，结果却死在了亲生父亲的剑下……公孙绿萼为救杨过香消玉殒，醒来的天竺僧也被蛇蝎心肠的李莫愁不问青红皂白杀死，小龙女体内的剧毒因此无药可救。
其后小龙女以双手互搏奇功，单打独斗胜了公孙止的金刀黑剑，抢回了最后一颗绝情丹，却被不愿独生的杨过弃之于山谷……最终李莫愁葬身火海，公孙止也中了裘千尺的暗算，一对半生大仇，恩怨纠缠的夫妇，就此同葬于地底洞穴，粉身碎骨，你中有我，我中有你。
天竺神僧临终前面带微笑，甚是安详，手边留着一株断肠草。黄蓉由此猜测断肠草便是化解情花之毒的妙药，小龙女欢喜无限。但她深知杨过的性子，自己若死，以杨过相爱之深，必然殉情自尽，随她同去，绝不会忍痛独活。因此小龙女左思右想之下，趁杨过熟睡之时，悄悄来到当日与公孙止恶战的断肠崖上，在崖边的一块大石上刻下了“十六年后，在此相会，夫妻情深，勿失信约！小龙女书嘱夫君杨郎，珍重万千，务求相聚！”的留字，随即跳入万丈深谷。
第二天杨过醒来，不见了小龙女，几乎发狂。众人寻到断肠崖边，见到小龙女的留字，黄蓉灵机一动，谎称是“南海神尼”救走了小龙女。杨过因为石上所刻字迹确为小龙女所写，心里便信了黄蓉所言，殊不知这所谓的“南海神尼”根本就是黄蓉为了消除他心中的死志，而凭空杜撰出来的一位世外高人。
杨过在断肠崖结庐而居，想要在此苦候十六年，等待小龙女。程英、陆无双与其结为兄妹，在此相陪。数十日后，杨过按时服用断肠草，终于解了体内的情花之毒。某日，杨过飘然而去，程英和陆无双伤心不已。
这之后，杨过回到荒古，与神雕为伴，心想十六年漫漫长夜，相思苦熬，实难挨过，不如修习独孤求败的绝世剑法，苦练“木剑胜重剑，无剑胜有剑”的无上神功，来打发这漫长的时光。当其时，杨过手执玄铁重剑，已可纵横天下，如此练了大半年，功力却是进境甚微。他自知本身功力已抵达极高的境界，想要再进一步，甚是艰难。
想通此节，杨过并无半点心焦，日日勤修，闲时便与神雕嬉戏为乐。时光匆匆，转眼已过半年有余。杨过计算时日，与小龙女分别已满一年，便想暂别神雕，前往“绝情谷”纪念一番。
岂料神雕随他出了荒谷之后，却不许他西去，反而牵着他向南而行。杨过拗不过神雕，只得相随。如此走了半日，猛然想到莫非神雕通灵，竟要引领自己前往南海与龙儿相会么？一念至此，杨过热血沸腾，大踏步疾走，半月之后，已至海边。杨过询问当地土人，这才得知所到之处并非南海，而是东海之滨。
至此，杨过在神雕的指点下，依照昔年独孤求败的练功之法，每日子午两时，便在狂潮怒涛之中苦练不休，一晃几近三年时光。春去秋来，岁月如流，杨过在海潮之中练剑，日夕如是，寒暑不间。
他在无尽狂涛之中练剑，不过月余，便已功力大进。平地之上，手执木剑击刺，便有风雷潮涌之声，隐隐发出。数月之后，木剑击刺之声越来越响，后来竟有轰轰之声。跟着剑上的声响却又渐渐轻了下来，又过数月，终于寂然无声。随即剑声又响，如此周而复始，从响而轻，自轻再响，到得此时，反复已有四次。
现如今即便以神雕的天生巨力，也难以抵挡他手中木剑的三招两式，由此可见杨过的功力已经深厚到了何等地步！
“古墓派”的轻功天下无双，杨过从海底跃上岸边的身姿再怎样曼妙潇洒，小宝都不会为其所动。但这货眼见杨过双足落地，木剑随手挥刺，竟能发出雷鸣般的闷响，当即心中一动，不由得见猎心喜。
他随手从衣襟上撕下一块布来，往脸上一蒙，纵身跃下，宛若离弦之箭，向神雕和杨过急射而去。
神雕的感官之敏锐自然远超人类，小宝即便身轻如羽，未至近前，神雕已有所觉。只见神雕陡然转过高大威猛的身躯，一声怒鸣，大步迎上，振起铁翅，便向小宝猛击而至。
小宝心想好久没和雕兄操练，也不知它老人家的神力是进是退。当下运起“九阳神功”，使出八成力道，挥掌迎击。只听砰地一声大响，神雕呱呱而鸣，向后退开两步，叫声中竟隐含惊惧之意。
小宝神功圆满，现如今他的掌力已非神雕所能抗衡，心下大是得意。这货哈哈一笑，忽向神雕眨了眨眼睛，身形一冲而过，迎面一股凌厉霸道至极的劲风袭来，正是杨过挺起木剑，当胸急刺。
那神雕本欲上前夹击，忽然似有所感，咕咕低鸣两声，歪头瞧着小宝，神色似乎颇为奇怪，收拢双翅，竟站在圈外，再不上前。便在这瞬息之间，小宝以“天山六阳掌”和杨过斗了三招。
三招未过，杨过已然心中一凛，万没料到敌人的武功内力之强，大大超乎意料之外。每一掌击来，劲道更是大得异乎寻常，变幻莫测，隐隐然似乎尚在义父欧阳锋、大侠郭靖、一灯大师、周伯通、金轮法王这几大绝顶高手之上。杨过自村若非这三年来每日在海潮之中苦练不缀，怕是转瞬间已然落败。
只是雕兄为何与来人交手