这次“钢轨战争”造成了交通瘫痪，导致一些地区出现燃料供应紧张，一些对联邦中央早已心怀不满的联邦主体开始趁火打劫，一些地区威胁要实施紧急状态，斯塔夫罗波尔边疆区也发出禁止将本地区粮食运输到外地的禁令，卡尔梅克共和国总统伊柳姆日诺夫后来还提出了建立独立国家的要求。眼看着俄联邦政府面临着全面失去对地方控制的危险，叶利钦想到了普京，而普京也没有让他失望，很快控制住了局势。
纷繁复杂的局势给刚刚登上总统办公厅第一副主任宝座的普京带来严峻的考验，他清醒地认识到，如果不能及时制止分离主义势力进一步发展的势头，不仅俄国内形势将有可能出现新的动荡，而且俄联邦的完整和统一也将面临空前的挑战。因此，他上任后立即使出浑身解数，使用强硬手段对地方行政长官谋求独立的任何企图进行了全力遏制。
由于普京手段强硬，俄国内不少对其政策持批评态度的人开始大骂其为“帝国主义者”。但普京不为所动，继续坚持用“猛药”医治顽疾，从而迅速整顿了中央与地方的关系。
在担任总统办公厅第一副主任期间，他依靠铁腕政策，重新树立起克里姆林宫的绝对权威，这样虽然得罪了不少蠢蠢欲动的地方首脑，但在叶利钦面前却屡得高分。而普京最令叶利钦及其家人欣赏的地方，就是他一贯保持着谦虚、忠诚的本色。
在总统办公厅工作期间，普京时时保持着低调姿态。他很少接受记者采访，不在电视上露面，更不发表任何文章。而对叶利钦总统，他又处处维护其政治形象，积极为其出谋划策，自己却从未表现出任何政治野心。就这样，“放心干部”普京很快得到了叶利钦及其家人的高度信任，从而成了叶利钦总统办公厅人气最旺的“红人”，为以后的火箭式升迁打下了坚实的基础。
此时，普京已和叶利钦的“家族”建立起了牢固关系（叶利钦在回忆录里，将身边的波雷耶娃、丘拜斯、沃洛申、尤马舍夫等人，列为自己的“家庭”成员）。同年7月，普京被任命为联邦安全总局局长。俄罗斯联邦安全局由联邦安全局对外情报局组成，从某种意义上来说，这两个机构都是克格勃的继承者，不过已然脱胎换骨，是个极为重要的机构。普京知道，以一个预备役中校而主管联邦安全局，会使很多人不服气，但他不在乎，上任那一天，普京来到俄罗斯联邦安全局总部大楼，也就是过去的克格勃总部大楼，他的第一句话是：“我回家了。”
果然，安全总局工作人员对此任命极为不满。但这些人很快发现，普京是个精通业务、善于管理的领导。在任期间，他对安全总局机关进行了大改组，将中央机关从6000人精简到4000人，同时加强了该机构在俄罗斯各地的力量。
1998年9月，普里马科夫出任总理后，左派几员大将进入政府，成为核心人物。普里马科夫本人也对左派有好感，试图在政府工作中寻求左派控制的议会的支持，采取实际措施，提高人民生活水平，遏制经济下滑。一时间，其声望大增，叶利钦的权力受到严重挑战。
同时，叶利钦面临国家杜马议员的弹劾，他们对其提出了五项指控（瓦解苏联、炮打白宫、车臣战争、搞垮军队和军工企业、对俄罗斯人民实行种族灭绝），并提交杜马理事会审议。加上由于俄罗斯社会经济形势继续恶化等诸多原因，俄国内倒叶运动愈演愈烈。而这时候，普京没有离开“大势已去”的叶利钦，再一次显示出了他对上司的忠诚。
1999年3月初，叶利钦曾企图罢免总检察长斯库拉托夫的职务，却遭到了联邦委员会的强烈反对。为了帮叶利钦扳倒斯库拉托夫，普京披挂上阵。作为一个资深克格勃，查找证据自然是小事一桩。3月16日，俄罗斯电视台播放了一段酷似斯库拉托夫的人同妓女鬼混的录像，这就是罢免斯库拉托夫所必需的罪证，普京为此立下了一功。处理完“斯库拉托夫事件”后，普京已完全成为叶利钦心目中无人能替代的角色。
同年3月，普京接替博尔久扎任联邦安全会议秘书，并保留了联邦安全总局局长职务。联邦安全委员会秘书由总统任命并且直属于总统，在国安会及相关的活动中拥有广泛的权力。一人兼两要职，既可以大大加强联邦安全局的工作，又在某种程度上扩大了安全委员会落实其内部决策的可能性。这时他实际上已成为叶利钦总统的“主要盾牌”。
普京担任联邦安全委员会秘书是其政治生涯的一个重大转折。此时，车臣第一次战争刚刚结束，叶利钦的任期只有一年多时间了，叶利钦长期以来身体欠佳，媒体又经常报道他酗酒失态。同时，俄国的经济和社会问题丛生，政坛斗争激烈。在国外，北约绕过联合国，对南斯拉夫和科索沃发动了78天的远距离空中打击，南斯拉夫被迫从科索沃撤军，美英试图一举将俄罗斯从该维和区彻底排挤出局。
普京上任伊始，就显露出了强硬手腕。普京三月进入国安会，此时科索沃危机已经相当严重，北约以保护科索沃的阿尔巴尼亚族为由，对南斯拉夫实施军事打击已经迫在眉睫。科索沃是南斯拉夫的