颍川接近洛阳，对封建统治威胁最大，因而激烈而残酷的战争首先在这里展开，当年四月，波才义军击败來犯的朱和皇甫嵩，乘胜围皇甫嵩于长社，但波才“结草为营”，遂为皇甫嵩所乘，东汉官军深夜纵火，义军军营③《后汉纪》卷二四，
④《后汉书·皇甫嵩传》，
①《后汉书·灵帝纪》，
②《后汉书·皇甫嵩传》，
③《后汉书·皇甫嵩传》，
④《后汉书·灵帝纪》，
延烧，阵势为之混乱，皇甫嵩乘势进攻，骑都尉曹操的援军恰又赶到，皇甫嵩与曹操、朱合兵进攻，义军因之大败，几万人遭到血腥屠杀，接着，波才义军余部于阳翟，彭脱义军在西华，又遭到镇压而告失败，之后，皇甫嵩军调赴东线，在仓亭击败卜己领导的义军，卜己被皇甫嵩护军司马傅燮俘杀，朱一军则继续南下进攻南阳一带义军①，
南阳义军张曼成起兵，称“神上使”，有众数万，攻杀太守褚贡之后，在宛下屯驻了一百多天，军事上沒有新的进展，而在六月里被新任南阳太守秦颉击败，张曼成牺牲，义军继推赵弘为帅，“众浸盛，遂十余万，据宛城”，从六月至八月，义军粉碎了官军多次进攻，坚守住了宛城，几乎迫使东汉政府撤掉朱，赵弘在战斗中牺牲后，义军又推韩忠为领袖，继续坚守宛城，抵抗朱，“兵少不敌，乃张围结垒，起土山以临城内，因鸣鼓攻其西南，”义军全力奋战，官军“连战不克”，遂用计故意解围，引诱韩忠出战，使义军中计失败，韩忠被杀，义军再推孙夏为首领，在宛城进行了反复的冲杀，十一月，宛城陷落，孙夏率义军转移到西鄂精山，才被朱镇压下去②，
斗争的中心转移到河北地区，河北义军在张角亲自领导下攻占广宗（今河北威县东）、下曲阳（河北晋县西）诸城邑，但在三月以后即遭受到北中郎将卢植率领的东汉官军的压力，张角、张宝分别率义军固守广宗，下曲阳，卢植“筑围凿堑，造作云梯”①，未能攻下广宗，代替卢植的东中郎将董卓，围攻了两三个月，广宗依然屹立，八月底，东汉政府调皇甫嵩代替董卓，投入广宗战场，卢、董二人，“并无功而还”，这时张角病死，角弟张梁统帅广宗义军，义军勇猛善战，“梁众精勇，嵩不能克”，皇甫嵩不得不“闭营休士，以观其变”②，窥测方向，以求一逞，由于义军一时疏忽，皇甫嵩“乃潜夜勒兵”，趁拂晓时进扑义军阵地，义军仓促接战；张梁阵前牺牲，英勇战死者三万多人，不甘屈服而投河牺牲的五万多人，同年十一月，皇甫嵩与钜鹿太守郭典攻破下曲阳，张宝等十多万义军被杀害，各地区起义人民都遭到东汉统治者的残酷镇压，连张角的尸体，也遭受到“剖棺戮尸，传首京师”的毁坏③，
各地人民继续坚持的反抗斗争黄巾主力虽仅几个月便被镇压下去，但农民起义的熊熊烈火并未能扑灭，许多地区的黄巾军依旧坚持斗争，散见于各种史籍的起义武装，以首领姓名、绰号或地名为号者就有一百多支（股），他们是：冀州黑山军：这批义军由黑山、黄龙、左校、郭大贤、于氐根、青牛角、张白骑、刘石、左髭丈八、平汉大计、司隶掾城、雷公、浮云、飞燕、白雀、杨凤、于毒、五鹿、李大目、白绕、眭固、苦蝤等组成，这批义军“并起山谷间，不可胜数”，他们朴素的称呼多是由起义首领的某些特征而得名，“其大声者称雷公，骑白马者为张白骑，轻便者言飞燕，多髭者号于氐根，大眼①《后汉书·皇甫嵩传》，
②《后汉书·朱传》，
①《后汉书·卢植传》，
②《后汉书·皇甫嵩传》，
③《后汉书·皇甫嵩传》，
者为大目，”①这批义军“大者二三万，少者六七千”，其首领“善得士卒心”，活动在中山、常山、赵郡、上党、河内等郡之间，互相联络呼应，“众至百万”，“朝廷不能讨”②，此外，尚有少数民族起义军，四营屠各、雁门乌桓等，初平四年（公元193年）三月，袁绍进攻黑山军，“与张燕及四营屠各、雁门乌桓战于常山，燕精兵数万，骑数千匹，连战十余日，燕兵死伤虽多，绍军亦疲，遂各退，”③黑山军多次挫败官军的猖狂进攻，坚持了抗击袁绍割据势力的斗争，
西河白波军：中平五年（公元188年）二月，黄巾余党郭太等复起于西河白波谷，转攻太原，遂破河东，有众十余万，活动于太原、河东诸郡，抗击董卓的军队，当时内迁于汾河流域的南匈奴於夫罗，将其部众与白波车联合，攻破太原、河内等郡④，对洛阳城形成严重威胁，
青徐黄巾军：“中平五年（公元188年）冬十月，青徐黄巾复起，寇郡县，”⑤他们在击败北海相孔融后，又把青州刺史焦和打得狼狈逃窜，“初平三年（公元192年），青州黄巾众百万入兖州，杀任城相郑遂，转入东平，兖州刺史刘岱欲击之，..遂与战，果为所杀，”①黄巾军镇压了兖州刺史刘岱后，部众发展到百万人，成为东方最强的一支起义军，同年四月，在曹操残酷镇压下失败，
益州黄巾军：中平五年（公元188