议藏印商约。9月15日，查办藏事大臣张荫棠与英国代表拟定《藏印通商章程》22条，并致电外务部核定。9月25日，中英互换《藏印通商章程》拟稿。10月31日，英代表戴诺于中英藏印商约会议提出第二次草约16条，要求约中以中英藏三方并列，坚持英藏直接交涉。12月14日，中英藏印商约会议，中国代表张荫棠提出第二次拟稿。1908年4月20日，清廷特派张荫棠为全权大臣，英国特派韦礼敦为全权大臣，西藏大吏选派噶布伦汪曲结布为掌权之员，共同商议此次修改章程之事，签订《修订藏印通商章程》。改定的章程中规定：光绪十九年所定通商章程与本章程无违背者，仍应照行。“凡英印人民欲租建筑地基，应转由英国商务委员向工部局声请租地文凭。其地基之租价、年限与合同，应由租客与地主自行和平商订”。“各商埠治理权应归中国官督饬藏官管理”。“中国允在各商埠及往各商埠道中，筹办巡警善法，一俟此种办法办妥，英国允即将商务委员之卫队撤退，并允不在西藏驻兵，以免居民疑忌生事”。
9月13日。孙中山抨击平山周等对中国南方起义的攻击。此前，6月7日，孙中山曾致电平山周，希望在日本寻求军援。6月14日，又电平山周，告之“订购一万。先送铳二千，弹二百万”。本日，孙中山致函宫崎寅藏，对平山周、和田三郎等伙同章炳麟等在东京散播谣言，攻击和破坏南方起义事，极表愤慨，指出他们不顾公义，意欲破坏团体，泄露萱野长知回国购械的机密，表示此后不再信任这些人。并发给委任状，付托宫崎全权办理筹资购械事宜，在日接济起义的一切活动。
留日学生总会电军机处、外务部在“间岛”交涉中万勿让步。电说，日俄法协约成立，将有瓜分之祸，日本强争间岛，实其先导，请万勿让步。
荷兰平和会选举驻荷委员时抑清廷为三等国 。特照会请各国公使通告各国政府，酌改办法。
9月15日。在北京开收铺捐，并试行地方自治。同日，民政部向清廷奏报此事。